PubMed Central

PubMed Central (PMC) es un repositorio digital gratuito que archiva artículos académicos de texto completo en acceso abierto que se han publicado en revistas biomédicas y de ciencias biológicas. Como una de las principales bases de datos de investigación desarrollada por el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), PubMed Central es más que un depósito de documentos. Los envíos a PMC están indexados y formateados para metadatos mejorados, ontología médica e identificadores únicos que enriquecen los datos estructurados XML de cada artículo. El contenido de PMC se puede vincular a otras bases de datos del NCBI y se puede acceder a él a través de los sistemas de búsqueda y recuperación de Entrez, lo que mejora aún más la capacidad del público para descubrir, leer y aprovechar su conocimiento biomédico.

PubMed Central es distinto de PubMed. PubMed Central es un archivo digital gratuito de artículos completos, accesible para cualquier persona desde cualquier lugar a través de un navegador web (con distintas disposiciones para su reutilización). Por el contrario, aunque PubMed es una base de datos con capacidad de búsqueda de citas y resúmenes biomédicos, el artículo de texto completo se encuentra en otro lugar (impreso o en línea, gratuito o detrás de un muro de pago para suscriptores).

En diciembre de 2018, el archivo de PMC contenía más de 5,2 millones de artículos, con contribuciones provenientes de editores o autores que depositaron sus manuscritos en el repositorio según la Política de acceso público de los NIH. Datos anteriores muestran que entre enero de 2013 y enero de 2014 los depósitos iniciados por los autores superaron los 103.000 artículos durante un período de 12 meses. PMC identifica alrededor de 4.000 revistas que participan de alguna manera para depositar su contenido publicado en el repositorio de PMC. Algunos editores retrasan la publicación de sus artículos en PubMed Central durante un tiempo determinado después de la publicación, denominado "período de embargo", que va desde unos pocos meses hasta algunos años, según la revista. (Los embargos de seis a doce meses son los más comunes.) PubMed Central es un ejemplo clave de "distribución externa sistemática por parte de un tercero", que todavía está prohibida por los acuerdos de colaboración de muchos editores.

Historia

PubMed Central comenzó como E-biomed, propuesto inicialmente en mayo de 1999 por el entonces director de los NIH, Harold Varmus. La idea se le ocurrió "bruscamente" en diciembre de 1998, inspirado en el uso inicial de arXiv para preimpresiones después de una presentación de Pat Brown de Stanford y David Lipman, director del NCBI:

Pero mis puntos de vista se ampliaron abruptamente una mañana en diciembre de 1998 cuando conocí a Pat Brown para tomar café, en el café que anteriormente era la famosa panadería Tassajara, en la esquina de Cole y Parnassus, durante una visita a San Francisco. [...] Unas semanas antes de nuestro café, Pat había aprendido sobre los métodos que utiliza el físico Paul Ginsparg y sus colegas en Los Álamos para permitir que los físicos y los matemáticos compartan su trabajo entre sí por Internet. Estaban publicando "preprints" (artículos aún no presentados o aceptados para publicación) en un sitio web de acceso público (llamado LanX o arXiv) para que alguien leyera y criticara. [...] Cuanto más pensaba en esto, más estaba convencido de que una reestructuración radical de métodos para publicar, transmitir, almacenar y utilizar informes de investigación biomédica podría ser posible y beneficiosa. En un espíritu de entusiasmo e inocencia política, escribí un largo manifiesto, proponiendo la creación de un sistema en línea apoyado por NIH, llamado E-biomed.

El objetivo de E-biomed era proporcionar acceso gratuito a toda la investigación biomédica. Los artículos enviados a E-biomed podrían tomar una de dos rutas: publicarse inmediatamente como preimpresión o mediante un proceso tradicional de revisión por pares. El proceso de revisión por pares debía parecerse a las revistas superpuestas contemporáneas, con un consejo editorial externo que conservaba el control sobre el proceso de revisión, curación y listado de artículos que, de otro modo, serían de libre acceso en el servidor central de E-biomed. Varmus tenía la intención de aprovechar las nuevas posibilidades que presenta la comunicación digital de resultados científicos, imaginando una conversación continua sobre trabajos publicados, documentos versionados y documentos enriquecidos en "capas". formatos que permiten múltiples niveles de detalle.

