Número de la Comisión de enzimas

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Chemical numbering scheme

El número de la Comisión de enzimas (número CE) es un esquema de clasificación numérica de las enzimas, basado en las reacciones químicas que catalizan. Como sistema de nomenclatura enzimática, cada número EC está asociado con un nombre recomendado para la reacción catalizada por enzima correspondiente.

Los números CE no especifican enzimas sino reacciones catalizadas por enzimas. Si diferentes enzimas (por ejemplo, de diferentes organismos) catalizan la misma reacción, entonces reciben el mismo número de EC. Además, a través de la evolución convergente, pliegues de proteínas completamente diferentes pueden catalizar una reacción idéntica (a veces se les llama enzimas isofuncionales no homólogas) y, por lo tanto, se les asignaría el mismo número de EC. Por el contrario, los identificadores UniProt especifican únicamente una proteína por su secuencia de aminoácidos.

Formato de número

Cada código de enzima consta de las letras "EC" seguido de cuatro números separados por puntos. Esos números representan una clasificación progresivamente más fina de la enzima. Los números CE preliminares existen y tienen una 'n' como parte del cuarto dígito (serie) (por ejemplo, EC 3.5.1.n3).

Por ejemplo, las tripéptido aminopeptidasas tienen el código "EC 3.4.11.4", cuyos componentes indican los siguientes grupos de enzimas:

Códigos de nivel superior

Números de la CE de alto nivel
Clase Reacción catalizada Reacción típica Enzyme ejemplo(s) con nombre trivial
CE 1
Oxidoreductas

Reacciones de oxidación/reducción; transferencia de átomos H y O o electrones de una sustancia a otra

AH + B → A + BHReducción)
A + O → AOóxido) 		Dehidrogenasa, oxidasa
CE 2
Transferases		Transferencia de un grupo funcional de una sustancia a otra. El grupo puede ser el grupo de metil, acyl, amino o fosfato AB + C → A + BC Transaminase, kinase
CE 3
Hidrolas		Formación de dos productos de un sustrato por hidrolisis AB + H2O → AOH + BH Lipase, amilasa, peptidase, fosfatasa
CE 4
Lyases		Adiciones no hidrolíticas o eliminación de grupos de sustratos. Los bonos C-C, C-N, C-O o C-S pueden cerrarse RCOCOOH → RCOH + CO2 o [X-A+B-Y] → [A=B + X-Y] Decarboxylase
CE 5
Isomerases		Reorganización intramolécula, es decir, cambios de isomerización dentro de una sola molécula ABC → BCAIsomerase, mutase
CE 6
Ligas		Únete dos moléculas por síntesis de nuevos bonos C-O, C-S, C-N o C-C con ruptura simultánea de ATP X + Y + ATP → XY + ADP + PiSinthetase
CE 7
Translocases		Cataliza el movimiento de iones o moléculas a través de las membranas o su separación dentro de las membranas Transporter

Similitud de reacción

La similitud entre las reacciones enzimáticas se puede calcular utilizando cambios de enlace, centros de reacción o métricas de subestructura (anteriormente EC-BLAST], ahora el portal de enzimas EMBL-EBI).

Historia

Antes del desarrollo del sistema de numeración EC, las enzimas se nombraban de manera arbitraria, y eran de uso común nombres como enzima amarilla antigua y enzima málica que dan poca o ninguna pista sobre qué reacción se catalizó. La mayoría de estos nombres han caído en desuso, aunque todavía se utilizan algunos, especialmente las enzimas proteolíticas con una especificidad muy baja, como la pepsina y la papaína, ya que la clasificación racional sobre la base de la especificidad ha sido muy difícil.

Para la década de 1950, el caos se estaba volviendo intolerable, y después de que Hoffman-Ostenhof y Dixon y Webb propusieron esquemas algo similares para clasificar las reacciones catalizadas por enzimas, el Congreso Internacional de Bioquímica en Bruselas estableció la Comisión de Enzimas bajo la presidencia de Malcolm Dixon en 1955. La primera versión se publicó en 1961 y la Comisión de Enzimas se disolvió en ese momento, aunque su nombre sigue vivo en el término Número EC. La sexta edición actual, publicada por la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular en 1992 como la última versión publicada como libro impreso, contiene 3196 enzimas diferentes. Los suplementos 1-4 se publicaron entre 1993 y 1999. Los suplementos posteriores se publicaron electrónicamente en el sitio web del Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular. En agosto de 2018, la IUBMB modificó el sistema al agregar la categoría EC 7 de nivel superior que contiene translocasas.