Asesinato de Juvénal Habyarimana y Cyprien Ntaryamira

En la tarde del 6 de abril de 1994, el avión en el que viajaban el presidente ruandés Juvénal Habyarimana y el presidente burundiano Cyprien Ntaryamira, ambos hutus, fue derribado con misiles tierra-aire cuando su avión se disponía a aterrizar en Kigali, Ruanda; ambos murieron. El asesinato desencadenó el genocidio ruandés, uno de los acontecimientos más sangrientos de finales del siglo XX.

La responsabilidad del ataque es objeto de controversia y la mayoría de las teorías proponen como sospechosos al rebelde tutsi Frente Patriótico Ruandés (FPR) o a los seguidores del Poder Hutu, alineados con el gobierno y opuestos a la negociación con el FPR.

En 1990, comenzó la guerra civil ruandesa cuando el Frente Patriótico Ruandés, dominado por el grupo étnico tutsi, invadió el norte de Ruanda desde Uganda. La mayoría de los combatientes del FPR eran refugiados o hijos de refugiados que habían huido de las purgas étnicas llevadas a cabo por el gobierno hutu durante la revolución ruandesa. El intento de derrocar al gobierno fracasó, aunque el FPR logró mantener el control de una región fronteriza. Cuando se hizo evidente que la guerra había llegado a un punto muerto, las partes iniciaron negociaciones de paz en mayo de 1992, que dieron como resultado la firma en agosto de 1993 de los Acuerdos de Arusha para crear un gobierno de poder compartido.

La guerra radicalizó la oposición interna. La demostración de fuerza del FPR intensificó el apoyo a la ideología del llamado "Poder Hutu", que presentaba al FPR como una fuerza extranjera que pretendía restablecer la monarquía tutsi y esclavizar a los hutus, una perspectiva a la que había que oponerse a toda costa. Esta ideología fue abrazada con gran entusiasmo por la Coalición para la Defensa de la República (CDR), que defendía principios racistas conocidos como los Diez Mandamientos Hutu. Esta fuerza política condujo al colapso del primer gobierno de Habyarimana en julio de 1993, cuando el Primer Ministro Dismas Nsengiyaremye criticó por escrito al presidente por retrasar un acuerdo de paz. Habyarimana, miembro del partido político MRND, destituyó a Nsengiyarmye y nombró en su lugar a Agathe Uwilingiyimana, que se consideraba menos simpática con el FPR. Los principales partidos de la oposición se negaron a apoyar el nombramiento de Madame Agathe y se dividieron en dos facciones: una que pedía la defensa inquebrantable del poder hutu y la otra, calificada de "moderada", que buscaba una solución negociada a la guerra. Como el Primer Ministro Uwilingiyimana no pudo formar un gobierno de coalición, la ratificación de los Acuerdos de Arusha fue imposible. El partido hutu más extremista, el CDR, que pidió abiertamente la limpieza étnica de los tutsis, no estuvo representado en absoluto en los Acuerdos.

La situación de seguridad se deterioró a lo largo de 1993. Las milicias armadas hutus atacaron a los tutsis en todo el país, mientras que los partidarios de alto rango del poder hutu comenzaron a considerar la posibilidad de que las fuerzas de seguridad se vieran obligadas a cometer genocidio. En febrero de 1994, Roméo Dallaire, jefe de la fuerza militar adscrita a la Misión de Asistencia de las Naciones Unidas para Ruanda (UNAMIR), que había sido enviada para observar la aplicación de los Acuerdos de Arusha, informó a sus superiores: "Parece que se está acabando el tiempo para las discusiones políticas, ya que cualquier chispazo en el ámbito de la seguridad podría tener consecuencias catastróficas".

A principios de abril de 1994, en el Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas se produjo un agudo desacuerdo entre Estados Unidos y los miembros no permanentes del Consejo sobre la UNAMIR. A pesar de un análisis clasificado de la Agencia Central de Inteligencia (CIA) de febrero que predecía medio millón de muertes si el proceso de Arusha fracasaba, Estados Unidos intentaba reducir sus compromisos internacionales tras la debacle de Somalia y presionaba para poner fin a la misión. Finalmente, el martes 5 de abril por la tarde se llegó a un acuerdo que prorrogaba el mandato de la UNAMIR por tres meses más. Mientras tanto, Habyarimana estaba terminando su viaje regional. El 4 de abril había volado a Zaire para reunirse con el presidente Mobutu Sese Seko y el 6 de abril voló a Dar es Salaam, Tanzania, para una cumbre regional de un día para jefes de Estado convocada por el presidente tanzano Ali Hassan Mwinyi. Para el viaje de regreso, Habyarimana se ofreció a llevar consigo a Saleh Tambwe, embajador de Tanzania en Ruanda, de regreso a Ruanda. Luego extendió la oferta al presidente de Burundi, Cyprien Ntaryamira, quien aceptó y prefirió el Dassault Falcon 50 de Habyarimana, más rápido, a su propio transporte. Varios ministros burundianos acompañaron al presidente en el vuelo. Como resultado de este nuevo acuerdo, Tambwe no fue incluido en el avión para dejar espacio a la comitiva burundesa.

