BioGRID

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El Repositorio general biológico para conjuntos de datos de interacción (BioGRID) es una base de datos biológica seleccionada de interacciones proteína-proteína, interacciones genéticas, interacciones químicas y modificaciones postraduccionales creadas en 2003 (originalmente denominado simplemente Repositorio General de Conjuntos de Datos de Interacción (GRID) por Mike Tyers, Bobby-Joe Breitkreutz y Chris Stark en el Instituto de Investigación Lunenfeld-Tanenbaum del Hospital Mount Sinai. Se esfuerza por proporcionar un recurso completo y curado para todas las principales especies de organismos modelo mientras intenta eliminar la redundancia para crear un mapeo único de datos. Los usuarios de BioGRID pueden buscar su proteína, sustancia química o publicación de interés y recuperar anotaciones, así como datos seleccionados. informado, por la literatura primaria y compilado por esfuerzos internos de curación a gran escala. BioGRID está alojado en Toronto, Ontario, Canadá y Dallas, Texas, Estados Unidos y está asociado con Saccharomyces Genome Database, FlyBase, WormBase, PomBase y. la Alianza de Recursos Genómicos. BioGRID está financiado por los NIH y CIHR. BioGRID es miembro observador del Consorcio Internacional de Intercambio Molecular (IMEx).

Historia

El BioGRID se publicó originalmente y se lanzó simplemente como el Repositorio general para conjuntos de datos de interacción, pero luego se le cambió el nombre a BioGRID para describir de manera más concisa el proyecto y ayudar a distinguirlo de varios proyectos de GRID Computing. con un nombre parecido. Originalmente separada en bases de datos específicas de organismos, la versión más nueva ahora proporciona una interfaz unificada que permite búsquedas en varios organismos simultáneamente. BioGRID se desarrolló inicialmente como un proyecto en el Instituto de Investigación Lunenfeld-Tanenbaum del Hospital Mount Sinai, pero desde entonces se ha ampliado para incluir equipos del Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie de la Universidad de Montreal y el Instituto Lewis-Sigler de Genómica Integrativa. en la Universidad de Princeton. El enfoque original de BioGRID era la curación de interacciones binarias proteína-proteína y genéticas, pero se ha ampliado a través de varias actualizaciones para incorporar datos de modificaciones postraduccionales seleccionados, datos de interacciones químicas e interacciones complejas entre múltiples genes y proteínas. Además, mensualmente, BioGRID continúa ampliando los datos seleccionados y también desarrollando y publicando nuevas herramientas, datos de proyectos integrales de curación específicos y realizando análisis científicos específicos.

Curación de Interacciones Genéticas, Proteínas y Químicas

El Repositorio General Biológico para Conjuntos de Datos de Interacción (BioGRID) es una base de datos de acceso abierto que alberga interacciones genéticas y proteicas seleccionadas de la literatura biomédica primaria para todas las principales especies de organismos modelo y humanos. Al 18 de octubre de 2020, BioGRID contiene 1.928 millones de interacciones extraídas de 63.083 publicaciones que representan 71 organismos modelo. A principios de 2021, ya contenía más de 2,0 millones de interacciones biológicas, 29.023 interacciones químico-proteínas y 506.485 modificaciones postraduccionales seleccionadas colectivamente a partir de 75.988 publicaciones para más de 80 especies. Los datos de BioGRID se distribuyen gratuitamente a través de bases de datos y metabases de datos de organismos modelo asociados y se pueden descargar directamente en una variedad de formatos. La curación de BioGRID se coordina a través de un Sistema de Gestión de Interacción (IMS) que facilita la compilación de registros de interacción a través de códigos de evidencia estructurados, ontologías de fenotipo y anotaciones de genes. La arquitectura BioGRID se ha mejorado para admitir una gama más amplia de tipos de interacción y modificación postraduccional, para permitir la representación de interacciones multigen/proteína más complejas, para dar cuenta de fenotipos celulares a través de ontologías estructuradas, para acelerar la curación a través de semi -enfoques automatizados de minería de textos y para mejorar el control de calidad de la curación. A través de esfuerzos integrales de curación, BioGRID ahora incluye un conjunto prácticamente completo de interacciones reportadas hasta la fecha en la literatura primaria para la levadura en ciernes (Saccharomyces cerevisiae), el berro (Arabidopsis thaliana), y levadura de fisión (Schizosaccharomyces pombe).

