Lista de proteínas

Las proteínas son una clase de compuestos orgánicos macromoleculares que son esenciales para la vida. Consisten en una larga cadena polipeptídica que suele adoptar una única estructura tridimensional estable. Cumplen una amplia variedad de funciones que incluyen proporcionar estabilidad estructural a las células, catalizar reacciones químicas que producen o almacenan energía o sintetizan otras biomoléculas, incluidos ácidos nucleicos y proteínas, transportan nutrientes esenciales o desempeñan otras funciones como la transducción de señales. Se transportan selectivamente a varios compartimentos de la célula o, en algunos casos, se secretan desde la célula.

Esta lista tiene como objetivo organizar la información sobre cómo se clasifican con mayor frecuencia las proteínas: por estructura, por función o por ubicación.

Estructura

Las proteínas pueden clasificarse según su estructura tridimensional (también conocida como pliegue proteico). Los dos esquemas de clasificación más utilizados son:

• Base de datos CATH
• Clasificación estructural de la base de datos Proteins (SCOP)

Ambos esquemas de clasificación se basan en una jerarquía de tipos de pliegues. En el nivel superior se encuentran todas las proteínas alfa (dominios que consisten en hélices alfa), todas las proteínas beta (dominios que consisten en láminas beta) y proteínas mixtas de hélice alfa y lámina beta.

Si bien la mayoría de las proteínas adoptan un único pliegue estable, algunas proteínas pueden interconvertirse rápidamente entre uno o más pliegues. Estas se conocen como proteínas metamórficas. Finalmente, otras proteínas parecen no adoptar ninguna conformación estable y se las denomina intrínsecamente desordenadas.

Las proteínas frecuentemente contienen dos o más dominios, cada uno con un pliegue diferente separado por regiones intrínsecamente desordenadas. Éstas se conocen como proteínas multidominio.

Función

Las proteínas también se pueden clasificar según su función celular. Una clasificación ampliamente utilizada es el sistema de clasificación PANTHER (análisis de proteínas a través de relaciones evolutivas).

Estructural

Proteína#Proteínas estructurales

Catalítica

Enzimas clasificadas según su número de Comisión de Enzimas (CE). Tenga en cuenta que, estrictamente hablando, un número de CE corresponde a la reacción que cataliza la enzima, no a la proteína en sí. Sin embargo, cada número de CE se ha asignado a una o más proteínas específicas.

• Lista de enzimas
• CE 1: Oxidoreductas
• CE 2: Transferases
• CE 3: Hidrolas
• EC 4: Lyases
• EC 5: Isomerases
• EC 6: Ligas
• EC 7: Translocases

Transporte

Proteína de transporte

• Canal Ion
• Familia portadora de Solute

Inmune

• Anticuerpo
• Chemokines y sus receptores
• Citoquinas y sus receptores
• Receptores de reconocimiento del patrón

Genético

• síntesis de ADN/RNA
• Reparación de ADN
• replicación
• transcripción (factor de inscripción, Coregulator transcripcional)

Transducción de señales

Transducción de señales

Distribución subcelular

Las proteínas también se pueden clasificar según el compartimento subcelular en el que se encuentran.

Nuclear

Proteínas nucleares

Citosólico

Proteínas citosólicas

Citoesquelético

Proteínas citoesqueléticas

Organelo

Retículo endoplásmico

Proteína residente del retículo endoplásmico

Lisosomal

Mitocondiales

ADN mitocondrial que codifica proteínas mitocondriales (tenga en cuenta que algunas proteínas mitocondriales están codificadas por ADN nuclear)

Cloroplasto

ADN de cloroplasto que codifica proteínas de cloroplasto

Membrana celular

Proteína de membrana

• Proteína de membrana integral
• Proteína de membrana periférica

Matriz extracelular

Proteínas de la matriz extracelular

Plasma

Proteína sanguínea

Distribución de especies

• Mammalian
• Vertebrate
• Planta
• Proteínas bacterianas
• Proteínas arqueales
• Proteínas virales