Historia de la biología molecular

La historia de la biología molecular comienza en la década de 1930 con la convergencia de varias disciplinas biológicas y físicas previamente distintas: bioquímica, genética, microbiología, virología y física. Con la esperanza de comprender la vida en su nivel más fundamental, numerosos físicos y químicos también se interesaron por lo que sería la biología molecular.

En su sentido moderno, la biología molecular intenta explicar los fenómenos de la vida a partir de las propiedades macromoleculares que los generan. Dos categorías de macromoléculas en particular son el foco del biólogo molecular: 1) ácidos nucleicos, entre los cuales el más famoso es el ácido desoxirribonucleico (o ADN), el constituyente de los genes, y 2) proteínas, que son los agentes activos de los organismos vivos.. Por lo tanto, una definición del alcance de la biología molecular es caracterizar la estructura, la función y las relaciones entre estos dos tipos de macromoléculas. Esta definición relativamente limitada será suficiente para permitirnos establecer una fecha para la llamada "revolución molecular", o al menos para establecer una cronología de sus desarrollos más fundamentales.

Visión general

En sus primeras manifestaciones, la biología molecular: el nombre fue acuñado por Warren Weaver de la Fundación Rockefeller en 1938.—era una idea de explicaciones físicas y químicas de la vida, más que una disciplina coherente. Tras el advenimiento de la teoría cromosómica mendeliana de la herencia en la década de 1910 y la maduración de la teoría atómica y la mecánica cuántica en la década de 1920, tales explicaciones parecían estar al alcance de la mano. Weaver y otros alentaron (y financiaron) la investigación en la intersección de la biología, la química y la física, mientras que físicos destacados como Niels Bohr y Erwin Schrödinger centraron su atención en la especulación biológica. Sin embargo, en las décadas de 1930 y 1940 no estaba nada claro qué investigación interdisciplinaria, si es que había alguna, daría frutos; el trabajo en química de coloides, biofísica y biología de la radiación, cristalografía y otros campos emergentes parecía prometedor.

En 1940, George Beadle y Edward Tatum demostraron la existencia de una relación precisa entre genes y proteínas. En el curso de sus experimentos conectando la genética con la bioquímica, cambiaron del pilar de la genética Drosophila a un organismo modelo más apropiado, el hongo Neurospora; la construcción y explotación de nuevos organismos modelo se convertiría en un tema recurrente en el desarrollo de la biología molecular. En 1944, Oswald Avery, trabajando en el Instituto Rockefeller de Nueva York, demostró que los genes están formados por ADN (ver el experimento de Avery-MacLeod-McCarty). En 1952, Alfred Hershey y Martha Chase confirmaron que el material genético del bacteriófago, el virus que infecta a las bacterias, está formado por ADN.(ver experimento de Hershey-Chase). En 1953, James Watson y Francis Crick descubrieron la estructura de doble hélice de la molécula de ADN basándose en los descubrimientos realizados por Rosalind Franklin. En 1961, François Jacob y Jacques Monod demostraron que los productos de ciertos genes regulaban la expresión de otros genes al actuar sobre sitios específicos en el borde de esos genes. También plantearon la hipótesis de la existencia de un intermediario entre el ADN y sus productos proteicos, al que llamaron ARN mensajero. Entre 1961 y 1965 se determinó la relación entre la información contenida en el ADN y la estructura de las proteínas: existe un código, el código genético, que crea una correspondencia entre la sucesión de nucleótidos en la secuencia del ADN y una serie de aminoácidos en proteinas

Los principales descubrimientos de la biología molecular tuvieron lugar en un período de sólo unos veinticinco años. Fueron necesarios otros quince años antes de que tecnologías nuevas y más sofisticadas, unidas hoy bajo el nombre de ingeniería genética, permitieran el aislamiento y la caracterización de genes, en particular de organismos altamente complejos.

La exploración del dominio molecular

Si evaluamos la revolución molecular dentro del contexto de la historia biológica, es fácil notar que es la culminación de un largo proceso que comenzó con las primeras observaciones a través de un microscopio. El objetivo de estos primeros investigadores era comprender el funcionamiento de los organismos vivos describiendo su organización a nivel microscópico. Desde finales del siglo XVIII, la caracterización de las moléculas químicas que componen los seres vivos gana cada vez más atención, junto con el nacimiento de la química fisiológica en el siglo XIX, desarrollada por el químico alemán Justus von Liebig y siguiendo el nacimiento de la bioquímica. a principios del 20, gracias a otro químico alemán Eduard Buchner. Entre las moléculas estudiadas por los químicos y las diminutas estructuras visibles bajo el microscopio óptico, como el núcleo celular o los cromosomas, había una zona oscura, "el mundo de las dimensiones ignoradas", como lo llamó el físico-químico Wolfgang Ostwald. Este mundo está poblado por coloides, compuestos químicos cuya estructura y propiedades no estaban bien definidas.

Los éxitos de la biología molecular derivaron de la exploración de ese mundo desconocido por medio de las nuevas tecnologías desarrolladas por químicos y físicos: difracción de rayos X, microscopía electrónica, ultracentrifugación y electroforesis. Estos estudios revelaron la estructura y función de las macromoléculas.