La propuesta de crear un índice central de investigación biomédica supuso un alejamiento radical de las normas editoriales predominantes. Antes de Internet, los índices de publicaciones funcionaban en gran medida como ISBN: asignados por las agencias de registro a editores secundarios. La idea de que cualquiera pudiera poseer su propio espacio de direcciones a través de un nombre de dominio y crear su propio sistema de indexación era una idea completamente nueva. Las principales editoriales comerciales habían comenzado a experimentar con un sistema de indexación de artículos científicos compartidos entre editoriales ya en 1993, y se sintieron impulsadas a actuar tras la propuesta de E-biomed. En la Conferencia Anual de Frankfurt de STM de octubre de 1999, varias editoriales lideradas por Springer-Verlag llegaron a un apresurado consenso en la sala de conferencias para lanzar el prototipo de su competidor:

En la reunión del Consejo de la asociación STM, celebrada la tarde del lunes 11 de octubre antes de la apertura del miércoles, la discusión se centró en una nueva iniciativa de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) llamada E-Biomed (más tarde PubMed Central) que había sido propuesta por Harold Varmus de los Institutos Nacionales de Salud en la primavera de 1999. Varmus imaginó un archivo digital de revistas, accesible gratuitamente y con el valor añadido de enlace de referencia. "Nuestro consenso fue que los editores deberían ser los que hacen el enlace", dijo Bob Campbell, quien presidió la reunión. "Desde que estábamos 'más arriba de la corriente,' por así decirlo, debemos ser capaces de vincular nuestros artículos por delante del NLM como parte del proceso de producirlos. Stefan von Holtzbrinck luego puso la bola rodando ofreciendo vincular publicaciones de la naturaleza con otras. Decidimos emitir un anuncio de una amplia iniciativa de vinculación de referencia STM. Fue, por supuesto, un movimiento estratégico sólo, ya que no teníamos plan ni prototipo".

Un pequeño grupo liderado por Arnoud de Kemp de Springer-Verlag se reunió en una sala adyacente inmediatamente después de la reunión de la Junta para redactar el anuncio, que se distribuyó a todos los asistentes de la reunión anual STM al día siguiente y se publicó en una publicación de membresía STM. [...] El beneficio potencial del servicio que se convertiría en CrossRef era inmediatamente evidente. Organizaciones como AIP e IOP (Institute of Physics) habían comenzado a vincularse con las publicaciones de cada uno, y la imposibilidad de replicar esos arreglos únicos en toda la industria era obvia. Como dijo Tim Ingoldsby más tarde, "Todos esos acuerdos de vinculación iban a matarnos".

Bajo la presión de un vigoroso lobby de editores comerciales y sociedades científicas que temían pérdida de ganancias, los funcionarios de los NIH anunciaron una propuesta revisada de PubMed Central en agosto de 1999. PMC recibiría presentaciones de los editores, en lugar de los autores como en E-biomed. A las publicaciones se les permitieron límites de pago con restricciones de tiempo de hasta un año. PMC solo permitiría trabajos revisados por pares, no preimpresiones. El sistema de enlaces dirigido por el editor, entonces sin nombre, poco después se convirtió en CrossRef y el sistema DOI más grande. Varmus, Brown y otros, incluido Michael Eisen, fundaron la Biblioteca Pública de Ciencias (PLoS) en 2001 y llegaron a la conclusión de que "si realmente queremos cambiar la publicación de investigaciones científicas, debemos publicarlas nosotros mismos". ."

Adopción

Lanzado en febrero de 2000, el repositorio ha crecido rápidamente a medida que la Política de Acceso Público de los NIH está diseñada para hacer que todas las investigaciones financiadas por los Institutos Nacionales de Salud (NIH) sean de libre acceso para cualquier persona y, además, muchos editores están trabajando de forma cooperativa. con el NIH para proporcionar acceso gratuito a sus obras. A finales de 2007, se promulgó la Ley de Asignaciones Consolidadas de 2008 (H.R. 2764) e incluía una disposición que exigía que los NIH modificaran sus políticas y exigieran la inclusión en PubMed Central de copias electrónicas completas de sus investigaciones y hallazgos revisados por pares financiados por los NIH. investigación. Estos artículos deben incluirse dentro de los 12 meses posteriores a su publicación. Esta es la primera vez que el gobierno de EE. UU. exige que una agencia proporcione acceso abierto a la investigación y es una evolución de la política de 2005, en la que el NIH pidió a los investigadores que agregaran voluntariamente sus investigaciones a PubMed Central.

Wellcome Trust y la Biblioteca Británica han desarrollado una versión británica del sistema PubMed Central, UK PubMed Central (UKPMC), como parte de un grupo de nueve financiadores de investigación del Reino Unido. Este sistema entró en funcionamiento en enero de 2007. El 1 de noviembre de 2012, se convirtió en Europe PubMed Central. El miembro canadiense de la red PubMed Central International, PubMed Central Canada, se lanzó en octubre de 2009.

La Biblioteca Nacional de Medicina "NLM Journal Publishing Tag Set" revista artículo markup idioma está disponible libremente. La Association of Learned and Professional Society Publishers comenta que "es probable que se convierta en el estándar para la preparación de contenidos académicos tanto para libros como para revistas". Un DTD relacionado está disponible para libros. La Biblioteca del Congreso y la Biblioteca Británica han anunciado apoyo para el DTD NLM. También ha sido popular entre los proveedores de servicios de revistas.

Con la publicación de planes de acceso público para muchas agencias más allá de los NIH, PMC está en proceso de convertirse en el depósito de una variedad más amplia de artículos. Esto incluye contenido de la NASA, con la interfaz denominada "PubSpace".

