Ciencia de cuaderno abierto

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La ciencia de cuaderno abierto consiste en poner a disposición del público en línea el registro primario completo de un proyecto de investigación, tal como se registra. Esto implica publicar en línea el cuaderno personal, o de laboratorio, del investigador, junto con todos los datos brutos y procesados, y cualquier material asociado, a medida que se genera. El enfoque se resume en el lema "sin información privilegiada". Es el extremo lógico de los enfoques transparentes para la investigación e incluye explícitamente la puesta a disposición de experimentos fallidos, menos significativos y, por lo general, no publicados; los llamados "datos oscuros". La práctica de la ciencia de cuaderno abierto, aunque no es la norma en la comunidad académica, ha recibido recientemente una atención considerable en los medios de comunicación, tanto de investigación como en general, como parte de una tendencia general hacia enfoques más abiertos en la práctica y la publicación de la investigación. Por lo tanto, la ciencia de cuaderno abierto puede describirse como parte de un movimiento más amplio de ciencia abierta que incluye la promoción y la adopción de publicaciones de acceso abierto, datos abiertos, datos de colaboración abierta y ciencia ciudadana. Se inspira en parte en el éxito del software de código abierto y se nutre de muchas de sus ideas.

Historia

El término «ciencia de cuaderno abierto» se utilizó por primera vez en 2006 en una entrada de blog de Jean-Claude Bradley, entonces profesor asociado de Química en la Universidad de Drexel. Bradley describió la ciencia de cuaderno abierto de la siguiente manera:

... hay una URL a un cuaderno de laboratorio que está disponible e indexado libremente en los motores de búsqueda comunes. No necesariamente tiene que parecer un cuaderno de papel, pero es esencial que toda la información disponible para los investigadores para hacer sus conclusiones esté igualmente disponible para el resto del mundo

—Jean-Claude Bradley

Profesionales

Activo

Experimental (alfabético por apellido)

  • Aled Edwards ' colegas, University of Toronto.
  • Rachel Harding, beca postdoctoral con el Consorcio Estructural de la Universidad de Toronto (SGC).
    • blog en http://labscribbles.com/
    • Twitter @labscribbles
    • Zenodo https://zenodo.org/search?f=autor

"Un equipo de científicos innovadores del SGC ahora comparte sus cuadernos de laboratorio en línea".

  • Nickolas J. LaSorte, asociado postdoctoral en la FDA en el área de la coexistencia inalámbrica.
  • Tamara Maiuri
    • blog en https://raytruantlab.wordpress.com/
    • Twitter @tam_maiuri
    • Zenodo https://zenodo.org/search?page=1 limitsize=20
  • Peter Murray-Rust, Cambridge, Reino Unido.
  • Anthony Salvagno, Ph.D., Director de Educación de #SciFund Challenge.
  • Matthew H. Todd, Open Source Malaria, University College London (Todd Group).
  • Open Notebook Science Challenge
  • The Digital Botanical Gardens Initiative (DBGI) observable at http://www.dbgi.org/dendron-dbgi/


Theoretical

  • Tobias J. Osborne
  • Carl Boettiger, Teoría y modelado computacional en ecología y evolución.
  • Dror Bar-Natan
  • Andrés G. Saravia, estudiante de doctorado en física en Cinvestav-Mérida.
  • Daniel Himmelstein, quien dirigió el Proyecto Rephetio, un estudio de rescate de drogas que utilizó GitHub y Thinklab para la ciencia y la colaboración de libreta en tiempo real.

Archivado (alfabético por apellido)

  • Brigette Black), estudiante de doctorado en física en laboratorio de Koch en la Universidad de Nuevo México.
  • Jean-Claude Bradley
  • Jeremías Faith
  • Nadiezda Fernandez-Oropeza, estudiante de doctorado en Ingeniería Biomédica en laboratorio de Koch en la Universidad de Nuevo México.
  • Mike Lawrence
  • Linh Le, licenciatura física mayor y ex alumnos del laboratorio de Koch en la Universidad de Nuevo México.
  • Andy Maloney, investigador postdoctoral en el laboratorio de Smyth en la Universidad de Texas. Doctorado en laboratorio de Koch en la Universidad de Nuevo México (2011)
  • Cameron Neylon
  • Alejandro Tamayo
  • Origen y evolución de la gripe

Recurrent (educational)