Proyectos de curación temática

Debido al abrumador tamaño de la literatura científica publicada que contiene genes, proteínas e interacciones químicas humanas (Homo sapiens), BioGRID ha adoptado un enfoque específico y basado en proyectos para conservar datos de interacciones humanas en colecciones manejables de datos de alto impacto. Estos proyectos de curación temáticos representan procesos biológicos centrales con relevancia para enfermedades, como la modificación de la cromatina, la autofagia y el sistema ubiquitina-proteasoma, o enfermedades de interés como el glioblastoma, la anemia de Fanconi y la COVID-19. Hasta el 18 de octubre de 2020, los esfuerzos del proyecto de curación temática BioGRID han dado como resultado la extracción de 424.631 interacciones que involucran 2.361 proteínas de más de 37.000 artículos científicos.

Curación de las pantallas CRISPR de Genoma-Wide

En numerosas publicaciones se han publicado pruebas genéticas basadas en CRISPR que vinculan la función genética con la viabilidad celular, la resistencia química y al estrés, y otros fenotipos. Para aumentar la accesibilidad de los datos de pantalla CRISPR y facilitar la asignación de la función de las proteínas, BioGRID ha desarrollado un recurso integrado llamado Open Repository of CRISPR Screens (ORCS) para albergar y distribuir colecciones completas y seleccionadas manualmente de conjuntos de datos de pantalla CRISPR utilizando Cas9 y otras nucleasas CRISPR. . Al 18 de octubre de 2020, BioGRID-ORCS contiene más de 1042 pantallas CRISPR seleccionadas a partir de 114 publicaciones que representan más de 60 000 genes únicos en tres especies humana (Homo sapiens) y mosca de la fruta (Drosophila melanogaster) y ratón doméstico (Mus musculus) en más de 670 líneas celulares y 17 fenotipos.

Organismos apoyados

Los siguientes organismos cuentan actualmente con soporte dentro de BioGRID, y cada uno tiene datos de interacción seleccionados disponibles de acuerdo con las últimas estadísticas.

  • Anopheles gambiae PEST (Mosquio de malaria africano)
  • Apis mellifera (Cariño abejo)
  • Arabidopsis thaliana (cress del pelo)
  • Bacillus subtilis 168
  • Bos taurus (cow)
  • Caenorhabditis elegans ( gusano denematodo)
  • Candida albicans SC5314
  • Canis familiaris (perro)
  • Cavia porcellus (conejillo de guinea)
  • Chlamydomonas reinhardtii (Algas verdes)
  • Chlorocebus sabaeus (mono verde)
  • Cricetulus griseus (Hamster chino)
  • Danio rerio (Zebrafish)
  • Dictyostelium discoideum AX4 (modo de limón)
  • Drosophila melanogaster (Vuela de fruta)
  • Emericella nidulans FGSC A4
  • Equus caballus (horse)
  • Escherichia coli ()E. coli)
  • Felis catus (cat)
  • Gallus gallus (chicken)
  • Glycine max (soybean)
  • Virus de la hepatitis C
  • Homo sapiens (humano)
  • Herpesvirus humano (1,2,3,4,5,6A,6B,7,8)
  • Human Immunodeficiency Virus 1 (HIV-1)
  • Human Immunodeficiency Virus 2 (HIV-2)
  • Human Papillomavirus (HPV, 10, 16, 32, 5, 6B, 7, 9)
  • Leishmania major
  • Macaca mulatta (Rhesus mono)
  • Meleagris galpavo (turkey)
  • coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio del Oriente Medio (MERS-CoV)
  • Monodelphis domestica (gray short-tailed opossum)
  • Mus musculus (Ratón de casa)
  • Mycobacterium tuberculosis H37Rv
  • Mycoplasma pneumoniae M129
  • Neurospora crassa OR74A
  • Nicotiana tomentosiformis
  • Oryctolagus cuniculus (rabbit)
  • Oryza sativa Japonica (Arroz japonés)
  • Ovis aries (piso)
  • Pan troglodytes (chimpanzee)
  • Pediculus humanus (un tipo de louse que infecta a los humanos)
  • Plasmodium falciparum 3D7 (parasitario de malaria)
  • Rattus norvegicus (Rata de Noruega)
  • Ricinus communis (Castor bean)
  • Saccharomyces cerevisiae (La levadura de la compra)
  • Esquizosaccharomyces pombe (levadura de fisión)
  • Selaginella moellendorffii
  • coronavirus del síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV)
  • coronavirus de síndrome respiratorio agudo grave 2 (SARS-CoV-2)
  • Simian Immunodeficiency Virus
  • Solanum lycopersicum (tomate)
  • Solanum tuberosum (potato)
  • Sorghum bicolor (sorghum)
  • Streptococcus pneumoniae (pneumoccus)
  • Strongylocentrotus purpuratus (purple urchin)
  • Sus scrofa (pig)
  • Tobacco Mosaic Virus
  • Ustilago maydis 521 (smut de maíz)
  • Vaccinia Virus
  • Vitis vinifera (vid de uva común)
  • Xenopus laevis ( rana garra africana)
  • Zea Mays (cornios)

