GROMOS

GROningen MOlecular Simulation (GROMOS) es el nombre de un campo de fuerza para la simulación de dinámica molecular y un paquete de software informático relacionado. Ambos se desarrollan en la Universidad de Groningen y en el Grupo de Química Asistida por Computadora del Laboratorio de Química Física del Instituto Federal Suizo de Tecnología (ETH Zurich). En Groningen, Herman Berendsen participó en su desarrollo.

El campo de fuerza de los átomos unidos se optimizó con respecto a las propiedades de fase condensada de los alcanos.

Versiones

GROMOS87

Los átomos de hidrógeno alifáticos y aromáticos se incluyeron implícitamente al representar el átomo de carbono y los átomos de hidrógeno unidos como un grupo centrado en el átomo de carbono, un campo de fuerza de átomos unidos. Los parámetros de fuerza de van der Waals se derivaron de los cálculos de las estructuras cristalinas de los hidrocarburos y de los aminoácidos utilizando radios de corte no enlazados cortos (0,8 nm).

GROMOS96

En 1996, se lanzó una reescritura sustancial del paquete de software. El campo de fuerza también se mejoró, por ejemplo, de la siguiente manera: los grupos alifáticos CH_n se representaron como átomos unidos con interacciones de van der Waals reparametrizadas sobre la base de una serie de simulaciones de dinámica molecular de alcanos líquidos modelo utilizando radios de corte largos (1,4 nm) no adheridos. Esta versión se perfecciona continuamente y hay varios conjuntos de parámetros diferentes disponibles. GROMOS96 incluye estudios de dinámica molecular, dinámica estocástica y minimización de energía. El componente energético también formaba parte del anterior GROMOS, denominado GROMOS87. GROMOS96 fue planeado y concebido en un tiempo de 20 meses. El paquete está compuesto por 40 programas diferentes, cada uno con una función esencial diferente. Un ejemplo de dos programas importantes dentro de GROMOS96 son PROGMT, encargado de construir la topología molecular y también PROPMT, cambiando la topología molecular clásica a la topología molecular integral de camino.

GROMOS05

En 2005 se introdujo una versión actualizada del paquete de software.

GROMOS11

La versión actual de GROMOS data de mayo de 2011.

Conjuntos de parámetros

Algunos de los conjuntos de parámetros de campo de fuerza que se basan en el campo de fuerza GROMOS. La versión A se aplica a soluciones acuosas o apolares de proteínas, nucleótidos y azúcares. La versión B se aplica a moléculas aisladas (fase gaseosa).

54

• 54A7 - 53A6 tomada y ajustada términos de ángulo torsional para reproducir mejor las propensiones helicales, alterado N-H, repulsión C=O, nuevo CH₃ grupo de carga, parametrización de Na⁺ and Cl⁻ mejorar la energía libre de hidratación y nuevas dihedrales impropios.
• 54B7 - 53B6 en vacuo tomada y modificada de la misma manera que 53A6 a 54A7.

53

• 53A5 - optimizado por primera vez para reproducir las propiedades termodinámicas de líquidos puros de una gama de pequeñas moléculas polares y las entalpies libres de solvación de aminoácidos análogos en cicloohexano, es una expansión y renumeración de 45A3.
• 53A6 - 53A5 tomado y ajustado cargos parciales para reproducir entalpies libres de hidratación en agua, recomendado para simulaciones de biomoléculas en agua explícita.

45

• 45A3 - adecuado para aplicar a agregados lípidos como membranas y micellas, para sistemas mixtos de alifatica con o sin agua, para polímeros, y otros sistemas apolares que pueden interactuar con diferentes biomolecules.
• 45A4 - 45A3 reparametrado para mejorar la representación del ADN.

43

• 43A1
• 43A2