  • Laboratorio de Física Junior (307L) en la Universidad de Nuevo México

Cuadernos abiertos/pseudo-abiertos

Estas iniciativas son más abiertas que los cuadernos de laboratorio tradicionales, pero carecen de un componente clave para la Ciencia de Cuadernos Abiertos completa. Normalmente, el cuaderno se comparte solo parcialmente o con un retraso considerable.
  • La Open Notebook Science Network es una red de blogs de WordPress diseñada para crear y mantener cuadernos individuales/lab. En enero de 2018 hay 126 miembros activos de este grupo.
  • Protocolpedia permite compartir y almacenar protocolos de laboratorio.
  • Sci-Mate permite a los usuarios definir permisos de acceso, pero se puede utilizar como una herramienta de libreta abierta.
  • Vinod Scaria
  • OpenWetWare (aloja muchos laboratorios y permite compartir selectivamente información relacionada con cada grupo de investigación)
  • Caleb Morse
  • Gus Rosania
  • Antony Garrett Lisi
  • Rosie Redfield, microbiólogo de la Universidad de Columbia Británica; todos los resultados discutidos pero el libreto experimental no está expuesto.
  • Martin Johnson, químico marino de la Universidad de Anglia Oriental.
  • Greg Lang, doctor en el laboratorio de David Botstein en la Universidad de Princeton. - Compartida semanalmente

Beneficios

Un cuaderno de laboratorio público facilita citar las instancias exactas de los experimentos utilizados para respaldar los argumentos en los artículos. Por ejemplo, en un artículo sobre la optimización de una reacción de Ugi, se utilizan tres lotes diferentes de producto en la caracterización y cada espectro hace referencia al experimento específico donde se utilizó cada lote: EXP099, EXP203 y EXP206. Este trabajo se publicó posteriormente en la revista Journal of Visualized Experiments, lo que demuestra que la integridad de la procedencia de los datos puede mantenerse desde el cuaderno de laboratorio hasta su publicación final en una revista con revisión por pares.Sin más aclaraciones, la Ciencia de Cuaderno Abierto implica que la investigación se informa de forma continua, sin demoras ni filtros injustificados. Esto permite que otros comprendan con exactitud cómo se desarrolla la investigación dentro de un campo o un grupo de investigación específico. Esta información podría ser valiosa para colaboradores, futuros estudiantes o empleadores. Proporcionar acceso a páginas seleccionadas del cuaderno o introducir un período de prohibición sería incompatible con el significado del término "Abierto" en este contexto. A menos que se informen correcciones de errores, experimentos fallidos y resultados ambiguos, un observador externo no podrá comprender con exactitud cómo se realiza la ciencia. Términos como "Pseudo" o "Parcial" se han utilizado como calificativos para el intercambio de información de cuadernos de laboratorio de forma selectiva o con un retraso significativo.

Retrocesos

Los argumentos en contra de la adopción de la ciencia de cuadernos abiertos se dividen principalmente en tres categorías con distinta importancia en los distintos campos científicos. La principal preocupación, expresada especialmente por científicos biológicos y médicos, es el «robo de datos» o la «exclusividad». Si bien el grado en que los grupos de investigación roban o adaptan los resultados de otros sigue siendo objeto de debate, es indudable que el miedo a no ser el primero en publicar impulsa muchos comportamientos, especialmente en algunos campos. Esto se relaciona con el enfoque que se da en estos campos al artículo publicado y revisado por pares como la principal métrica del éxito profesional.El segundo argumento en contra de la ciencia de cuadernos abiertos es que constituye una publicación previa, lo que imposibilita patentarla y dificulta la publicación de los resultados en la literatura tradicional revisada por pares. En lo que respecta a las patentes, la publicación en la web se clasifica claramente como divulgación. Por lo tanto, si bien puede haber debates sobre el valor de las patentes y enfoques para sortear este problema, es evidente que la ciencia de cuadernos abiertos no es apropiada para la investigación en la que la protección de patentes es un resultado esperado y deseado. En cuanto a la publicación en la literatura revisada por pares, el caso es menos claro. La mayoría de las editoriales de revistas científicas aceptan material presentado previamente en una conferencia o en forma de preimpresión. Las editoriales que aceptan material publicado previamente en estos formatos generalmente han indicado informalmente que la publicación de datos en la web, incluida la ciencia de cuadernos abiertos, entra en esta categoría. Se han publicado con éxito proyectos de cuadernos abiertos en revistas revisadas por pares de alto factor de impacto, pero esto no se ha probado con una amplia gama de editoriales. Es de esperar que las editoriales que excluyan explícitamente estas formas de prepublicación no acepten material previamente divulgado en un cuaderno abierto.Un tercer argumento contra la ciencia de cuadernos abiertos es que vicia la independencia de las investigaciones competidoras y, por lo tanto, puede resultar en la falta de una verificación independiente, crucial para los resultados. Esto no es lo mismo que la recolección de datos, sino la posibilidad mucho más sutil de permitir que los datos en coevolución se influyan mutuamente. En la ciencia tradicional, las grandes colaboraciones experimentales suelen establecer reglas de seguridad que impiden la comunicación entre los miembros de las colaboraciones competidoras para evitar no solo la fuga de datos, sino también influir en la metodología de análisis de los mismos.El argumento final se relaciona con el problema de la "avalancha de datos". Si el volumen actual de literatura revisada por pares es demasiado grande para que una sola persona pueda gestionarlo, ¿cómo se puede esperar que alguien pueda gestionar la enorme cantidad de material no revisado por pares que podría estar disponible, especialmente cuando parte, quizás la mayoría, sería de mala calidad? Un argumento relacionado es que "mi cuaderno es demasiado específico" como para que sea de interés para alguien más. La cuestión de cómo descubrir material relevante y de alta calidad es un tema relacionado. La conservación y validación de datos, así como la calidad metodológica, es un problema serio, y posiblemente relevante más allá de la ciencia de los cuadernos abiertos, pero representa un desafío particular en este caso.