Un hito en ese proceso fue el trabajo de Linus Pauling en 1949, que por primera vez vinculó la mutación genética específica en pacientes con enfermedad de células falciformes a un cambio demostrado en una proteína individual, la hemoglobina en los eritrocitos de individuos heterocigotos u homocigotos.

El encuentro entre la bioquímica y la genética

El desarrollo de la biología molecular es también el encuentro de dos disciplinas que progresaron considerablemente en el transcurso de los primeros treinta años del siglo XX: la bioquímica y la genética. El primero estudia la estructura y función de las moléculas que componen los seres vivos. Entre 1900 y 1940 se describieron los procesos centrales del metabolismo: el proceso de digestión y la absorción de los elementos nutritivos derivados de la alimentación, como los azúcares. Cada uno de estos procesos es catalizado por una enzima particular. Las enzimas son proteínas, como los anticuerpos presentes en la sangre o las proteínas responsables de la contracción muscular. Como consecuencia, el estudio de las proteínas, de su estructura y síntesis, se convirtió en uno de los principales objetivos de los bioquímicos.

La segunda disciplina de la biología que se desarrolló a principios del siglo XX es la genética. Tras el redescubrimiento de las leyes de Mendel a través de los estudios de Hugo de Vries, Carl Correns y Erich von Tschermak en 1900, esta ciencia comenzó a tomar forma gracias a la adopción por parte de Thomas Hunt Morgan, en 1910, de un organismo modelo para estudios genéticos., la famosa mosca de la fruta (Drosophila melanogaster). Poco después, Morgan demostró que los genes están localizados en los cromosomas. Tras este descubrimiento, continuó trabajando con Drosophila y, junto con otros numerosos grupos de investigación, confirmó la importancia del gen en la vida y el desarrollo de los organismos. Sin embargo, la naturaleza química de los genes y sus mecanismos de acción seguían siendo un misterio. Los biólogos moleculares se comprometieron con la determinación de la estructura y la descripción de las complejas relaciones entre genes y proteínas.

El desarrollo de la biología molecular no fue sólo el fruto de una especie de "necesidad" intrínseca en la historia de las ideas, sino que fue un fenómeno característicamente histórico, con todas sus incógnitas, imponderables y contingencias: los notables desarrollos de la física a principios de El siglo XX destacó el relativo retraso en el desarrollo de la biología, que se convirtió en la "nueva frontera" en la búsqueda del conocimiento sobre el mundo empírico. Además, los desarrollos de la teoría de la información y la cibernética en la década de 1940, en respuesta a las exigencias militares, trajeron a la nueva biología un número importante de ideas fértiles y, especialmente, de metáforas.

La elección de las bacterias y de su virus, el bacteriófago, como modelos para el estudio de los mecanismos fundamentales de la vida fue casi natural -son los organismos vivos más pequeños que se conocen- y, al mismo tiempo, fruto de elecciones individuales. Este modelo debe su éxito, sobre todo, a la fama y el sentido de organización de Max Delbrück, físico alemán, que supo crear un dinámico grupo de investigación, con sede en Estados Unidos, cuyo ámbito exclusivo fue el estudio del bacteriófago.: el grupo de los fagos.

El grupo de fagos era una red informal de biólogos que llevó a cabo investigaciones básicas principalmente sobre el bacteriófago T4 e hizo numerosas contribuciones fundamentales a la genética microbiana y los orígenes de la biología molecular a mediados del siglo XX. En 1961, Sydney Brenner, uno de los primeros miembros del grupo de los fagos, colaboró ​​con Francis Crick, Leslie Barnett y Richard Watts-Tobin en el Laboratorio Cavendish de Cambridge para realizar experimentos genéticos que demostraron la naturaleza básica del código genético de las proteínas.Estos experimentos, realizados con mutantes del gen rIIB del bacteriófago T4, mostraron que para un gen que codifica una proteína, tres bases secuenciales del ADN del gen especifican cada aminoácido sucesivo de la proteína. Por lo tanto, el código genético es un código triplete, donde cada triplete (llamado codón) especifica un aminoácido particular. También encontraron que los codones no se superponen entre sí en la secuencia de ADN que codifica una proteína, y que dicha secuencia se lee desde un punto de partida fijo. Durante 1962-1964, los investigadores del fago T4 brindaron la oportunidad de estudiar la función de prácticamente todos los genes que son esenciales para el crecimiento del bacteriófago en condiciones de laboratorio.Estos estudios se vieron facilitados por el descubrimiento de dos clases de mutantes letales condicionales. Una clase de tales mutantes se conoce como mutantes ámbar. Otra clase de mutantes letales condicionales se conoce como mutantes sensibles a la temperatura.Los estudios de estas dos clases de mutantes llevaron a una comprensión considerable de numerosos problemas biológicos fundamentales. De este modo se logró comprender las funciones e interacciones de las proteínas empleadas en la maquinaria de replicación del ADN, reparación del ADN y recombinación del ADN. Además, se logró comprender los procesos mediante los cuales los virus se ensamblan a partir de componentes de proteínas y ácidos nucleicos (morfogénesis molecular). Además, se aclaró el papel de los codones de terminación de cadena. Un estudio digno de mención utilizó mutantes ámbar defectuosos en el gen que codifica la principal proteína principal del bacteriófago T4.Este experimento proporcionó una fuerte evidencia para la "hipótesis de secuencia" ampliamente sostenida, pero antes de 1964 aún no probada, de que la secuencia de aminoácidos de una proteína está especificada por la secuencia de nucleótidos del gen que determina la proteína. Por lo tanto, este estudio demostró la colinealidad del gen con su proteína codificada.

