Caenorhabditis

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Caenorhabditis es un género de nematodos que viven en ambientes ricos en bacterias como pilas de abono, animales muertos en descomposición y fruta podrida. El nombre proviene del griego: caeno- (καινός (caenos) = nuevo, reciente); rhabditis = con forma de vara (ῥάβδος (rhabdos) = vara, bastón).

El género Caenorhabditis contiene el organismo modelo Caenorhabditis elegans y varias otras especies para las que se dispone de una secuencia genómica o que se está determinando actualmente. Las dos especies más estudiadas de este género (C. elegans y C. briggsae) son androdioicas (tienen sexos masculino y hermafrodita), mientras que la mayoría de las demás especies son gonocorísticas (tienen sexos masculino y femenino).

C. elegans es la especie tipo del género. En 1900, Maupas denominó inicialmente a la especie Rhabditis elegans, Osche la colocó en el subgénero Caenorhabditis en 1952 y, en 1955, Dougherty elevó a Caenorhabditis a la categoría de género.

Ecología

Caenorhabditis ocupa diversos ambientes ricos en nutrientes y bacterias. No forman poblaciones autosuficientes en el suelo, ya que carece de suficiente materia orgánica. Los gusanos juveniles y también las larvas de Dauer pueden ser transportados por invertebrados, incluidos milpiés, insectos, isópodos y gasterópodos. Algunas especies también parecen estar asociadas con vertebrados, incluido el ganado cebú, aunque la naturaleza de esta asociación no está clara. Las especies pueden clasificarse como "foréticas" o "necrómenes" según sus relaciones con sus huéspedes invertebrados. Un gusano forético viaja sobre el huésped hasta que encuentra un ambiente favorable y luego se va. Un gusano necrómeno espera a que el huésped muera y vive de las bacterias que prosperan en el animal muerto. Muchas especies son capaces de tener estilos de vida tanto foréticos como necrómenes.

Especies

Cladograma de Caenorhabditis especie
Caenorhabditis
Elegans

C. inopinata

C. sp. 35

Elegans

C. briggsae

C. nigoni

C. sinica

C. latensos

C. remanei

C. wallacei

C. tropicalis

C. brenneri

C. masa i

C. elegans

Japonica

C. nouraguensis

C. yunquensis

C. macrosperma

C. afra

C. Imperialis

C. japonica

C. kamaaina

Drosophilae

C. drosophilae

C. sp. 2

C. angaria

C. castelli

C. sp. 8

C. portoensis

C. virilis

C. guadeloupensis

C. monodelfis

C. plicata

Especies de Caenorhabditis: C. nigoni es la especie hermana de C. briggsae mientras C. elegans permanece solo, basal en el grupo 'Elegans'.

Hay alrededor de 50 especies conocidas en este género, algunas de ellas aún no descritas ni nombradas formalmente, a pesar de que 15 de las especies fueron nombradas en un artículo de 2014. Según la comparación de secuencias de ITS2, se pueden agrupar de la siguiente manera:

