Xileno cianol

Xileno cianol se puede utilizar como marcador de color electroforético, o tinte de seguimiento, para monitorear el proceso de electroforesis en gel de agarosa y electroforesis en gel de poliacrilamida. Para este fin también se pueden utilizar el azul de bromofenol y el naranja G.

Una vez mezclado con la muestra, la concentración de xileno cianol suele ser de aproximadamente 0,005 % a 0,03 %.

Velocidad de migración

En geles de agarosa al 1 %, el xileno cianol migra aproximadamente a la misma velocidad que un fragmento de ADN de 4 a 5 kilopares de bases, aunque esto depende del tampón utilizado. El xileno cianol sobre un gel de poliacrilamida al 6 % migra a la velocidad de un fragmento de ADN de 140 pares de bases. En electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE) desnaturalizante (urea 7 M) al 20 %, el xileno cianol migra aproximadamente a la velocidad de un oligonucleótido de 25 bases.