Financiación para BioGRID

BioGRID está financiado por subvenciones de los Institutos Nacionales de Salud y los Institutos Canadienses de Investigación en Salud.

Referencias

  1. ^ a b c Stark C, Breitkreutz BJ, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Tyers M (Jan 2006). "BioGRID: Un repositorio general para conjuntos de datos de interacción". Nucleic Acids Research. 34 (90001): 535-539. doi:10.1093/nar/gkj109. PMC 1347471. PMID 16381927.
  2. ^ a b Breitkreutz BJ, Stark C, Tyers M (Jan 2003). "El GRID: el Repositorio General para Datasets de Interacción". Génova Biología. 4 3): R23. doi:10.1186/gb-2003-4-3-r23. PMC 153463. PMID 12620108.
  3. ^ Chatr-Aryamontri A, Breitkreutz BJ, Oughtred R, Boucher L, Heinicke S, Chen D, Stark C, Breitkreutz A, Kolas N, O'Donnell L, Reguly T, Nixon J, Ramage L, Winter A, Sellam A, Chang C, Hirschman J, Theesfeld C, Rust J, Livstone Ty, Dolinski "La base de datos de interacción BioGRID: actualización 2015". Nucleic Acids Research. 43 (Tema de la base de datos): 470-478. doi:10.1093/nar/gku1204. PMC 4383984. PMID 25428363.
  4. ^ Chatr-Aryamontri A, Breitkreutz BJ, Heinicke S, Boucher L, Winter A, Stark C, Nixon J, Ramage L, Kolas N, O'Donnell L, Reguly T, Breitkreutz A, Sellam A, Chen D, Chang C, Rust JM, Livstone MS, Oughtred R, Dolinski K, Tyers M (Jan 2013). "La base de datos de interacción BioGRID: actualización 2013". Nucleic Acids Research. 41 (Tema de la base de datos): 816–823. doi:10.1093/nar/gks1158. PMC 3531226. PMID 23203989.
  5. ^ Stark C, Breitkreutz BJ, Chatr-Aryamontri A, Boucher L, Oughtred R, Livstone MS, Nixon J, Van Auken K, Wang X, Shi X, Reguly T, Rust JM, Winter A, Dolinski K, Tyers M (Jan 2011). "The BioGRID Interaction Database: 2011 update". Nucleic Acids Research. 39 (Tema de la base de datos): 698–704. doi:10.1093/nar/gkq1116. PMC 3013707. PMID 21071413.
  6. ^ Breitkreutz BJ, Stark C, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Livstone M, Oughtred R, Lackner DH, Bähler J, Wood V, Dolinski K, Tyers M (Jan 2008). "The BioGRID Interaction Database: 2008 update". Nucleic Acids Research. 36 (Tema de la base de datos): 637-640. doi:10.1093/nar/gkm1001. PMC 2238873. PMID 18000002.
  7. ^ a b Chatr-Aryamontri, Andrew; Oughtred, Rose; Boucher, Lorrie; Rust, Jennifer; Chang, Christie; Kolas, Nadine K.; O'Donnell, Lara; Oster, Sara; Theesfeld, Chandra; Sellam, Adnane; Stark, Chris (2017-01-04). "La base de datos de interacción BioGRID: Actualización 2017". Nucleic Acids Research. 45 (D1): D369–D379. doi:10.1093/nar/gkw1102. ISSN 1362-4962. 5210573. PMID 27980099.
  8. ^ Oughtred, Rose; Stark, Chris; Breitkreutz, Bobby-Joe; Rust, Jennifer; Boucher, Lorrie; Chang, Christie; Kolas, Nadine; O'Donnell, Lara; Leung, Genie; McAdam, Rochelle; Zhang, Frederick (2019-08-01). "La base de datos de interacción BioGRID: Actualización 2019". Nucleic Acids Research. 47 (D1): D529-D541. doi:10.1093/nar/gky1079. ISSN 1362-4962. 6324058. PMID 30476227.