El panorama geográfico de los desarrollos de la nueva biología estuvo condicionado sobre todo por los trabajos precedentes. Estados Unidos, donde la genética se había desarrollado más rápidamente, y el Reino Unido, donde coexistían investigaciones genéticas y bioquímicas de niveles muy avanzados, estaban a la vanguardia. Alemania, la cuna de las revoluciones de la física, con las mejores mentes y los laboratorios de genética más avanzados del mundo, debió tener un papel primordial en el desarrollo de la biología molecular. Pero la historia decidió de otra manera: la llegada de los nazis en 1933 -y, en un grado menos extremo, la rigidez de las medidas totalitarias en la Italia fascista- provocó la emigración de un gran número de científicos judíos y no judíos. La mayoría huyó a Estados Unidos o Reino Unido, dando un impulso extra al dinamismo científico de esas naciones.

Historia de la bioquímica del ADN

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El estudio del ADN es una parte central de la biología molecular.

Primer aislamiento de ADN

Trabajando en el siglo XIX, los bioquímicos aislaron inicialmente el ADN y el ARN (mezclados) de los núcleos celulares. Fueron relativamente rápidos en apreciar la naturaleza polimérica de sus aislados de "ácido nucleico", pero solo más tarde se dieron cuenta de que los nucleótidos eran de dos tipos: uno que contenía ribosa y el otro desoxirribosa. Fue este descubrimiento posterior el que condujo a la identificación y denominación del ADN como una sustancia distinta del ARN.

Friedrich Miescher (1844–1895) descubrió una sustancia a la que llamó "nucleína" en 1869. Un poco más tarde, aisló una muestra pura del material ahora conocido como ADN del esperma de salmón, y en 1889 su alumno, Richard Altmann, la llamó "ácido nucleico". Se encontró que esta sustancia existe solo en los cromosomas.

En 1919 Phoebus Levene en el Instituto Rockefeller identificó los componentes (las cuatro bases, el azúcar y la cadena de fosfato) y demostró que los componentes del ADN estaban enlazados en el orden fosfato-azúcar-base. Llamó a cada una de estas unidades un nucleótido y sugirió que la molécula de ADN consistía en una cadena de unidades de nucleótidos unidas entre sí a través de los grupos fosfato, que son la "columna vertebral" de la molécula. Sin embargo, Levene pensó que la cadena era corta y que las bases se repetían en el mismo orden fijo. Torbjörn Caspersson y Einar Hammersten demostraron que el ADN era un polímero.

Cromosomas y rasgos heredados

En 1927, Nikolai Koltsov propuso que los rasgos heredados se heredarían a través de una "molécula hereditaria gigante" que estaría formada por "dos cadenas de espejo que se replicarían de forma semiconservadora utilizando cada cadena como plantilla". Max Delbrück, Nikolay Timofeev-Ressovsky y Karl G. Zimmer publicaron resultados en 1935 que sugerían que los cromosomas son moléculas muy grandes cuya estructura se puede cambiar mediante el tratamiento con rayos X, y que cambiando así su estructura era posible cambiar las características hereditarias regidas por esos cromosomas. En 1937, William Astbury produjo los primeros patrones de difracción de rayos X a partir del ADN.

En 1943, Oswald Theodore Avery y un equipo de científicos descubrieron que los rasgos propios de la forma "suave" del neumococo podían transferirse a la forma "áspera" de la misma bacteria simplemente poniendo a disposición la forma "suave" muerta (S). a la forma viva "áspera" (R). Inesperadamente, el Pneumococcus R vivolas bacterias se transformaron en una nueva cepa de la forma S, y las características S transferidas resultaron ser hereditarias. Avery llamó al medio de transferencia de rasgos el principio transformador; identificó el ADN como el principio transformador, y no la proteína como se pensaba anteriormente. Esencialmente rehizo el experimento de Frederick Griffith. En 1953, Alfred Hershey y Martha Chase realizaron un experimento (experimento de Hershey-Chase) que demostró, en el fago T2, que el ADN es el material genético (Hershey compartió el premio Nobel con Luria).

Descubrimiento de la estructura del ADN.