Según el testimonio del Primer Ministro interino Jean Kambanda ante el Tribunal Penal Internacional para Ruanda (TPIR), el presidente Mobutu del vecino Zaire (actual República Democrática del Congo) había advertido a Habyarimana que no fuera a Dar es Salaam el 6 de abril. Mobutu habría dicho que esta advertencia había venido de un funcionario de muy alto rango del Palacio del Elíseo en París. Había una relación entre esta advertencia, dijo Mobutu, y el posterior suicidio en el Elíseo de François de Grossouvre, un alto funcionario que trabajaba para el presidente François Mitterrand y que se suicidó el 7 de abril después de enterarse del derribo del Falcon.

Poco antes de las 20:20 hora local (18:20 UTC), el avión presidencial sobrevoló una vez el aeropuerto internacional de Kigali antes de realizar la aproximación final en un cielo despejado. Un vuelo semanal de un C-130 Hércules belga que transportaba tropas de la UNAMIR que regresaban de sus vacaciones estaba programado para aterrizar antes que el avión presidencial, pero se le hizo una señal para darle prioridad al presidente.

Un misil tierra-aire impactó en una de las alas del Dassault Falcon y luego un segundo misil impactó en su cola. El avión estalló en llamas en el aire antes de estrellarse en el jardín del palacio presidencial, donde explotó al impactar. El avión transportaba tres tripulantes franceses y nueve pasajeros.

El ataque fue presenciado por numerosas personas. Uno de los dos oficiales belgas que se encontraban en el jardín de una casa en Kanombe, el barrio en el que se encuentra el aeropuerto, vio y oyó el primer misil elevarse hacia el cielo, vio un destello rojo en el cielo y oyó que el motor de un avión se paraba, seguido de otro misil. Inmediatamente llamó al mayor de Saint-Quentin, parte del equipo francés adscrito al batallón de paracaidistas ruandés Commandos de recherche et d'action en profondeur, quien le aconsejó que organizara la protección de sus camaradas belgas. De manera similar, otro oficial belga estacionado en una torre de control del aeropuerto que no se utilizaba vio las luces de un avión que se acercaba, una luz que se elevaba desde el suelo y las luces del avión se apagaban. A esto le siguió una segunda luz que se elevaba desde el mismo lugar que la primera y el avión se convertía en una bola de fuego que caía. Este oficial se comunicó inmediatamente por radio con el comandante de su compañía, quien confirmó con la torre de control operativa que el avión era el avión presidencial.

Un soldado ruandés en el campamento militar de Kanombe recordó:

Ya sabes, su sonido del motor era diferente de otros aviones; es decir, el sonido del motor del presidente... Estábamos mirando hacia donde venía el avión, y vimos un proyectil y vimos una bola de llama o flash y vimos el avión bajar; y lo vi. Yo era el líder del bloque así que le pedí a los soldados que se levantaran y les dije "Levántate porque Kinani [un apodo de Kinyarwanda para Habyarimana que significa 'famoso' o 'invencible'] ha sido derribado". Me dijeron: "Estás mintiendo". Dije: "Es verdad". Así que abrí mi armario, puse mi uniforme y escuché el sonido de la corneta.

Un cadete ruandés que escuchaba en el aeropuerto la Radio Télévision Libre des Mille Collines oyó al locutor anunciar que el avión presidencial estaba a punto de aterrizar. La transmisión hablada se interrumpió de repente para dar paso a una selección de música clásica.

Los doce que iban a bordo del Falcon murieron:

• Juvénal Habyarimana, Presidente de Rwanda
• Cyprien Ntaryamira, Presidente de Burundi
• Bernard Ciza, Ministro de Obras Públicas de Burundi
• Cyriaque Simbizi, Burundian Minister of Communication
• General de División Déogratias Nsabimana, Jefe de Estado Mayor del Ejército de Rwanda
• Mayor Thaddée Bagaragaza, responsable del "militaire de la guarida" del presidente rwandés
• Coronel Elie Sagatwa, Member of the special secretariat of the Rwandan president, Chief of the Military Cabinet of the Rwandan president
• Juvénal Renzaho, asesor de relaciones exteriores del presidente rwandés
• Dr. Emmanuel Akingeneye, médico personal del presidente rwandés

Tripulación de un avión francés:

• Jacky Héraud (pilot)
• Jean-Pierre Minaberry (co-pilot)
• Jean-Michel Perrine (ingeniero del vuelo)

Se desató el caos sobre el terreno. Los guardias presidenciales, que habían estado esperando para escoltar al presidente a su casa desde el aeropuerto, amenazaron a la gente con sus armas. Veinte soldados belgas de mantenimiento de la paz que habían estado estacionados a lo largo del perímetro del aeropuerto fueron rodeados por la Guardia Presidencial y algunos fueron desarmados. El aeropuerto fue cerrado y el Hércules belga que volaba en círculos fue desviado a Nairobi.

