David J. Lipman
David J. Lipman es un biólogo estadounidense que, de 1989 a 2017, fue director del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI, por sus siglas en inglés) de los Institutos Nacionales de Salud. El NCBI es el hogar de GenBank, el nodo estadounidense del Consorcio Internacional de Bases de Datos de Secuencias, y de PubMed, uno de los sitios más utilizados en el mundo para la búsqueda y recuperación de información biomédica. Lipman es uno de los autores originales del programa de alineación de secuencias BLAST y una figura respetada en bioinformática. En 2017, dejó el NCBI y se convirtió en director científico de Impossible Foods.
Educación
Lipman recibió su título universitario en la Universidad Brown y su doctorado en medicina en 1980 en la Universidad de Buffalo, la Universidad Estatal de Nueva York.
Carrera
Lipman fue el director fundador del Centro Nacional de Información Biotecnológica, parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de los Institutos Nacionales de Salud de Estados Unidos. Bajo su liderazgo, el NCBI pasó de tener menos de una docena de personas a más de 500 científicos, y ahora alberga cientos de bases de datos científicas y médicas, entre ellas GenBank, PubMed, PubMed Central, dbGaP, dbSNP, Sequence Read Archive (SRA), RefSeq, PubChem y muchas más. El programa de investigación interna del NCBI incluía grupos dirigidos por Stephen Altschul (otro coautor de BLAST), David Landsman, Eugene Koonin (un prolífico autor sobre genómica comparativa) y L. Aravind.
Lipman es muy conocido por su trabajo seminal en una serie de algoritmos de similitud de secuencias, comenzando con el algoritmo Wilbur-Lipman en 1983, la búsqueda FASTA en 1985, BLAST en 1990 y Gapped BLAST y PSI-BLAST en 1997. BLAST eventualmente se convirtió en el programa de alineamiento de secuencias más utilizado y más citado (más de 160.000 citas a partir de 2021) en el campo, y el servidor NCBI BLAST hoy es uno de sus recursos más utilizados.
Lipman también trabajó durante muchos años con Dennis A. Benson y otros en el NCBI en el mantenimiento y la mejora de GenBank, una de las bases de datos de secuencias de genomas y proteínas más grande del mundo. GenBank, junto con el Archivo Europeo de Nucleótidos y el Banco de Datos de ADN de Japón, forman la Colaboración Internacional de Bases de Datos de Secuencias de Nucleótidos (INSDC), una base de datos totalmente abierta y sin restricciones de secuencias de genomas que ha sido el repositorio mundial de dichos datos desde 1990.
Fue uno de los creadores del Proyecto de secuenciación del genoma de la gripe, un proyecto para secuenciar y poner a disposición los genomas de miles de aislados del virus de la gripe.
Fue uno de los firmantes originales de la Declaración de Bethesda sobre publicaciones de acceso abierto.
También es editor jefe de una revista científica en línea de acceso abierto y revisada por pares llamada Biology Direct.
En mayo de 2017, Lipman dejó su puesto en el NCBI para incorporarse a la empresa de carne de origen vegetal Impossible Foods como director científico.
Premios y honores
Lipman recibió el premio de la Asociación de Instalaciones de Recursos Biomoleculares por sus destacadas contribuciones a las tecnologías biomoleculares en 1996.
En 2000, fue elegido miembro de la Academia Nacional de Medicina.
En 2004, recibió el premio ISCB Senior Scientist Award y fue elegido miembro de la ISCB en 2009 por la Sociedad Internacional de Biología Computacional.
En 2005, el Dr. Lipman fue elegido miembro de la Academia Nacional de Ciencias de Estados Unidos.
En 2013, recibió el premio de la Casa Blanca como Campeón del Cambio de la "Ciencia Abierta".
En 2023 recibió el premio de la Fundación Warren Alpert.
Referencias
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