En la década de 1950, tres grupos se propusieron determinar la estructura del ADN. El primer grupo en comenzar fue en King's College London y fue dirigido por Maurice Wilkins y luego se unió a Rosalind Franklin. Otro grupo formado por Francis Crick y James Watson estaba en Cambridge. Un tercer grupo estaba en Caltech y estaba dirigido por Linus Pauling. Crick y Watson construyeron modelos físicos utilizando barras y bolas de metal, en los que incorporaron las estructuras químicas conocidas de los nucleótidos, así como la posición conocida de los enlaces que unen un nucleótido con el siguiente a lo largo del polímero. En King's College, Maurice Wilkins y Rosalind Franklin examinaron los patrones de difracción de rayos X de las fibras de ADN. De los tres grupos,

Estructura de hélice

En 1948, Pauling descubrió que muchas proteínas incluían formas helicoidales (ver hélice alfa). Pauling había deducido esta estructura a partir de patrones de rayos X y de intentos de modelar físicamente las estructuras. (Pauling también sugirió más tarde una estructura de ADN helicoidal de tres cadenas incorrecta basada en los datos de Astbury). Incluso en los datos de difracción iniciales del ADN de Maurice Wilkins, era evidente que la estructura involucraba hélices. Pero esta idea fue sólo un comienzo. Quedaban las cuestiones de cuántos hilos se unieron, si este número era el mismo para cada hélice, si las bases apuntaban hacia el eje helicoidal o hacia el otro lado y, en última instancia, cuáles eran los ángulos y coordenadas explícitos de todos los enlaces y átomos. Tales preguntas motivaron los esfuerzos de modelado de Watson y Crick.

Nucleótidos complementarios

En su modelado, Watson y Crick se limitaron a lo que consideraban razonable desde el punto de vista químico y biológico. Aun así, el abanico de posibilidades era muy amplio. Se produjo un gran avance en 1952, cuando Erwin Chargaff visitó Cambridge e inspiró a Crick con una descripción de los experimentos que Chargaff había publicado en 1947. Chargaff había observado que las proporciones de los cuatro nucleótidos varían entre una muestra de ADN y la siguiente, pero que para pares particulares de nucleótidos — adenina y timina, guanina y citosina — los dos nucleótidos están siempre presentes en proporciones iguales.

Usando la difracción de rayos X, así como otros datos de Rosalind Franklin y su información de que las bases estaban emparejadas, James Watson y Francis Crick llegaron al primer modelo preciso de la estructura molecular del ADN en 1953, que fue aceptado mediante inspección por Rosalind Franklin. El descubrimiento fue anunciado el 28 de febrero de 1953; el primer artículo de Watson/Crick apareció en Nature el 25 de abril de 1953. Sir Lawrence Bragg, director del Laboratorio Cavendish, donde trabajaban Watson y Crick, dio una charla en la Facultad de Medicina del Hospital Guy's en Londres el jueves 14 de mayo de 1953. lo que resultó en un artículo de Ritchie Calder en el News Chronicle de Londres, el viernes 15 de mayo de 1953, titulado "Por qué eres tú. El secreto más cercano de la vida". La noticia llegó a los lectores deThe New York Times al día siguiente; Victor K. McElheny, al investigar su biografía, "Watson and DNA: Making a Scientific Revolution", encontró un recorte de un artículo de seis párrafos del New York Times escrito desde Londres y fechado el 16 de mayo de 1953 con el título "Forma de 'Vida Se escanea la unidad en la celda". El artículo se publicó en una primera edición y luego se eliminó para dejar espacio para las noticias consideradas más importantes. (El New York Timesposteriormente publicó un artículo más extenso el 12 de junio de 1953). El periódico de pregrado de la Universidad de Cambridge también publicó su propio artículo breve sobre el descubrimiento el sábado 30 de mayo de 1953. El anuncio original de Bragg en una Conferencia Solvay sobre proteínas en Bélgica el 8 de abril de 1953 no fue informado por la prensa. En 1962, Watson, Crick y Maurice Wilkins recibieron conjuntamente el Premio Nobel de Fisiología o Medicina por su determinación de la estructura del ADN.

"Dogma central"

El modelo de Watson y Crick atrajo un gran interés inmediatamente después de su presentación. Al llegar a su conclusión el 21 de febrero de 1953, Watson y Crick hicieron su primer anuncio el 28 de febrero. En una presentación influyente en 1957, Crick expuso el "dogma central de la biología molecular", que predijo la relación entre el ADN, el ARN y proteínas, y articuló la "hipótesis de la secuencia". Una confirmación crítica del mecanismo de replicación que estaba implícito en la estructura de doble hélice siguió en 1958 en la forma del experimento de Meselson-Stahl. El trabajo de Crick y colaboradores mostró que el código genético se basaba en tripletes de bases no superpuestas, llamados codones, y Har Gobind Khorana y otros descifraron el código genético poco después (1966). Estos hallazgos representan el nacimiento de la biología molecular.

