Ribotipado

La ribotipificación es una técnica molecular para la identificación y caracterización de bacterias que utiliza información de análisis filogenéticos basados en ARNr. Es un método rápido y específico ampliamente utilizado en diagnóstico clínico y análisis de comunidades microbianas en alimentos, agua y bebidas.

Todas las bacterias tienen genes ribosómicos, pero la secuencia exacta es única para cada especie y sirve como huella genética. Por lo tanto, secuenciar el gen 16S particular y compararlo con una base de datos permitiría identificar la especie particular.

Técnica

La ribotipificación implica la digestión del ADN genómico bacteriano con enzimas de restricción específicas. Cada enzima de restricción corta el ADN en una secuencia de nucleótidos específica, lo que da como resultado fragmentos de diferentes longitudes.

Esos fragmentos luego se procesan en una electroforesis en gel, donde se separan según su tamaño: la aplicación de un campo eléctrico al gel en el que están suspendidos provoca el movimiento de los fragmentos de ADN (todos cargados negativamente debido a la presencia de fosfato grupos) a través de una matriz hacia el extremo cargado positivamente del campo. Los fragmentos pequeños se mueven más fácil y rápidamente a través de la matriz, alcanzando una distancia mayor desde la posición inicial que los fragmentos más grandes.

Después de la separación en la matriz del gel, los fragmentos de ADN se mueven sobre membranas de nailon y se hibridan con una sonda de ARNr 16S o 23S marcada. De esta manera sólo se visualizan y analizan los fragmentos que codifican dicho ARNr. Luego, el patrón se digitaliza y se utiliza para identificar el origen del ADN mediante una comparación con organismos de referencia en una base de datos informática.

Conceptualmente, la ribotipificación es similar a sondear fragmentos de restricción de ADN cromosómico con sondas clonadas (sondas clonadas aleatoriamente o sondas derivadas de una secuencia codificante específica, como la de un factor de virulencia).