Estructura supersecundaria

Una estructura supersecundaria es una estructura proteica tridimensional compacta de varios elementos adyacentes de una estructura secundaria que es más pequeña que un dominio o una subunidad proteica. Las estructuras supersecundarias pueden actuar como nucleaciones en el proceso de plegamiento de proteínas.

Ejemplos

Estructuras supersecundarias helix

Helix hairpin

Una horquilla de hélice, también conocida como horquilla alfa-alfa, está compuesta por dos hélices alfa antiparalelas conectadas por un bucle de dos o más residuos. Fiel a su nombre, parece una horquilla. Un bucle más largo tiene un mayor número de conformaciones posibles. Si hebras cortas conectan las hélices, entonces las hélices individuales se empaquetarán entre sí a través de sus residuos hidrofóbicos. Se desconoce la función de una horquilla helicoidal; sin embargo, un haz de cuatro hélices se compone de dos horquillas de hélice, que tienen importantes sitios de unión a ligandos.

Esquina de hélice

Una esquina helix, también llamada esquina alfa-alpha, tiene dos helices alfa casi en ángulos rectos uno al otro conectados por un corto 'abajo'. Este bucle se forma a partir de un residuo hidrofóbico. Se desconoce la función de una esquina helix.

Hélice-bucle-hélice

La estructura hélice-bucle-hélice tiene dos hélices conectadas por un "bucle". Estos son bastante comunes y generalmente se unen a ligandos. Por ejemplo, el calcio se une a los grupos carboxilo de las cadenas laterales dentro de la región del bucle entre las hélices.

Hélice-giro-hélice

El motivo hélice-vuelta-hélice es importante para la unión del ADN y, por lo tanto, se encuentra en muchas proteínas de unión al ADN.

Estructuras supersecundarias de hoja beta

Horquilla Beta

Una horquilla beta es un motivo supersecundario común compuesto por dos hebras beta antiparalelas conectadas por un bucle. La estructura se asemeja a una horquilla y se encuentra a menudo en proteínas globulares.

El bucle entre las cadenas beta puede tener entre 2 y 16 residuos. Sin embargo, la mayoría de los bucles contienen menos de siete residuos. Los residuos en horquillas beta con bucles de 2, 3 o 4 residuos tienen conformaciones distintas. Sin embargo, se puede observar una amplia gama de conformaciones en bucles más largos, a los que a veces se hace referencia como "bobinas aleatorias". Un meandro beta consta de hebras beta antiparalelas consecutivas unidas por horquillas.

Dos bucles de residuos se denominan giros beta o giros inversos. Tipo I' y Tipo II' Los giros inversos ocurren con mayor frecuencia porque tienen menos impedimento estérico que los giros Tipo I y Tipo II. Se desconoce la función de las horquillas beta.

Rincón beta

Una horquilla beta tiene dos hebras beta antiparalelas que forman un ángulo de aproximadamente 90 grados entre sí. Está formado por una horquilla beta que cambia de dirección, en la que una hebra tiene un residuo de glicina y la otra hebra tiene un abultamiento beta. Las esquinas beta no tienen ninguna función conocida.

Motivo de llave griega

Un motivo clave griego tiene cuatro características:

1. Cuatro hilos beta conectados secuencialmente están adyacentes, pero no necesariamente geométricamente alineados entre sí.
2. La hoja beta es antiparalela, y los hilos alternativos corren en las mismas direcciones.
3. La primera hebra y última hebra están al lado del otro y están unidos por bonos de hidrógeno.
4. Los bucles de conexión pueden ser largos e incluir otras estructuras secundarias.

El motivo clave griego tiene su nombre porque la estructura parece el patrón visto en urnas griegas. Este motivo no tiene función conocida.

Otros

Las láminas β (compuestas por múltiples cadenas β individuales unidas por enlaces de hidrógeno) a veces se consideran una estructura secundaria o supersecundaria.

Estructuras supersecundarias mixtas

Motivos Beta-alfa-beta

Un motivo beta-alfa-beta está compuesto por dos hebras beta unidas por una hélice alfa a través de bucles de conexión. Las hebras beta son paralelas y la hélice también es casi paralela a las hebras. Esta estructura se puede observar en casi todas las proteínas con hebras paralelas. Los bucles que conectan las hebras beta y la hélice alfa pueden variar en longitud y, a menudo, unen ligandos.

Los cálices de beta-alfa-beta pueden ser zurdos o de mano derecha. Cuando se ve desde el lado N-terminal de las hebras beta, por lo que una hebra está encima de la otra, un motivo beta-alpha-beta zurdo tiene el helix alfa en el lado izquierdo de las hebras beta. El motivo más común de mano derecha tendría un helix alfa en el lado derecho del plano que contiene las hebras beta.

Repliegue de Rossman

Los pliegues de Rossman, que llevan el nombre de Michael Rossman, constan de 3 hebras beta y 2 hélices de forma alterna: hebra beta, hélice, hebra beta, hélice, hebra beta. Este motivo tiende a invertir la dirección de la cadena dentro de una proteína. Los pliegues de Rossman tienen una función biológica importante al unir nucleótidos como el NAD dentro de la mayoría de las deshidrogenasas.