Historia de la estructura terciaria del ARN

Prehistoria: la estructura helicoidal del ARN

El trabajo más antiguo en biología estructural del ARN coincidió, más o menos, con el trabajo realizado sobre el ADN a principios de la década de 1950. En su artículo seminal de 1953, Watson y Crick sugirieron que el amontonamiento de van der Waals por el grupo 2`OH de la ribosa impediría que el ARN adoptara una estructura de doble hélice idéntica al modelo que propusieron, lo que ahora conocemos como ADN en forma B.Esto provocó preguntas sobre la estructura tridimensional del ARN: ¿podría esta molécula formar algún tipo de estructura helicoidal y, de ser así, cómo? Al igual que con el ADN, los primeros trabajos estructurales sobre el ARN se centraron en el aislamiento de polímeros de ARN nativo para el análisis de difracción de fibras. En parte debido a la heterogeneidad de las muestras analizadas, los primeros patrones de difracción de las fibras solían ser ambiguos y difíciles de interpretar. En 1955, Marianne Grunberg-Manago y sus colegas publicaron un artículo que describía la enzima polinucleótido fosforilasa, que separaba un grupo fosfato de los nucleótidos difosfato para catalizar su polimerización.Este descubrimiento permitió a los investigadores sintetizar polímeros de nucleótidos homogéneos, que luego combinaron para producir moléculas de doble cadena. Estas muestras produjeron los patrones de difracción de fibra más fácilmente interpretables obtenidos hasta ahora, lo que sugiere una estructura helicoidal ordenada para el ARN bicatenario afín que difiere de la observada en el ADN. Estos resultados allanaron el camino para una serie de investigaciones sobre las diversas propiedades y propensiones del ARN. A finales de la década de 1950 y principios de la de 1960, se publicaron numerosos artículos sobre diversos temas en la estructura del ARN, incluida la hibridación de ARN-ADN, ARN de triple cadena e incluso cristalografía a pequeña escala de dinucleótidos de ARN (GC y AU) en hélice primitiva. como arreglos.Para una revisión más profunda de los primeros trabajos en biología estructural del ARN, consulte el artículo The Era of RNA Awakening: Structural biology of RNA in the first years de Alexander Rich.

El comienzo: estructura cristalina del ARNt

A mediados de la década de 1960, se estaba estudiando intensamente el papel del ARNt en la síntesis de proteínas. En este punto, los ribosomas se habían implicado en la síntesis de proteínas y se había demostrado que era necesaria una cadena de ARNm para la formación de estas estructuras. En una publicación de 1964, Warner y Rich demostraron que los ribosomas activos en la síntesis de proteínas contenían moléculas de ARNt unidas a los sitios A y P, y discutieron la idea de que estas moléculas ayudaban en la reacción de la peptidil transferasa. Sin embargo, a pesar de la considerable caracterización bioquímica, la base estructural de la función del ARNt seguía siendo un misterio. En 1965, Holley et al.purificó y secuenció la primera molécula de ARNt, proponiendo inicialmente que adoptara una estructura de hoja de trébol, basada en gran medida en la capacidad de ciertas regiones de la molécula para formar estructuras de bucle de tallo. El aislamiento de tRNA resultó ser la primera gran ganancia inesperada en la biología estructural del RNA. Después de la publicación de Robert W. Holley, numerosos investigadores comenzaron a trabajar en el aislamiento de ARNt para el estudio cristalográfico, desarrollando métodos mejorados para aislar la molécula a medida que trabajaban. En 1968, varios grupos habían producido cristales de ARNt, pero resultaron ser de calidad limitada y no proporcionaron datos con las resoluciones necesarias para determinar la estructura. En 1971, Kim et al. logró otro gran avance, produciendo cristales de ARNt de levaduraque se difractó a resoluciones de 2-3 Ångström mediante el uso de espermina, una poliamina natural, que se unió y estabilizó el ARNt. Sin embargo, a pesar de tener cristales adecuados, la estructura del tRNA no se resolvió inmediatamente a alta resolución; más bien se necesitó un trabajo pionero en el uso de derivados de metales pesados ​​y mucho más tiempo para producir un mapa de densidad de alta calidad de toda la molécula. En 1973, Kim et al. produjeron un mapa de 4 Ångström de la molécula de ARNt en el que pudieron rastrear sin ambigüedades toda la columna vertebral. Esta solución sería seguida por muchas más, ya que varios investigadores trabajaron para refinar la estructura y, por lo tanto, dilucidar más a fondo los detalles de las interacciones de emparejamiento y apilamiento de bases, y validar la arquitectura publicada de la molécula.

La estructura del ARNt es notable en el campo de la estructura del ácido nucleico en general, ya que representó la primera solución de una estructura de ácido nucleico de cadena larga de cualquier tipo (ARN o ADN) que precedió a la solución de Richard E. Dickerson de un dodecámero en forma B por casi una década. Además, el ARNt demostró muchas de las interacciones terciarias observadas en la arquitectura del ARN que no se categorizarían ni se comprenderían más a fondo en los próximos años, lo que proporciona una base para toda la investigación estructural futura del ARN.

El renacimiento: la ribozima cabeza de martillo y el intrón del grupo I: P _4-6

Durante un tiempo considerable después de las primeras estructuras de ARNt, el campo de la estructura del ARN no avanzó de manera espectacular. La capacidad de estudiar una estructura de ARN dependía del potencial para aislar el objetivo de ARN. Esto resultó limitante para el campo durante muchos años, en parte porque otros objetivos conocidos, es decir, el ribosoma, eran significativamente más difíciles de aislar y cristalizar. Además, debido a que otros objetivos de ARN interesantes simplemente no se habían identificado, o no se entendían lo suficiente como para considerarlos interesantes, simplemente faltaban cosas para estudiar estructuralmente. Como tal, durante unos veinte años después de la publicación original de la estructura del ARNt, se resolvieron las estructuras de solo un puñado de otros objetivos de ARN, y casi todos estos pertenecían a la familia del ARN de transferencia. Esta desafortunada falta de alcance eventualmente se superaría en gran parte debido a dos importantes avances en la investigación de ácidos nucleicos: la identificación de ribozimas y la capacidad de producirlas a través de la transcripción in vitro.

