Pirrolisina
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En cladística para un grupo de organismos, monofilia es la condición de ser un clado, es decir, un grupo de taxones compuesto únicamente por un ancestro común (o más precisamente, una población ancestral) y todos de sus descendientes directos. Los grupos monofiléticos se caracterizan típicamente por características derivadas compartidas (sinapomorfias), que distinguen a los organismos del clado de otros organismos. Un término equivalente es holofilia.
La palabra "monofilia" significa "una tribu" en griego.
La monofilia se contrasta con la parafilia y la polifilia, como se muestra en el segundo diagrama. Un grupo parafilético consta de todos los descendientes de un ancestro común menos uno o más grupos monofiléticos. Un grupo polifilético se caracteriza por características convergentes o hábitos de interés científico (por ejemplo, primates activos de noche, árboles frutales, insectos acuáticos). Las características por las que un grupo polifilético se diferencia de otros no se heredan de un ancestro común.
Estas definiciones han tardado en ser aceptadas. Cuando la escuela de pensamiento cladística se generalizó en la década de 1960, se utilizaron varias definiciones alternativas. De hecho, los taxónomos a veces usaban términos sin definirlos, lo que generaba confusión en la literatura temprana, una confusión que persiste.
El primer diagrama muestra un árbol filogenético con dos grupos monofiléticos. Los diversos grupos y subgrupos están particularmente situados como ramas del árbol para indicar relaciones lineales ordenadas entre todos los organismos mostrados. Además, cualquier grupo puede (o no) ser considerado un taxón por la sistemática moderna, según la selección de sus miembros en relación con su(s) ancestro(s) común(es); ver diagramas segundo y tercero.
El término monofilia, o monofilético, deriva de las dos palabras griegas antiguas μόνος (monos), que significa "solo, único, único", y φῦλον (phûlon), que significa "género, especie" y se refiere al hecho de que un grupo monofilético incluye organismos (por ejemplo, géneros, especies) que consisten en todos los descendientes de un ancestro común único.
Por el contrario, el término polifilia, o polifilético, se basa en el prefijo griego antiguo πολύς (polús), que significa "muchos, mucho de", y se refiere al hecho de que un grupo polifilético incluye organismos que surgen de múltiples fuentes ancestrales.
En comparación, el término paraphyly, o paraphyletic, usa el prefijo griego antiguo παρά (pará), que significa "al lado, cerca", y se refiere a la situación en la que uno o varios monofiléticos los subgrupos se separan de todos los demás descendientes de un ancestro común único. Es decir, un grupo parafilético es casi monofilético, de ahí el prefijo pará.
En la escala más amplia, las definiciones se dividen en dos grupos.
Los conceptos de monofilia, parafilia y polifilia se han utilizado para deducir genes clave para la codificación de barras de diversos grupos de especies.
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