Quimera de la UCSF

UCSF Chimera (o simplemente Chimera) es un programa extensible para la visualización y el análisis interactivos de estructuras moleculares y datos relacionados, incluidos mapas de densidad, ensamblajes supramoleculares, alineaciones de secuencias, resultados de acoplamiento, trayectorias y conjuntos conformacionales. Se pueden crear imágenes y películas de alta calidad. Chimera incluye documentación completa y se puede descargar de forma gratuita para uso no comercial.

Chimera es desarrollado por el Centro de Recursos para Bioinformática, Visualización e Informática (RBVI) de la Universidad de California en San Francisco. El desarrollo cuenta con el apoyo parcial de los Institutos Nacionales de Salud (subvención NIGMS P41-GM103311). El programa de próxima generación es UCSF ChimeraX.

• identificación automática del átomo
• Adiciones de hidrógeno y asignación de carga parcial
• alta calidad de bono de hidrógeno, contacto y detección de choque
• medidas: distancias, ángulos, superficie, volumen
• cálculo de centroides, ejes, planos y mediciones asociadas
• aminoácidos bibliotecas rotativas, proteína Ramachandran trama, mapa de contacto de proteínas
• estructura construcción y rotación de bonos
• dinámica molecular de reproducción de trayectoria (muchos formatos), tramas de distancia y ángulo
• morder entre conformaciones de una proteína o incluso diferentes proteínas
• muestra de atributos (B-factor, hidrofobicidad, etc.) con colores, radios, "worms"
• fácil creación de atributos personalizados con simples entradas de archivos de texto
• Herramienta ViewDock para facilitar la detección interactiva de los resultados del docking
• rico conjunto de comandos, potente sintaxis de especificación
• muchos formatos leídos, PDB y Mol2 escritos
• Web y búsqueda de Protein Data Bank, CATH o SCOP (dominios), EDS (mapas de densidad), EMDB (mapas de densidad), ModBase (modelos comparativos), CASTp (mediciones de bolsillo de proteínas), Pub3D (estructuras pequeñas de molécula), VIPERdb (capsidos de virus icosahedral), UniProt ( secuencias de proteínas a otros)
• interfaces a PDB2PQR carga / asignación de radios, cálculos electrostáticos APBS, AutoDock Vina

• imágenes de alta resolución
• efectos visuales que incluyen sombras interactivas, bordes de silueta, fondo multicolor
• representaciones moleculares estándar (adhesivos, esferas, cintas, superficies moleculares)
• tubos-y-planks para helices y hebras; objetos nucleótidos incluyendo piruletas y peldaños de escalera
• ellipsoides para mostrar anisotrópico B-factores
• objetos geométricos no moleculares
• renderizaciones de mapas de densidad y otros datos de volumen (ver abajo)
• etiquetado con texto, símbolos, flechas, teclas de color
• diferentes estructuras se pueden cortar de forma diferente y en cualquier ángulo
• rayos opcionales con POV-Ray
• paisaje export a X3D y otros formatos
• sencilla interfaz gráfica para crear películas interactivamente
• escenas se pueden colocar como claves a lo largo de una línea de tiempo de animación
• alternativamente, el contenido de la película y la grabación pueden ser scripted; rico conjunto de comandos relacionados
• grabación de películas se integra con la reproducción de morfología y trayectoria MD

• muchos formatos de mapas de datos de volumen ( densidad electrónica, potencial electrostático, otros) leído, varios escritos
• ajuste del umbral interactivo, múltiples isosurfaces (mesh o sólido), renderizaciones transparentes
• accesorios de coordenadas atómicas a mapas y mapas a mapas
• mapas de densidad se pueden crear desde coordenadas atómicas
• marcadores se pueden colocar en mapas y conectados con caminos suaves
• visualización de planos de datos individuales o múltiples planos ortogonales
• volumen de datos de tiempo de reproducción y morfificación
• muchas herramientas para segmentar y editar mapas
• Suave Gaussian, transformado Fourier, otro filtro y normalización
• medidas: superficie, volumen cerrado, simetría de mapas, otros

• muchos formatos de alineación de secuencia leídos, escritos
• alineaciones de secuencia se pueden crear, editar
• secuencias automáticamente asociadas con estructuras
• secuencia-estructura crosstalk: resaltar en uno destaca el otro
• proteína BLAST búsqueda a través Servicio web
• múltiples alineación de secuencia a través de los servicios de Clustal Omega y MUSCLE Web
• interfaces a MODELLER para modelado de homología y construcción de bucles
• superposición de estructura con o sin alineación de secuencia preexistente
• generación de alineaciones de secuencia basadas en la estructura de múltiples superposiciones
• varios métodos para calcular valores de conservación y visualización en estructuras asociadas
• encabezado RMSD (histograma por encima de las secuencias) mostrando variabilidad espacial de las estructuras asociadas
• encabezados definidos por el usuario, incluyendo histogramas y símbolos de colores
• UniProt y CDD características anotaciones mostradas como cajas coloreadas en secuencias
• árboles en formato Newick read/displayed

• Lista de sistemas gráficos moleculares
• Modelado molecular
• Gráficos moleculares
• Dinámica molecular
• Molecule editor
• Software para el modelado de mecánica molecular

• Sitio oficial
• Descarga del programa
• Documentación del programa
• Galería de imágenes de Chimera y Galería de Animación
• Publicaciones sobre Chimera
• Recursos para Biocomputación, Visualización e Informática
• University of California, San Francisco
• UCSF Chimera Sitio web de X