Posteriormente a la publicación de Tom Cech que implicaba al intrón del grupo I de Tetrahymena como una ribozima autocatalítica, y al informe de Sidney Altman sobre la catálisis por el ARN de la ribonucleasa P, se identificaron varios otros ARN catalíticos a fines de la década de 1980, incluida la ribozima cabeza de martillo. En 1994, McKay et al. publicaron la estructura de un 'complejo inhibidor de ribozima de ARN-ADN de cabeza de martillo' con una resolución de 2,6 Ångström, en el que la actividad autocatalítica de la ribozima se interrumpió mediante la unión a un sustrato de ADN.Finalmente, se demostró que la conformación de la ribozima publicada en este documento era uno de varios estados posibles y, aunque esta muestra en particular era catalíticamente inactiva, las estructuras posteriores han revelado su arquitectura de estado activo. Esta estructura fue seguida por la publicación de Jennifer Doudna de la estructura de los dominios P4-P6 del intrón del grupo I de Tetrahymena, un fragmento de la ribozima originalmente hecho famoso por Cech. La segunda cláusula en el título de esta publicación - Principios del empaquetamiento de ARN- demuestra de manera concisa el valor de estas dos estructuras: por primera vez, se pudieron hacer comparaciones entre estructuras de ARNt bien descritas y aquellas de ARN globulares fuera de la familia de transferencia. Esto permitió construir el marco de categorización para la estructura terciaria del ARN. Ahora era posible proponer la conservación de motivos, pliegues y diversas interacciones estabilizadoras locales. Para una revisión inicial de estas estructuras y sus implicaciones, consulte RNA FOLDS: Insights from recent crystal structures, de Doudna y Ferre-D'Amare.

Además de los avances realizados en la determinación de la estructura global a través de la cristalografía, a principios de la década de 1990 también se implementó la RMN como una técnica poderosa en la biología estructural del ARN. Coincidiendo con la resolución cristalográfica de las estructuras de ribozima a gran escala, se resolvieron mediante RMN una serie de estructuras de ARN pequeños y ARN complejados con fármacos y péptidos. Además, la RMN ahora se estaba utilizando para investigar y complementar estructuras cristalinas, como lo demuestra la determinación de una estructura de motivo de receptor tetraloop aislada publicada en 1997.Investigaciones como esta permitieron una caracterización más precisa de las interacciones de emparejamiento de bases y apilamiento de bases que estabilizaron los pliegues globales de las moléculas de ARN grandes. Michel y Costa describieron proféticamente bien la importancia de comprender los motivos estructurales terciarios del ARN en su publicación identificando el motivo tetraloop: "... conjunto de motivos terciarios. La identificación de estos motivos sería de gran ayuda para las empresas de modelado, que seguirán siendo esenciales mientras la cristalización de grandes ARN siga siendo una tarea difícil".

La era moderna: la era de la biología estructural del ARN

El resurgimiento de la biología estructural del ARN a mediados de la década de 1990 ha provocado una verdadera explosión en el campo de la investigación estructural de los ácidos nucleicos. Desde la publicación de las estructuras de cabeza de martillo y P _4-6, se han realizado numerosas contribuciones importantes al campo. Algunos de los ejemplos más notables incluyen las estructuras de los intrones del Grupo I y el Grupo II, y el Ribosoma resuelto por Nenad Ban y sus colegas en el laboratorio de Thomas Steitz. Las primeras tres estructuras se produjeron usando in vitrotranscripción, y que la RMN ha desempeñado un papel en la investigación de componentes parciales de las cuatro estructuras, testimonios de la indispensabilidad de ambas técnicas para la investigación del ARN. Más recientemente, el Premio Nobel de Química de 2009 fue otorgado a Ada Yonath, Venkatraman Ramakrishnan y Thomas Steitz por su trabajo estructural en el ribosoma, lo que demuestra el papel destacado que ha tenido la biología estructural del ARN en la biología molecular moderna.

Historia de la bioquímica de proteínas.

Primer aislamiento y clasificación

Las proteínas fueron reconocidas como una clase distinta de moléculas biológicas en el siglo XVIII por Antoine Fourcroy y otros. Los miembros de esta clase (llamados "albuminoides", Eiweisskörper o matières albuminoides) fueron reconocidos por su capacidad para coagular o flocular bajo diversos tratamientos, como calor o ácido; ejemplos bien conocidos a principios del siglo XIX incluyen albúmina de clara de huevo, albúmina de suero sanguíneo, fibrina y gluten de trigo. La similitud entre la cocción de las claras de huevo y el cuajado de la leche se reconoció incluso en la antigüedad; por ejemplo, el nombre albumen para la proteína de clara de huevo fue acuñado por Plinio el Viejo del latín albus ovi (clara de huevo).

Con el asesoramiento de Jöns Jakob Berzelius, el químico holandés Gerhardus Johannes Mulder llevó a cabo análisis elementales de proteínas animales y vegetales comunes. Para sorpresa de todos, todas las proteínas tenían casi la misma fórmula empírica, aproximadamente C ₄₀₀ H ₆₂₀ N ₁₀₀ O ₁₂₀ con átomos individuales de azufre y fósforo. Mulder publicó sus hallazgos en dos artículos (1837, 1838) y planteó la hipótesis de que había una sustancia básica (Grundstoff) de proteínas, y que las plantas la sintetizaban y los animales la absorbían en la digestión. Berzelius fue uno de los primeros defensores de esta teoría y propuso el nombre de "proteína" para esta sustancia en una carta fechada el 10 de julio de 1838.

