GROMACS
GROMACS es un paquete de dinámica molecular diseñado principalmente para simulaciones de proteínas, lípidos y ácidos nucleicos. Fue desarrollado originalmente en el departamento de Química Biofísica de la Universidad de Groningen, y ahora es mantenido por colaboradores en universidades y centros de investigación de todo el mundo. GROMACS es uno de los paquetes de software más rápidos y populares disponibles, y puede ejecutarse en unidades de procesamiento central (CPU) y unidades de procesamiento de gráficos (GPU). Es un software gratuito de código abierto publicado bajo la Licencia pública general GNU (GPL) y, a partir de la versión 4.6, la Licencia pública general reducida GNU (LGPL).
Historia
El proyecto GROMACS comenzó originalmente en 1991 en el Departamento de Química Biofísica de la Universidad de Groningen, Países Bajos (1991–2000). Su nombre deriva originalmente de esta época (GROningen MAchine for Chemical Simulations), aunque actualmente GROMACS no es una abreviatura de nada, ya que Groningen ha tenido poco desarrollo activo en las últimas décadas. El objetivo original era construir un sistema informático paralelo dedicado para simulaciones moleculares, basado en una arquitectura de anillo (desde entonces reemplazada por diseños de hardware modernos). Las rutinas específicas de dinámica molecular se reescribieron en el lenguaje de programación C del programa GROMOS, basado en Fortran 77, que había sido desarrollado en el mismo grupo.
Desde 2001, GROMACS es desarrollado por los equipos de desarrollo de GROMACS en el Instituto Real de Tecnología y la Universidad de Uppsala, Suecia.
Características
GROMACS se opera a través de la interfaz de línea de comandos y puede usar archivos para entrada y salida. Proporciona información sobre el progreso del cálculo y la hora estimada de llegada (ETA), un visor de trayectorias y una amplia biblioteca para el análisis de trayectorias. Además, el soporte para diferentes campos de fuerza hace que GROMACS sea muy flexible. Se puede ejecutar en paralelo, utilizando la interfaz de paso de mensajes (MPI) o subprocesos. Contiene un script para convertir las coordenadas moleculares de los archivos de Protein Data Bank (PDB) a los formatos que utiliza internamente. Una vez que se ha creado un archivo de configuración para la simulación de varias moléculas (posiblemente incluido el solvente), la ejecución de la simulación (que puede llevar mucho tiempo) produce un archivo de trayectoria que describe los movimientos de los átomos a lo largo del tiempo. Luego, ese archivo se puede analizar o visualizar con varias herramientas suministradas.
OpenCL y CUDA son posibles para GPU reales de AMD, Intel y Nvidia con una gran aceleración frente a ejecuciones basadas en CPU desde la versión 5 o superior. En la versión 2021, OpenCL está en desuso y SYCL se encuentra en las primeras etapas de soporte nuevo.
Huevos de Pascua
Desde enero de 2010, GROMACS' El código fuente contiene aproximadamente 400 acrónimos alternativos a GROMACS como bromas entre los desarrolladores e investigadores de bioquímica. Estos incluyen "Gromacs se ejecuta en la mayoría de los sistemas informáticos", "Gromacs se ejecuta un microsegundo a velocidades de bala de cañón", y #34;Good Rocking Metal Altar for Chronical Sinner", "Working on GROwing Old MAkes el Chrono Sweat" y "Great Red posee muchos acres de arena". Se seleccionan aleatoriamente para que posiblemente aparezcan en el flujo de salida de GROMACS. En un caso, tal acrónimo causó ofensa.
Aplicaciones
Bajo una licencia que no es GPL, GROMACS se usa ampliamente en el proyecto de computación distribuida Folding@home para simulaciones de plegamiento de proteínas, donde es el código base para la serie de núcleos de cálculo más grande y más utilizada del proyecto.. EvoGrid, un proyecto de computación distribuida para hacer evolucionar la vida artificial, también emplea GROMACS.