  9. ^ a b Stark C, Ting-Cheng Su, Breitkreutz A, Lourenco P, Dahabieh M, Breitkreutz BJ, Tyers M, Sadowski I (Jan 2010). "PhosphoGRID: una base de datos de sitios de fosforilación de proteínas in vivo verificados experimentalmente de la levadura floreciente Saccharomyces cerevisiae". Base de datos. 2010: bap026. doi:10.1093/database/bap026. PMC 2860897. PMID 20428315.
  10. ^ a b Sadowski I, Breitkreutz BJ, Stark C, Su TC, Dahabieh M, Raithatha S, Bernhard W, Oughtred R, Dolinski K, Barreto K, Tyers M (Mayo 2013). "The PhosphoGRID Saccharomyces cerevisiae protein fosphorylation site database: version 2.0 update". Base de datos. 2013: bat026. doi:10.1093/database/bat026. PMC 3653121. PMID 23674503.
  11. ^ Winter AG, Wildenhain J, Tyers M (abril de 2011). "BioGRID REST Service, BiogridPlugin2 y BioGRID WebGraph: nuevas herramientas para el acceso a datos de interacción en BioGRID". Bioinformática. 27 (7): 1043-1044. doi:10.1093/bioinformática/btr062. PMC 3065694. PMID 21300700.
  12. ^ Breitkreutz BJ, Stark C, Tyers M (enero de 2003). "Osprey: un sistema de visualización de red". Génova Biología. 4 (3): R22. doi:10.1186/gb-2003-4-3-r22. PMC 153462. PMID 12620107.
  13. ^ Reguly T, Breitkreutz A, Boucher L, Breitkreutz BJ, Hon GC, Myers CL, Parsons A, Friesen H, Oughtred R, Tong A, Stark C, Ho Y, Botstein D, Andrews B, Boone C, Troyanskya OG, Ideker T, Dolinski K, Batada NN, Tyers (2006) "Comprensión y análisis de redes de interacción global en Saccharomyces cerevisiae". El Diario de Química Biológica. 5 4): 11. doi:10.1186/jbiol36. PMC 1561585. PMID 16762047.
  14. ^ Breitkreutz A, Choi H, Sharom JR, Boucher L, Neduva V, Larsen B, Lin ZY, Breitkreutz BJ, Stark C, Liu G, Ahn J, Dewar-Darch D, Reguly T, Tang X, Almeida R, Qin ZS, Pawson T, Gingras AC, NesvizhskiiMay "Una red global de interacción de la proteína kinasa y fosfatasa en levadura". Ciencia. 328 (5981): 1043-1046. Código:2010Sci...328.1043B. doi:10.1126/ciencia.1176495. PMC 3983991. PMID 20489023.
  15. ^ a b c d Oughtred, Rose; Rust, Jennifer; Chang, Christie; Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Willems, Andrew; Boucher, Lorrie; Leung, Genie; Kolas, Nadine; Zhang, Frederick; Dolma, Sonam (2020-10-18). "La base de datos BioGRID: Un recurso biomédico integral de proteínas curadas, genéticas y interacciones químicas". Protein Science. 30 (1): 187–200. doi:10.1002/pro.3978. ISSN 1469-896X. PMC 7737760. PMID 33070389.
  16. ^ "Estadísticas del edificio (4.2.193) - Enero 2021 Silencioso BioGRID". wiki.thebiogrid.org. Retrieved 2021-01-26.
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