El nombre proteína que propone para el óxido orgánico de fibrina y albúmina, lo quise derivar de [la palabra griega] πρωτειος, porque parece ser la sustancia primitiva o principal de la alimentación animal.

Mulder pasó a identificar los productos de la degradación de proteínas, como el aminoácido leucina, para el que encontró un peso molecular (casi correcto) de 131 Da.

Purificaciones y medidas de masa

El peso molecular mínimo sugerido por los análisis de Mulder fue de aproximadamente 9 kDa, cientos de veces más grande que otras moléculas en estudio. Por lo tanto, la estructura química de las proteínas (su estructura primaria) fue un área activa de investigación hasta 1949, cuando Fred Sanger secuenció la insulina. La teoría (correcta) de que las proteínas eran polímeros lineales de aminoácidos unidos por enlaces peptídicos fue propuesta de forma independiente y simultánea por Franz Hofmeister y Emil Fischer en la misma conferencia en 1902. Sin embargo, algunos científicos se mostraron escépticos de que macromoléculas tan largas pudieran ser estables en solución.. En consecuencia, se propusieron numerosas teorías alternativas de la estructura primaria de la proteína, por ejemplo, la hipótesis coloidal de que las proteínas eran ensamblajes de moléculas pequeñas, la hipótesis del ciclol de Dorothy Wrinch, la hipótesis de la dicetopiperazina de Emil Abderhalden y la hipótesis del pirrol/piperidina de Troensgard (1942). La mayoría de estas teorías tenían dificultades para explicar el hecho de que la digestión de proteínas producía péptidos y aminoácidos. Theodor Svedberg finalmente demostró que las proteínas son macromoléculas de composición bien definida (y no mezclas coloidales) utilizando ultracentrifugación analítica. La posibilidad de que algunas proteínas sean asociaciones no covalentes de tales macromoléculas fue demostrada por Gilbert Smithson Adair (al medir la presión osmótica de la hemoglobina) y, más tarde, por Frederic M. Richards en sus estudios de la ribonucleasa S. La espectrometría de masas de proteínas ha Durante mucho tiempo ha sido una técnica útil para identificar modificaciones postraduccionales y, más recientemente, para sondear la estructura de la proteína. La mayoría de estas teorías tenían dificultades para explicar el hecho de que la digestión de proteínas producía péptidos y aminoácidos. Theodor Svedberg finalmente demostró que las proteínas son macromoléculas de composición bien definida (y no mezclas coloidales) utilizando ultracentrifugación analítica. La posibilidad de que algunas proteínas sean asociaciones no covalentes de tales macromoléculas fue demostrada por Gilbert Smithson Adair (al medir la presión osmótica de la hemoglobina) y, más tarde, por Frederic M. Richards en sus estudios de la ribonucleasa S. La espectrometría de masas de proteínas ha Durante mucho tiempo ha sido una técnica útil para identificar modificaciones postraduccionales y, más recientemente, para sondear la estructura de la proteína. La mayoría de estas teorías tenían dificultades para explicar el hecho de que la digestión de proteínas producía péptidos y aminoácidos. Theodor Svedberg finalmente demostró que las proteínas son macromoléculas de composición bien definida (y no mezclas coloidales) utilizando ultracentrifugación analítica. La posibilidad de que algunas proteínas sean asociaciones no covalentes de tales macromoléculas fue demostrada por Gilbert Smithson Adair (al medir la presión osmótica de la hemoglobina) y, más tarde, por Frederic M. Richards en sus estudios de la ribonucleasa S. La espectrometría de masas de proteínas ha Durante mucho tiempo ha sido una técnica útil para identificar modificaciones postraduccionales y, más recientemente, para sondear la estructura de la proteína. Theodor Svedberg finalmente demostró que las proteínas son macromoléculas de composición bien definida (y no mezclas coloidales) utilizando ultracentrifugación analítica. La posibilidad de que algunas proteínas sean asociaciones no covalentes de tales macromoléculas fue demostrada por Gilbert Smithson Adair (al medir la presión osmótica de la hemoglobina) y, más tarde, por Frederic M. Richards en sus estudios de la ribonucleasa S. La espectrometría de masas de proteínas ha Durante mucho tiempo ha sido una técnica útil para identificar modificaciones postraduccionales y, más recientemente, para sondear la estructura de la proteína. Theodor Svedberg finalmente demostró que las proteínas son macromoléculas de composición bien definida (y no mezclas coloidales) utilizando ultracentrifugación analítica. La posibilidad de que algunas proteínas sean asociaciones no covalentes de tales macromoléculas fue demostrada por Gilbert Smithson Adair (al medir la presión osmótica de la hemoglobina) y, más tarde, por Frederic M. Richards en sus estudios de la ribonucleasa S. La espectrometría de masas de proteínas ha Durante mucho tiempo ha sido una técnica útil para identificar modificaciones postraduccionales y, más recientemente, para sondear la estructura de la proteína.

