NAMD

Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, anteriormente Not Another Molecular Dynamics Program) es un software de computadora para simulación de dinámica molecular, escrito usando el paralelo Charm++ modelo de programación (que no debe confundirse con CHARMM). Se destaca por su eficiencia paralela y se usa a menudo para simular sistemas grandes (millones de átomos). Ha sido desarrollado por la colaboración del Grupo de Biofísica Teórica y Computacional (TCB) y el Laboratorio de Programación Paralela (PPL) de la Universidad de Illinois en Urbana–Champaign.

Fue presentado en 1995 por Nelson et al. como un código de dinámica molecular paralelo que permite la simulación interactiva mediante la vinculación con el código de visualización VMD. Desde entonces, NAMD ha madurado, agregando muchas características y escalando más allá de los 500 000 núcleos de procesador.

NAMD tiene una interfaz para los paquetes de química cuántica ORCA y MOPAC, así como una interfaz con secuencias de comandos para muchos otros paquetes cuánticos. Junto con Visual Molecular Dynamics (VMD) y QwikMD, la interfaz de NAMD proporciona acceso a simulaciones híbridas QM/MM en un conjunto integrado, completo, personalizable y fácil de usar.

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