Financiación y patrocinio

El Open Notebook Science Challenge, ahora orientado a reportar mediciones de solubilidad en solventes no acuosos, ha recibido el patrocinio de Submeta, Nature y Sigma-Aldrich. La primera de las diez ganadoras del concurso de diciembre de 2008 fue Jenny Hale.

Logos

Se pueden usar logotipos en los cuadernos para indicar las condiciones de uso compartido. Los cuadernos completamente abiertos se marcan como "todo el contenido" y "acceso inmediato". Los cuadernos parcialmente abiertos se pueden marcar como "contenido seleccionado" o "acceso diferido".

Véase también

  • Acceso abierto (publicación)
  • Datos abiertos
  • Investigación abierta
  • Contenido abierto
  • Ciencias abiertas
  • Fuente abierta

Referencias

  1. ^ a b Freeing the Dark Data of Failed Scientific Experiments, Goetz, T., Wired Magazine, Sept.25, 2007
  2. ^ Sanderson, K; Neylon, C (septiembre de 2008). "Data en exhibición". Naturaleza. 455 (7211): 273 doi:10.1038/455273a. PMID 18800097.
  3. ^ Singh, S. (abril de 2008). "Data en exhibición". Celular. 133 2): 201–3. doi:10.1016/j.cell.2008.04.003. PMID 18423188.
  4. ^ Williams, A. (2008). "Las herramientas basadas en Internet para la comunicación y la colaboración en química". Drug Discovery Today. 13 ()11–12): 502 –506. doi:10.1016/j.drudis.2008.03.015. PMID 18549976.
  5. ^ Ingeniería química Noticias - Servir el mundo químico, ciencias de la vida y laboratorio".
  6. ^ Bradley, J. C. (2007). "Open Notebook Science Usando Blogs y Wikis". Precedimientos naturales. doi:10.1038/npre.2007.39.1.
  7. ^ Bradley, Jean-Claude (26 de septiembre de 2006). "Open Notebook Science". Drexel CoAS E-Learning.
  8. ^ "Científica abierta: Investigadores de la Universidad de Toronto publican notas de laboratorio en tiempo real". University of Toronto News. Retrieved 2018-01-21.
  9. ^ "El investigador es un libro abierto: primero para compartir notas de laboratorio en tiempo real". Archivado desde el original el 6 de marzo de 2016. Retrieved 6 de marzo 2016.
  10. ^ Resnick, Brian (3 de marzo de 2016). "La ciencia es demasiado secreta y lenta. Así que este investigador está bloqueando su trabajo en vivo". Vox.com. Archivado desde el original el 4 de marzo de 2016. Retrieved 6 de marzo 2016.
  11. ^ "Extreme Open Science at SGC – Un equipo de científicos pioneros del SGC ahora comparten sus cuadernos de laboratorio en línea". opennotebook.thesgc.org. Retrieved 2018-01-26.
  12. ^ SGC Channel (2018-01-24), Webcast: Open Lab Notebooks: An Extreme Open Science Initiative 19 ene 2018, recuperado 2018-01-26
  13. ^ "Sobre – Extrema Ciencia Abierta en SGC". opennotebook.thesgc.org. Retrieved 2018-01-26.
  14. ^ "Nickolas J. LaSorte's Open Science Notebook".
  15. ^ "Tamara Maiuri". fhs.mcmaster.ca. Retrieved 2018-01-22.
  16. ^ ContentMine (2015-11-03), 2014 Conferencia: Open Notebook Science por Peter Murray-Rust, recuperado 2018-01-21
  17. ^ "IheartAnthony's Research".
  18. ^ "Daria de Fuente Abierta". Archivado desde el original el 13 de marzo de 2016. Retrieved 7 de mayo 2016.
  19. ^ "Nuestro Experimento - Paludismo de Fuente Abierta". Archivado desde el original el 14 de marzo de 2016. Retrieved 7 de mayo 2016.
  20. ^ Todd, Matthew (7 de mayo de 2016). "La fuente abierta elimina el secreto en la investigación de drogas". The Science Show (Entrevista). Entrevistado por Alice Williamson. Australian Broadcasting Corporation. Archivado desde el original el 7 de mayo de 2016.