Tecnología

Los editores envían los artículos a PubMed Central en XML o SGML, utilizando una variedad de DTD de artículos. Las editoriales más antiguas y más grandes pueden tener sus propias DTD internas establecidas, pero muchas editoriales utilizan la DTD de NLM Journal Publishing (ver arriba).

Los artículos recibidos se convierten a través de XSLT a la DTD de archivo e intercambio NLM muy similar. Este proceso puede revelar errores que se reportan al editor para su corrección. Los gráficos también se convierten en formatos y tamaños estándar. Las formas originales y convertidas son archivadas. El formulario convertido se traslada a una base de datos relacional, junto con archivos asociados para gráficos, multimedia u otros datos asociados. Muchos editores también proporcionan PDF de sus artículos, y éstos están disponibles sin cambios.

Las citas bibliográficas se analizan y vinculan automáticamente a los resúmenes relevantes en PubMed, artículos en PubMed Central y recursos sobre publicaciones de editores. Sitios web. Los enlaces de PubMed también conducen a PubMed Central. Las referencias irresolubles, como revistas o artículos particulares que aún no están disponibles en una de estas fuentes, se rastrean en la base de datos y se activan automáticamente. cuando los recursos estén disponibles.

Un sistema de indexación interno proporciona capacidad de búsqueda y tiene en cuenta la terminología biológica y médica, como nombres de medicamentos genéricos o patentados, y nombres alternativos de organismos, enfermedades y partes anatómicas.

Cuando un usuario accede al número de una revista, se genera automáticamente una tabla de contenidos al recuperar todos los artículos, cartas, editoriales, etc. de ese número. Cuando se llega a un elemento real, como un artículo, PubMed Central convierte el marcado NLM a HTML para su entrega y proporciona enlaces a objetos de datos relacionados. Esto es factible porque la variedad de datos entrantes se ha convertido primero a DTD y formatos gráficos estándar.

En un flujo de envío separado, los autores financiados por los NIH pueden depositar artículos en PubMed Central mediante el envío de manuscritos de los NIH (NIHMS). Los artículos así enviados normalmente pasan por el marcado XML para poder convertirse a NLM DTD.

Recepción

Las reacciones a PubMed Central entre la comunidad editorial académica varían entre un entusiasmo genuino por parte de algunos y una preocupación cautelosa por parte de otros.

Si bien PMC es un socio bienvenido para los editores de acceso abierto en su capacidad de aumentar el descubrimiento y la difusión del conocimiento biomédico, esa misma verdad hace que otros se preocupen por el tráfico que se desvía de la versión publicada del registro, las consecuencias económicas de un menor número de lectores. , así como el efecto sobre el mantenimiento de una comunidad de académicos dentro de las sociedades científicas. Un análisis de 2013 encontró pruebas sólidas de que los repositorios públicos de artículos publicados eran responsables de "ahuyentar a un número significativo de lectores de los sitios web de revistas" y de que "los repositorios públicos de artículos publicados eran responsables de" alejar a un número significativo de lectores de los sitios web de revistas. y que "el efecto del PMC está creciendo con el tiempo".

Bibliotecas, universidades, partidarios de acceso abierto, grupos de defensa de la salud de los consumidores y organizaciones de derechos de los pacientes han aplaudido PubMed Central, y esperan ver repositorios similares de acceso público desarrollados por otras agencias de financiación federales para compartir libremente cualquier publicación de investigación que fuera el resultado del apoyo a los contribuyentes.

El estudio de Antelman sobre publicaciones en acceso abierto encontró que en filosofía, ciencias políticas, ingeniería eléctrica y electrónica y matemáticas, los artículos en acceso abierto tuvieron un mayor impacto en la investigación. Un ensayo aleatorio encontró un aumento en las descargas de contenido de artículos de acceso abierto, sin ninguna ventaja de citación sobre el acceso por suscripción un año después de la publicación.

La política de los NIH y el trabajo del repositorio de acceso abierto han inspirado una directiva presidencial de 2013 que también ha provocado acciones en otras agencias federales.

En marzo de 2020, PubMed Central aceleró sus procedimientos de depósito para el texto completo de las publicaciones sobre coronavirus. La NLM lo hizo a pedido de la Oficina de Política Científica y Tecnológica de la Casa Blanca y de científicos internacionales para mejorar el acceso de científicos, proveedores de atención médica, innovadores de minería de datos, investigadores de atención médica de inteligencia artificial y el público en general.

PMCID

El PMCID (identificador de PubMed Central), también conocido como número de referencia de PMC, es un identificador bibliográfico para la base de datos de acceso abierto PubMed Central, al igual que el PMID es el identificador bibliográfico de la base de datos PubMed. Sin embargo, los dos identificadores son distintos. Consta de "PMC" seguido de una cadena de números. El formato es:

• PMCID: PMC1852221

Los autores que soliciten premios NIH deben incluir el PMCID en su solicitud.