Pseudomonadota

Pseudomonadota (sinónimo Proteobacteria) es un filo importante de bacterias Gram-negativas. El cambio de nombre de phyla en 2021 sigue siendo controvertido entre los microbiólogos, muchos de los cuales continúan usando los nombres anteriores de larga data en la literatura. El filo Proteobacteria incluye una amplia variedad de géneros patógenos, como Escherichia, Salmonella, Vibrio, Yersinia, Legionella, y muchos otros. Otros son de vida libre (no parásitos) e incluyen muchas de las bacterias responsables de la fijación de nitrógeno.

Carl Woese estableció esta agrupación en 1987, llamándola informalmente la "bacteria púrpura y sus parientes". Debido a la gran diversidad de formas encontradas en este grupo, más tarde recibió el nombre informal de Proteobacteria, en honor a Proteo, un dios griego del mar capaz de asumir muchas formas diferentes (no por el género Proteobacteria Proteus). En 2021, el Comité Internacional de Sistemática de Procariotas designó el sinónimo Pseudomonadota.

Características

Todas las Pseudomonadota (Proteobacteria) son diversas. Son nominalmente Gram-negativos, aunque en la práctica algunos pueden teñir Gram-positivos o Gram-variables. Su membrana externa se compone principalmente de lipopolisacáridos. Muchos se mueven usando flagelos, pero algunos son inmóviles o dependen del deslizamiento bacteriano.

Pseudomonadota tiene una amplia variedad de tipos de metabolismo. La mayoría son facultativamente u obligadamente anaeróbicos, quimiolitoautótrofos y heterótrofos, pero ocurren numerosas excepciones. Una variedad de géneros, que no están estrechamente relacionados entre sí, convierten la energía de la luz a través de la fotosíntesis convencional o la fotosíntesis anoxigénica.

Los pseudomonadota están asociados con el desequilibrio de la comunidad microbiótica en el tracto reproductivo inferior de las mujeres. Estas especies están asociadas con la inflamación.

Algunas alfaproteobacterias pueden crecer con niveles muy bajos de nutrientes y tener una morfología inusual, como tallos y brotes. Otros incluyen bacterias de importancia agrícola capaces de inducir la fijación de nitrógeno en simbiosis con las plantas. El orden tipo es Caulobacterales, que comprende bacterias formadoras de tallos como Caulobacter. Se cree que las mitocondrias de los eucariotas son descendientes de una alfaproteobacteria.

Las betaproteobacterias son metabólicamente muy diversas y contienen quimiolitoautótrofos, fotoautótrofos y heterótrofos generalistas. El orden tipo es el Burkholderiales, que comprende una enorme gama de diversidad metabólica, incluidos los patógenos oportunistas.

Las Gammaproteobacteria son la clase más grande en términos de especies con nombres publicados válidamente. El orden tipo es Pseudomonadales, que incluye los géneros Pseudomonas y el fijador de nitrógeno Azotobacter.

Las zetaproteobacterias son quimiolitoautótrofas neutrofílicas oxidantes de hierro, distribuidas por todo el mundo en estuarios y hábitats marinos. El orden tipo es el Mariprofundales.

Los Hydrogenophilalia son termófilos obligados e incluyen heterótrofos y autótrofos. El orden tipo es el Hydrogenophilales.

Las Acidithiobacillia contienen solo autótrofos oxidantes de azufre, hierro y uranio. El orden tipo es Acidithiobacillales, que incluye organismos económicamente importantes utilizados en la industria minera como Acidithiobacillus spp.

Taxonomía

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procarióticos con posición en la nomenclatura (LSPN) y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI).

El grupo se define principalmente en términos de secuencias de ARN ribosómico (ARNr). Los Pseudomonadota se dividen en varias clases. Estos se consideraban anteriormente como subclases del phylum, pero ahora se tratan como clases. Estas clases son monofiléticas. El género Acidithiobacillus, parte de la Gammaproteobacteria hasta que se transfirió a la clase Acidithiobacillia en 2013, se consideraba anteriormente como parafilético de la Betaproteobacteria según estudios de alineamiento multigenómico. En 2017, la Betaproteobacteria estuvo sujeta a importantes revisiones y se creó la clase Hydrogenophilalia para contener el orden Hydrogenophilales.

Las clases de Pseudomonadota con nombres válidos publicados incluyen algunos géneros prominentes: por ejemplo:

• Acidithiobacillia: Acidithiobacillus, Thermithiobacillus
• Alphaproteobacteria: Brucella, Rhizobium, Agrobacterium, Caulobacter, Rickettsia, Wolbachia, etc.
• Betaproteobacteria: Bordetella, Ralstonia, Neisseria, Nitrosomonas, etc.
• Gammaproteobacteria: Escherichia, Shigella, Salmonella, Yersinia, Buchnera, Haemophilus, Vibrio, Pseudomonas, etc.
• Zetaproteobacterias: Mariprofundus

Transformación

La transformación, un proceso en el que el material genético pasa de una bacteria a otra, se ha informado en al menos 30 especies de Pseudomonadota distribuidas en las clases alfa, beta y gamma. Los Pseudomonadota mejor estudiados con respecto a la transformación genética natural son los patógenos humanos médicamente importantes Neisseria gonorrhoeae (clase beta) y Haemophilus influenzae (clase gamma). La transformación genética natural es un proceso sexual que implica la transferencia de ADN de una célula bacteriana a otra a través del medio intermedio y la integración de la secuencia donante en el genoma receptor. En Pseudomonadota patógena, la transformación parece servir como un proceso de reparación del ADN que protege el ADN del patógeno del ataque de las defensas fagocíticas de su huésped que emplean radicales libres oxidativos.