  21. ^ "ONSchallenge - lista de experimentos".
  22. ^ "Tobias J. Osborne's research notes".
  23. ^ Carl Boettiger. "Lab Notebook".
  24. ^ "intro a notebook".
  25. ^ "Dror Bar-Natan: AcademicPensieve".
  26. ^ "Research Engine - Andres".
  27. ^ Himmelstein, Daniel; Lizee, Antoine; Khankhanian, Pouya; Brueggeman, Leo; Chen, Sabrina; Hadley, Dexter; Hessler, Chrissy; Baranzini, Sergio; Green, Ari (2015). "Rephetio: Repurposing drugs on a hetnet [project]". Thinklab. doi:10.15363/thinklab.4.
  28. ^ "User:Brigette D. Black/Notebook/Brigettes Notebook".
  29. ^ "UsefulChem - All Reactions".
  30. ^ portátil archivado 15 de abril de 2008
  31. ^ "User: Nozda Fernandez-Oropeza/Notebook/Notebook".
  32. ^ "User:Linh N Le/Notebook".
  33. ^ "Andy Maloney".
  34. ^ "User:Andy Maloney/Notebook/Lab Notebook of Andy Maloney/Table of Contents/Table of Contents".
  35. ^ "User:Andy Maloney/Preface to dissertation".
  36. ^ portátil
  37. ^ Fruit Computer Laboratory notebook, blog
  38. ^ "Evolución molecular, fitogenética y epidemiología".
  39. ^ "Physics307L".
  40. ^ a b Bradley, Jean-Claude Comentario sobre Pseudo Open Notebook Science? de Quantum Pontiff 27 de junio de 2008
  41. ^ "Open Notebook Science Network".
  42. ^ "Miembros". Open Notebook Science Network. 2014-07-18. Retrieved 2018-01-26.
  43. ^ "notebook, necesita login". Archivado desde el original el 11 de septiembre de 2008. Retrieved 2020-04-25.
  44. ^ "User:Cmorse/Notebook/MediaWiki for Open Science".
  45. ^ portátil
  46. ^ " Geometría deferencial -".
  47. ^ "RRResearch".
  48. ^ notebook)
  49. ^ "Contenido selectivo, Compartimiento inmediato". Archivado desde el original el 2012-05-28. Retrieved 2009-02-26.
  50. ^ "Lang Lab Website".
  51. ^ "Todo el contenido, el compartir retrasado". Archivado desde el original el 2012-05-28. Retrieved 2009-02-26.
  52. ^ Bradley, Jean-Claude; Mirza, Khalid; Owens, Kevin; Osborne, Tom & Williams, Antony (agosto de 2008). "Optimización de la reacción Ugi mediante síntesis paralela y manejo líquido automatizado". Precedimientos naturales. doi:10.1038/npre.2008.2237.1hdl:10101/npre.2008.2237.1.
  53. ^ "UsefulChem - papel03".
  54. ^ "UsefulChem - EXP099".
  55. ^ "UsefulChem - EXP203".
  56. ^ "UsefulChem - EXP206".
  57. ^ Bradley, Jean-Claude; Mirza, Khalid; Owens, Kevin; Osborne, Tom & Williams, Antony (noviembre de 2008). "Optimización de la reacción Ugi mediante síntesis paralela y manejo líquido automatizado". Journal of Visualized Experiments (21): 942. doi:10.3791/942. PMC 2762777. PMID 19066532.
  58. ^ Bacon, David Pseudo Open Notebook Science? desde Quantum Pontiff 26 de junio de 2008
  59. ^ Woelfle, Michael; Seerden, Jean-Paul; de Gooijer, Jesse; Pouwer, Kees; Olliaro, Piero; Todd, Matthew H. (19 de septiembre de 2011). Geary, Timothy G. (ed.). "Resolución de Praziquantel". PLOS Enfermedades Tropicales Desatendidas. 5 (9): e1260. doi:10.1371/journal.pntd.0001260. PMC 3176743. PMID 21949890.
  60. ^ Woelfle, Michael; Olliaro, Piero; Todd, Matthew H. (22 de septiembre de 2011). "La ciencia abierta es un acelerador de investigación". Química Naturaleza. 3 (10): 745 –748. Bibcode:2011NatCh...3..745W. doi:10.1038/nchem.1149. PMID 21941234.
  61. ^ Open Notebook Science Challenge
  62. ^ "La química feliz".
  63. ^ "La química feliz".
  64. ^ "La química feliz".
  65. ^ "La química feliz".
  66. ^ The Open Notebook Science Claims Page
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