  • Supergrupo de Elegans
      • Caenorhabditis inopinata - Antes de 2017 referido como C. sp. 34. Una especie gonochorística (mujer-mujer) fue aislada de higos y avispas de higos. Su genoma está siendo secuenciado en la Universidad de Miyazaki
      • Caenorhabditis sp. 35
    • Grupo Elegans
      • Caenorhabditis elegans - genoma secuenciado en 1998 por la Universidad de Washington en St. Louis y el Wellcome Trust Sanger Institute a 6x cobertura Esta es actualmente la especie más estudiada del género, y probablemente en el phylum. C. elegans son en su mayoría XX hermafroditas protandrosas que fertilizan usando su propio esperma o el esperma de machos XO ocasionales.
      • Caenorhabditis briggsae - secuencia de genomas terminada en 2003 en la Universidad de Washington en St. Louis. C. briggsae es la segunda especie mejor estudiada en el género. Mientras tanto C. briggsae son también mayormente XX hermafroditas protandras, no son los parientes más cercanos a C. elegans, y la estrategia reproductiva hermafroditica de estas especies, así como C. tropicalis, es un ejemplo de evolución convergente. La distancia evolutiva entre C. briggsae y C. elegans es similar al de los humanos y los ratones. C. nigoni es el pariente más cercano C. briggsae, y las dos especies pueden ocasionalmente producir híbridos algo fértiles.
      • Caenorhabditis remanei - genoma secuenciado por WashU GSC. Más estrechamente relacionado con C. briggsae que C. elegans, C. remanei es una especie gonocorística (mujercita obligada) en la Elegans grupo. En el pasado, hubo cierta confusión acerca de la colocación de cepas entre C. remanei, C. vulgaris (ahora visto como una subespecie de C. remanei) y C. brenneri".
      • Caenorhabditis brenneri - (prior to 2007 referred to C. sp 4, C. sp CB5161, y C. sp PB2801- genoma secuenciado por WashU GSC. Esta especie gonochorística se encuentra en Elegans grupo, más cerca C. briggsae que C. elegans.
      • Caenorhabditis nigoni - Antes de 2014 C. sp. 9
      • Caenorhabditis dougherty i - Antes de 2014 C. sp. 10
      • Caenorhabditis tropicalis - Antes de 2014 C. sp. 11 Similar a C. elegans y C. briggsae, C. tropicalis poblaciones están compuestas por XX hermafroditas protandras y X0 machos. Estas tres especies son no los parientes más cercanos
      • Caenorhabditis wallacei - Antes de 2014 C. sp. 16
      • Latensos de caenorhabditis - Antes de 2014 C. sp. 23
      • Caenorhabditis sinica - Antes de 2014 C. sp. 5
    • Grupo 'Japonica'
      • Caenorhabditis japonica - genoma siendo secuenciado por WashU GSC. Esta especie gonochorística se encuentra en Japonica grupo, la hermana se aferra a la Elegans grupo. En la naturaleza, esta especie se encuentra no-parasitariamente asociada con los bichos de madriguera Parastrachia japonensis y puede ser capaz de entrar en la etapa de dauer independientemente de las condiciones alimentarias y de concurrencia.
      • Caenorhabditis afra - (también referido como C. sp. 7, C. sp. JU1199 y C. sp. JU1286). Esta especie gonochorística (mujer-mujer) fue aislada por Matthias Herrmann en Begoro, Ghana, África en 2007. Su genoma está siendo secuenciado en WashU.
      • Caenorhabditis imperialis - Antes de 2014 C. sp. 14
      • Caenorhabditis kamaaina - Antes de 2014 C. sp. 15
      • Caenorhabditis nouraguensis - Antes de 2014 C. sp. 17
      • Caenorhabditis macrosperma - Antes de 2014 C. sp. 18
      • Caenorhabditis yunquensis - Antes de 2014 C. sp. 19
  • 'Drosophilae' supergrupo: grupo de especies generalmente encontradas en frutos podridos y transportadas por Drosophila moscas
      • Caenorhabditis angaria - (prior to 2011 referred to C. sp. 2, C. sp. 3, y C. sp. PS1010) - genoma secuenciado en el Instituto de Tecnología de California en 2010. Esta especie gonochorística, encontrada en Angaria grupo del Drosophilae supergrupo, tiene morfología y comportamiento distintos en comparación con C. elegans. Notablemente, C. angaria machos exhiben un comportamiento de apareamiento espiral. Su divergencia C. elegans es similar a la distancia entre humanos y peces. C. castelli es su pariente más cercano, y las dos especies pueden producir híbridos F1.
      • Caenorhabditis castelli - Antes de 2014 C. sp. 12
      • Caenorhabditis drosophilae
      • Caenorhabditis guadeloupensis - Antes de 2014 C. sp. 20
      • Caenorhabditis portoensis - Antes de 2014 C. sp. 6
      • Caenorhabditis virilis - Antes de 2014 C. sp. 13
      • Caenorhabditis sp. 8
  • basal
      • Caenorhabditis monodelfis - Antes de 2017 referido como Caenorhabditis sp. 1
      • Caenorhabditis plicata - genoma siendo secuenciado por la Universidad de Edimburgo.

Otros estudios filogenéticos

El grupo de especies Caenorhabditis se agrupa con el grupo 'Protorhabditis', que contiene especies de los géneros Protorhabditis, Diploscapter y Prodontorhabditis, por un lado, y con especies de Oscheius, por otro, para formar el grupo 'Eurhabditis' de géneros Rhabditidae.

Los miembros de Caenorhabditis comparten exclusivamente 39 indeles de firma conservados que se encuentran en las regiones conservadas de varias proteínas, como la proteína Rab44 y una proteína poli ADP-ribosa glicohidrolasa (PARG-1), y se ubican específicamente en bucles expuestos en la superficie. Estos marcadores moleculares ayudan a distinguir este género de todas las demás especies, y su presencia en bucles expuestos en la superficie sugiere implicaciones en las interacciones proteína-proteína o proteína-ligando.

Referencias

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