Podoviridae

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Familia de virus

Podoviridae es una familia de bacteriófagos del orden Caudovirales a menudo asociados con fagos similares a T-7. Hay 130 especies en esta familia, asignadas a 3 subfamilias y 52 géneros. Esta familia se caracteriza por tener colas muy cortas y no contráctiles. Los podoviradae están poco estudiados y la mayoría de los nuevos aislados son del género phicbkviruses, un grupo de virus gigantes que parecen ser específicos de Caulobacter.

Estructura

Micrografo electrónico de podovirus ЁCP7R de Clostridium perfringens.
Genomes de algunos podovirus de Clostridium perfringens

Viruses en Podoviridae son no desarrolladas, con geometrías icosahedral y cola de cabeza. El diámetro es de alrededor de 60 nm, y consta de 72 capsomers. La proteína cabeza tiene una masa molecular de ~38 kilodaltones y está presente en 460 copias por virión. Hay 9 proteínas estructurales. La cola no es contractil y tiene 6 fibras subterminales cortas. Es gruesa y en forma de varilla y construida de discos apilados. La longitud máxima es ~17 nm.

El genoma del ADN bicatenario es lineal, mide entre 40 y 42 kb de longitud y codifica ~55 genes. El contenido de guanina + citosina es ~50%. Tiene secuencias terminalmente redundantes y no está permutada. En peso, el genoma constituye aproximadamente el 50% del virón. El genoma codifica 9 proteínas estructurales, una ADN polimerasa de tipo B adenilada transferasa y una ARN polimerasa. Tres proteínas internas constituyen el complejo de polimerasa. Se reconocen dos clases de genes (tempranos y tardíos). Esta clasificación se basa en el momento de la transcripción que está regulado temporalmente. Los genes con funciones relacionadas están agrupados. La replicación del genoma es bidireccional.

Ciclo de vida

La replicación viral es citoplasmática. La entrada a la célula huésped se logra mediante adsorción en la célula huésped. La replicación sigue el modelo de desplazamiento de cadenas de ADN. La transcripción con plantilla de ADN es el método de transcripción. El virus sale de la célula huésped mediante lisis y proteínas holina/endolisina/espanina. Las bacterias sirven como huésped natural. Las vías de transmisión son difusión pasiva. La infección por fagos se considera autoadministrable y, por tanto, autolimitada. Después de la lisis del huésped, nuevos fagos desencadenan un nuevo ciclo de infección con las especies del huésped biodisponibles circundantes, lo que resulta en crecimiento y expansión.

Taxonomía

Los géneros dentro de esta familia tienen ~40% de identidad entre las proteínas correspondientes. Las subfamilias tienen ~20% de identidad entre las proteínas correspondientes.

Se reconocen las siguientes subfamilias y sus géneros (-virinae denota subfamilia y -virus denota género):

  • Beephvirinae
    • Flowerpowervirus
    • Immanueltrevirus
    • Manuelvirus
  • Eekayvirinae
    • Akonivirus
    • Tinytimothyvirus
  • Sepvirinae
    • Diegovirus
    • Oslovirus
    • Traversvirus

Los siguientes géneros no están asignados a una subfamilia:

  • Anjalivirus
  • Astrithrvirus
  • Badaztecvirus
  • Bjornvirus
  • Bruynoghevirus
  • Burrovirus
  • Chopinvirus
  • Cimandefvirus
  • Delislevirus
  • Dybvigvirus
  • Enhodamvirus
  • Enquatrovirus
  • Fipvunavirus
  • Firingavirus
  • Gervaisevirus
  • Giessenvirus
  • Hollowayvirus
  • Jasminevirus
  • Kafunavirus
  • Kelquatrovirus
  • Kochitakasuvirus
  • Kozyakovvirus
  • Krylovvirus
  • Kuravirus
  • Lahexavirus
  • Lastavirus
  • Lederbergvirus
  • Lessievirus
  • Lightbulbvirus
  • Mixoctovirus
  • Pagevirus
  • Parlovirus
  • Perisivirus
  • Privateervirus
  • Rauchvirus
  • Ryyoungvirus
  • Schmidvirus
  • Sendosyvirus
  • Skarprettervirus
  • Sortnevirus
  • Uetakevirus
  • Vicosavirus
  • Wumpquatrovirus
  • Wumptrevirus
  • Xuquatrovirus

Por último, la especie Pseudomonas virus 119X no está asignado a un género o subfamilia.

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