Motivo estructural

En una molécula biológica en forma de cadena, como una proteína o un ácido nucleico, un motivo estructural es una estructura tridimensional común que aparece en una variedad de moléculas diferentes y no relacionadas evolutivamente. Un motivo estructural no tiene por qué estar asociado con un motivo de secuencia; puede estar representado por secuencias diferentes y completamente no relacionadas en diferentes proteínas o ARN.

En ácidos nucleicos

Dependiendo de la secuencia y otras condiciones, los ácidos nucleicos pueden formar una variedad de motivos estructurales que se cree que tienen importancia biológica.

Stem-loop

El acoplamiento de base intramolecular es un patrón que puede ocurrir en el ADN de una sola tirada o, más comúnmente, en el ARN. La estructura también se conoce como una horquilla de horquilla o horquilla. Se produce cuando dos regiones del mismo hilo, generalmente complementarias en secuencia de nucleótido cuando se lee en direcciones opuestas, punto base para formar un doble hélice que termina en un bucle no deseado. La estructura resultante es un bloque de construcción clave de muchas estructuras secundarias del ARN.

ADN cruciforme

ADN cruciforme es una forma de ADN no-B que requiere por lo menos una secuencia de 6 nucleótidos de repeticiones invertidas para formar una estructura que consiste en un tallo, punto de rama y bucle en la forma de un supercoiling de ADN negativo. Se han descrito dos clases de ADN cruciform; doblado y desarrollado.

G-quadruplex

G-quadruplex Las estructuras secundarias (G4) se forman en ácidos nucleicos por secuencias ricas en guanina. Son de forma helical y contienen tetrados guaninos que pueden formar de uno, dos o cuatro hilos.

D-loop

A loop de desplazamiento o D-loop es una estructura de ADN donde las dos cadenas de una molécula de ADN de doble tirada están separadas por un estiramiento y separadas por un tercer hilo de ADN. Un R-loop es similar a un D-loop, pero en este caso el tercer hilo es ARN en lugar de ADN. El tercer hilo tiene una secuencia de base que es complementaria a uno de los principales hilos y pares con él, desplazando así el otro hilo principal complementario en la región. En esa región, la estructura es una forma de ADN triple. Un diagrama en el documento introduciendo el término ilustraba el bucle D con una forma que parecía un capital "D", donde el hilo desplazado formaba el bucle del "D".

En proteínas

En las proteínas, un motivo estructural describe la conectividad entre elementos estructurales secundarios. Un motivo individual normalmente consta de sólo unos pocos elementos, por ejemplo, el patrón 'hélice-giro-hélice' motivo que tiene sólo tres. Tenga en cuenta que, si bien la secuencia espacial de elementos puede ser idéntica en todos los casos de un motivo, pueden codificarse en cualquier orden dentro del gen subyacente. Además de los elementos estructurales secundarios, los motivos estructurales de las proteínas suelen incluir bucles de longitud variable y estructura no especificada. Los motivos estructurales también pueden aparecer como repeticiones en tándem.

Cabello beta

Muy común. Dos hilos beta antiparalelos conectados por un giro ajustado de unos pocos aminoácidos entre ellos.

Griego clave

Cuatro cordones beta, tres conectados por horquillas, el cuarto doblado sobre la parte superior.

Bucle de Omega

Un bucle en el que los residuos que componen el principio y el final del bucle están muy unidos.

Helix-loop-helix

Consistas de helices alfa atados por un estiramiento de aminoácidos. Este motivo se ve en factores de transcripción.

Dedo de zinc

Dos cadenas beta con un extremo helix alfa doblado para atar un ión de zinc. Importante en proteínas de unión de ADN.

Helix-turn-helix

Dos cálices α unidos por un corto hilo de aminoácidos y encontrado en muchas proteínas que regulan la expresión génica.

Nest

Muy común. Tres residuos de aminoácidos consecutivos forman una concavidad de unión anión.

Niche

Muy común. Tres o cuatro residuos de aminoácidos consecutivos forman una función de unión de cation.