La enzima 1,4-dihidroxi-2-naftoil-CoA sintasa (EC 4.1.3.36) cataliza el sexto paso en la biosíntesis de filoquinona y menaquinona, las dos formas de vitamina K. En E. coli, la 1,4-dihidroxi-2-naftoil-CoA sintasa, anteriormente conocida como naftoato sintasa, está codificada por menB y utiliza O-succinilbenzoil-CoA como sustrato, convirtiéndola en 1,4-dihidroxi-2-naftoil-CoA.
Nomenclature
MenB forma parte de la superfamilia de las crotonasas, llamada así por el pliegue de la crotonasa en su estructura. El nombre sistemático de MenB es 4-(2-carboxifenil)-4-oxobutanoil-CoA deshidratasa (ciclizante). Otros nombres comunes incluyen:
Naphthoate synthase
1,4-dihidroxi-2-naphthoate synthase
Dihidroxynaphthoate synthase
DHNA-CoA synthase
Reacción
Esta es una estructura esquelética de la reacción que MenB cataliza.
Originalmente se creía que el producto de esta reacción contenía oxígeno donde reside actualmente el SCoA; sin embargo, nuevas investigaciones han demostrado que MenB solo cataliza la reacción mencionada. Existe una enzima diferente que escinde el SCoA y fija el oxígeno.
Estructura
Representación de dibujos animados 3D de la estructura de cristal de MenB. Cada monómero es de color diferente.MenB se compone de dos hexámeros en una unidad asimétrica. Cada hexámero está compuesto por dos trímeros en una disposición eclipsada. Cada subunidad de los hexámeros tiene tres hélices alfa C-terminales y un núcleo espiral N-terminal. Estas subunidades se unen para formar el sitio activo de la enzima.El canal formado por hélices alfa, visible en el centro de la enzima, conduce al sitio activo. Esta abertura se encuentra tanto en la parte superior como en la inferior de la enzima, lo que permite que los sustratos tengan diferentes puntos de entrada al sitio activo, que se encuentra en el centro de la enzima.Se han estudiado seis estructuras cristalinas diferentes para MenB en Escherichia coli. Sus códigos PDB son: 3t88, 3t89, 4els, 4elw, 4elx y 4i42.Se han resuelto otras estructuras para esta clase de enzimas, con los códigos de acceso PDB 1Q51, 1Q52, 1RJM, 1RJN y 2IEX.
Homologs
Los genes homólogos MenB existen en muchos organismos diferentes, como Galium mollugo, Geobacillus kaustophilus, Mycobacterium phlei, Mycobacterium tuberculosis, Spinacia oleracea y Staphylococcus aureus.La MenB solo se encuentra en las vías de biosíntesis de plantas y bacterias; no existe en ningún otro organismo. Sin embargo, los mamíferos necesitan vitamina K en su dieta, ya que es vital para la coagulación sanguínea.
Cofactores/Inhibidores
MenB no requiere ningún cofactor para catalizar la reacción.
En el organismo Escherichia coli existen tres inhibidores: 1-hidroxi-2-naftoil-CoA, 2,3-dihidroxibenzoil-CoA y 2,4-dihidroxibenzoil-CoA.
Referencias
^ a b cSun Y, Song H, Li J, Li Y, Jiang M, Zhou J, Guo Z (26 de abril de 2013). "Structural Basis of the Induced-Fit Mechanism of 1,4-Dihidroxy-2-Naphthoyl Coenzyme A Synthase from the Crotonase Fold Superfamily". PLOS ONE. 8 (4): e63095. Bibcode:2013PLoSO...863095S. doi:10.1371/journal.pone.0063095. PMC 3637252. PMID 23658663.
^ a b"Información sobre EC 4.1.3.36 - 1.4-dihidroxy-2-naphthoyl-CoA synthase". BRENDA. Julio de 2014. Retrieved 2 de diciembre 2014.
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