La mayoría de las proteínas son difíciles de purificar en cantidades superiores a miligramos, incluso utilizando los métodos más modernos. Por lo tanto, los primeros estudios se centraron en las proteínas que podían purificarse en grandes cantidades, por ejemplo, las de la sangre, la clara de huevo, varias toxinas y enzimas digestivas/metabólicas obtenidas de los mataderos. Muchas técnicas de purificación de proteínas se desarrollaron durante la Segunda Guerra Mundial en un proyecto dirigido por Edwin Joseph Cohn para purificar las proteínas de la sangre para ayudar a mantener con vida a los soldados. A fines de la década de 1950, Armor Hot Dog Co. purificó 1 kg (= un millón de miligramos) de ribonucleasa A pancreática bovina pura y la puso a disposición de científicos de todo el mundo a bajo costo. Este generoso acto convirtió a la RNasa A en la proteína principal para la investigación básica durante las próximas décadas, lo que resultó en varios premios Nobel.

Plegado de proteínas y primeros modelos estructurales.

El estudio del plegamiento de proteínas comenzó en 1910 con un famoso artículo de Harriette Chick y CJ Martin, en el que mostraban que la floculación de una proteína estaba compuesta por dos procesos distintos: la precipitación de una proteína a partir de una solución estaba precedidapor otro proceso llamado desnaturalización, en el que la proteína se volvió mucho menos soluble, perdió su actividad enzimática y se volvió químicamente más reactiva. A mediados de la década de 1920, Tim Anson y Alfred Mirsky propusieron que la desnaturalización era un proceso reversible, una hipótesis correcta que inicialmente algunos científicos satirizaron como "deshervir el huevo". Anson también sugirió que la desnaturalización era un proceso de dos estados ("todo o nada"), en el que una transición molecular fundamental producía cambios drásticos en la solubilidad, la actividad enzimática y la reactividad química; señaló además que los cambios de energía libre tras la desnaturalización eran mucho menores que los que normalmente se producen en las reacciones químicas. En 1929, Hsien Wu planteó la hipótesis de que la desnaturalización era el desdoblamiento de proteínas, un cambio puramente conformacional que resultó en la exposición de las cadenas laterales de aminoácidos al solvente. De acuerdo con esta hipótesis (correcta), la exposición de las cadenas laterales alifáticas y reactivas al solvente hizo que la proteína fuera menos soluble y más reactiva, mientras que la pérdida de una conformación específica provocó la pérdida de actividad enzimática. Aunque se consideró plausible, la hipótesis de Wu no se aceptó de inmediato, ya que se sabía muy poco sobre la estructura y la enzimología de las proteínas y otros factores podrían explicar los cambios en la solubilidad, la actividad enzimática y la reactividad química. A principios de la década de 1960, Chris Anfinsen demostró que el plegamiento de la ribonucleasa A era completamente reversible sin necesidad de cofactores externos, verificando la "hipótesis termodinámica".

La hipótesis del plegamiento de proteínas fue seguida por la investigación de las interacciones físicas que estabilizan las estructuras de proteínas plegadas. Dorothy Wrinch e Irving Langmuir plantearon la hipótesis del papel crucial de las interacciones hidrofóbicas, como un mecanismo que podría estabilizar sus estructuras de cicloles. Aunque apoyada por JD Bernal y otros, esta hipótesis (correcta) fue rechazada junto con la hipótesis del ciclol, que fue refutada en la década de 1930 por Linus Pauling (entre otros). En cambio, Pauling defendió la idea de que la estructura de la proteína se estabilizaba principalmente por enlaces de hidrógeno, una idea propuesta inicialmente por William Astbury (1933). Sorprendentemente, la teoría incorrecta de Pauling sobre los enlaces H resultó en su correctamodelos para los elementos de la estructura secundaria de las proteínas, la hélice alfa y la hoja beta. La interacción hidrofóbica fue restaurada a su correcta prominencia por un famoso artículo de 1959 de Walter Kauzmann sobre la desnaturalización, basado en parte en el trabajo de Kaj Linderstrøm-Lang. Bjerrum, Weber y Arne Tiselius demostraron la naturaleza iónica de las proteínas, pero Linderstrom-Lang demostró que las cargas eran generalmente accesibles al solvente y no estaban unidas entre sí (1949).

La estructura secundaria y terciaria de baja resolución de las proteínas globulares se investigó inicialmente mediante métodos hidrodinámicos, como la ultracentrifugación analítica y la birrefringencia de flujo. En la década de 1950 se desarrollaron métodos espectroscópicos para sondear la estructura de las proteínas (como el dicroísmo circular, la fluorescencia, la absorbancia en el ultravioleta cercano y el infrarrojo). Las primeras estructuras de proteínas de resolución atómica se resolvieron mediante cristalografía de rayos X en la década de 1960 y mediante RMN en la década de 1980. A partir de 2019, Protein Data Bank tiene más de 150,000 estructuras de proteínas de resolución atómica. En tiempos más recientes, la microscopía crioelectrónica de grandes conjuntos macromoleculares ha logrado una resolución atómica, y la predicción computacional de la estructura de proteínas de pequeños dominios de proteínas se acerca a la resolución atómica.