Verrucomicrobiota

Verrucomicrobiota es un filo de bacterias Gram-negativas que contiene sólo unas pocas especies descritas. Las especies identificadas han sido aisladas de agua dulce, ambientes marinos y suelos y heces humanas. Se han identificado varias especies aún no cultivadas en asociación con huéspedes eucariotas, incluidos ectosimbiontes explosivos extrusivos de protistas y endosimbiontes de nematodos que residen en sus gametos.

La verrucomicrobiota es abundante en el medio ambiente, aunque relativamente inactiva. Se considera que este filo tiene dos filos hermanos: Chlamydiota (anteriormente Chlamydiae) y Lentisphaerota (anteriormente Lentisphaerae) dentro del superfilo PVC. El filo Verrucomicrobiota se puede distinguir de los filos vecinos dentro del grupo PVC por la presencia de varios indeles característicos conservados (CSI). Estos CSI representan características sinapomórficas únicas que sugieren una ascendencia común dentro de Verrucomicrobiota y un linaje independiente entre otras bacterias. También se han encontrado CSI que son compartidos por Verrucomicrobiota y Chlamydiota exclusivamente de todas las demás bacterias. Estos CSI proporcionan evidencia de que Chlamydiota es el pariente más cercano a Verrucomicrobiota, y que están más estrechamente relacionados entre sí que con los Planctomycetales.

La verrucomicrobiota podría pertenecer al clado Planctobacteria del clado más grande Gracilicutes.

En 2008, se publicó el genoma completo de Metilacidiphilum infernorum (2,3 Mbp). En el cromosoma circular único se encontraron 2.473 proteínas predichas, 731 de las cuales no tenían homólogos detectables. Estos análisis también revelaron muchas posibles homologías con Pseudomonadota.

Filogenia

Taxonomía

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procarióticos con vigencia en la nomenclatura (LPSN) y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI).

• ¿Genus?"Ca. Epixenosoma Bauer et al. 2005
• ¿Genus?"Ca. Nucleicoccus Corrrig. Sato et al. 2014
• ¿Genus?"Ca. Orgánica" Williams y otros 2021
• ¿Genus?"Ca. Rhizospheria" Nunes da Rocha 2010
• Clase Opitutae Choo et al. 2007
  • Orden Opitutales Choo et al. 2007
    • Familia "Cerasicoccaceae" Pallen, Rodriguez-R " Alikhan 2022 [KCTC-12870]
      • Genus Ruficoccus Lin et al. 2017
      • Genus Cerasicoccus Yoon et al. 2007
    • Familia "Coraliomargaritaceae" Pallen, Rodriguez-R " Alikhan 2022 [DSM-45221]
      • Genus "Lentimonas" Choo & Cho 2006
      • Genus Coraliomargarita Yoon et al. 2007
    • Familia "Merdousiaceae" Pallen, Rodriguez-R " Alikhan 2022 [CAG-312]
      • Genus "Ca. Merdousia" Gilroy et al. 2021
    • Familia "Moanibacteraceae" Pallen, Rodriguez-R " Alikhan 2022 [UBA2987]
      • Genus "Ca. Moanibacter" Corrrig. Vosseberg, Martijn & Ettema 2018
    • Family Opitutaceae Choo et al. 2007
      • Genus Alterococcus Shieh y Jean 1999
      • Genus Cephaloticoccus Lin et al. 2016
      • Genus "Ca. Didemniditutus Corrrig. Lopera et al. 2017
      • Genus Ereboglobus Tegtmeier et al. 2018
      • Genus "Geminisphaera" Wertz et al. 2018
      • Genus "Lacunisphaera" Rast et al. 2017
      • Genus Nibricoccus Baek et al. 2019
      • Genus Oleiharenicola Rochman et al. 2018
      • Genus Opitutus Chin et al. 2001
      • Genus Pelagicoccus Yoon et al. 2007
      • Genus Rariglobus Pitt et al. 2020
      • Genus "Ca. Sinoicihabitanos" Murray et al. 2021
    • Familia Puniceicoccaceae Choo et al. 2007
      • Genus "Ca. Fucivorax" Orellana et al. 2022
      • Genus "Ca. Marcellius Nixon et al. 2019
      • Genus "Ca. Pelagisphaera" Bar-Shalom et al. 2023
      • Genus "Ca. Pinguicoccus Serra et al. 2020
      • Genus Puniceicoccus Choo et al. 2007
    • Familia "Spyradosomataceae" Pallen, Rodriguez-R " Alikhan 2022 [UBA953]
      • Genus "Ca. Spyradosoma Gilroy et al. 2021
    • Family Verruco-01
      • Genus Oceanipulchritudo Feng et al. 2020
• Clase "Methylacidiphilae"
  • Orden "Methylacidiphilales" Op den Camp 2009 ["Limisfaerales" Podosokorskaya et al. 2022]
    • Familia "Methylacidiphilaceae" Op den Camp 2009
      • Genus "Methylacidimicrobium" van Teeseling et al. 2014
      • Genus "Ca. Methylacidiphilum Hou et al. 2008
      • Genus "Ca. Methylacidithermus Picone et al. 2021
    • Familia "Limisfaeraceae" Pallen, Rodriguez-R " Alikhan 2022 [NGM72-4]
      • Genus Limisfaera Anders et al. 2015
    • Familia "Pedosphaeraceae"
      • Genus "Pedosphaera" Ozyurt 2008
• Clase Terrimicrobia García-López et al. 2020
  • Orden Terrimicrobiales García-López et al. 2020 ["Chthoniobacterales" Sangwan et al. 2004]
    • Familia "Chthoniobacteraceae" Sangwan et al. 2004
      • Genus "Chthoniobacter" Sangwan et al. 2004
    • Family Terrimicrobiaceae García-López et al. 2020
      • Genus Terrimicrobium Qiu et al. 2014
    • Familia "Udaeobacteraceae" Pallen, Rodriguez-R " Alikhan 2022 [UBA10450]
      • Genus "Ca. Udaeobacter" Brewer et al. 2016
    • Familia "Xiphinematobacteraceae"
      • Genus "Ca. Xiphinematobacter" Vandekerckhove et al. 2000
• Clase Verrucomicrobiae Hedlund et al. 1998
  • Orden Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996
    • Familia Akkermansiaceae Hedlund " Derrien 2012
      • Genus Akkermansia Derrien et al. 2004
      • Genus Haloferula Yoon et al. 2008
      • Genus Luteolibacter Yoon et al. 2008
      • Genus "Ca. Mariakkermansia" Orellana et al. 2022
      • Genus Oceaniferula Jin et al. 2022
      • Genus Persicirhabdus Yoon et al. 2008
      • Genus Roseibacillus Yoon et al. 2008
      • Genus Rubritalea Scheuermayer et al. 2006
    • Family SLCJ01
      • Genus "Sulfuriroseicoccus" Feng et al. 2022
    • Familia Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996
      • Genus "Fucophilus" Sakai y otros 2001b
      • Genus Brevifollis Otsuka y otros 2013
      • Genus Phragmitibacter Szuróczki et al. 2021
      • Genus Prosthecobacter Staley et al. 1976 ex Staley et al. 1980
      • Genus Roseimicrobium Otsuka y otros 2013
      • Genus Verrucomicrobium Schlesner 1988