En el campamento Kanombe, el toque de corneta que sonó inmediatamente después del accidente fue interpretado por los soldados como un signo de que el Frente Patriótico Ruandés había atacado el campamento. Los soldados se apresuraron a ir a los arsenales de sus unidades para equiparse. Los soldados de la brigada de paracaidistas Commandos de recherche et d'action en profondeur se reunieron en el campo de desfiles alrededor de las 21:00 horas, mientras que los miembros de otras unidades se reunieron en otras partes del campamento. Al menos un testigo declaró que aproximadamente una hora después del accidente se oyeron disparos en Kanombe. También se informó inicialmente de explosiones de municiones en el campamento Kanombe.

El oficial superior de la zona de operaciones de Kigali llamó al Ministerio de Defensa para comunicarle la noticia. El ministro de Defensa, Augustin Bizimana, se encontraba fuera del país y el oficial que atendió la llamada no logró comunicarse con el coronel Théoneste Bagosora, director del despacho del ministro de Defensa, que aparentemente se encontraba en una recepción ofrecida por oficiales bangladesíes de la UNAMIR.

La noticia del accidente, que inicialmente se informó que se trataba de una explosión del depósito de municiones de la UNAMIR, fue transmitida rápidamente al comandante de la fuerza de la UNAMIR, Dallaire, quien ordenó al comandante del sector de Kigali de la UNAMIR, Luc Marchal, que enviara una patrulla al lugar del accidente. Numerosas personas comenzaron a llamar a la UNAMIR en busca de información, entre ellas la primera ministra Agathe Uwilingiyimana y Lando Ndasingwa. Uwilingiyimana informó a Dallaire de que estaba tratando de reunir a su gabinete, pero que muchos ministros tenían miedo de dejar a sus familias. También informó de que todos los ministros de línea dura habían desaparecido. Dallaire preguntó a la primera ministra si podía confirmar que el avión del presidente era el que se había estrellado y llamó al jefe político de la UNAMIR, Jacques-Roger Booh-Booh, para informarle de los acontecimientos. Uwilingiyimana volvió a llamar para confirmar que se trataba del avión del presidente y que se suponía que él estaba a bordo. También pidió ayuda a la UNAMIR para recuperar el control de la situación política, ya que legalmente era la siguiente en la línea de sucesión, pero algunos ministros moderados aliados a ella ya habían comenzado a huir de sus hogares, temiendo por su seguridad.

A las 21.18 horas, los guardias presidenciales, a los que la UNAMIR describió como "nerviosos y peligrosos", establecieron un control de carretera cerca del Hotel Méridien. Se habían establecido otros controles de carretera antes del ataque como parte de los preparativos de seguridad para la llegada de Habyarimana. La patrulla de soldados belgas de la UNAMIR enviada para investigar el lugar del accidente fue detenida en un control de carretera de los guardias presidenciales a las 21.35 horas, desarmada y enviada al aeropuerto.

Se ordenó a la brigada de paracaidistas que recogiera los cadáveres del lugar del accidente y se impidió el acceso a las fuerzas de paz de la ONU. Akingeneye fue recuperado rápidamente, pero la mayoría de los cadáveres estaban tan dañados que no se los pudo reconocer de inmediato. Habyarimana fue identificado tendido en un macizo de flores alrededor de las 21:30 horas del 6 de abril, mientras que Ntaryamira fue reconocido alrededor de las 03:00 horas del 7 de abril. Un asesor ruandés fue identificado después de que su esposa le dijera al grupo de búsqueda qué ropa llevaba puesta. Los últimos en ser identificados fueron los de la tripulación francesa, descubiertos al amanecer fuera de los jardines del palacio. Los cuerpos fueron llevados a la sala de estar del Palacio Presidencial. Inicialmente se hizo planes para llevarlos al hospital, pero la reanudación del conflicto lo dificultó y, en cambio, los cuerpos de los dos presidentes fueron almacenados en un congelador en un cuartel militar cercano. Dos soldados franceses llegaron al lugar del accidente y pidieron que se les entregara la grabadora de datos de vuelo una vez que se recuperara. El paradero de la grabadora de datos de vuelo se desconoció más tarde. El ejército francés se puso en contacto con Dallaire y le ofreció investigar el accidente, a lo que Dallaire se negó de inmediato.

Un coronel ruandés que llamó al mando del ejército unos cuarenta minutos después del accidente recibió la noticia de que no había ninguna confirmación de que el presidente estuviera muerto. Una media hora más tarde, aproximadamente a las nueve y media, la situación seguía siendo confusa en el mando del ejército, aunque parecía claro que el avión presidencial había explotado y que probablemente había sido alcanzado por un misil. Llegaron noticias de que el general de división Déogratias Nsabimana, jefe del Estado Mayor del ejército, había estado en el avión. Los oficiales presentes se dieron cuenta de que tendrían que nombrar un nuevo jefe de Estado Mayor para aclarar la cadena de mando y comenzaron una reunión para decidir a quién nombrar. El coronel Bagosora se unió a ellos poco después. Alrededor de las diez de la noche, Ephrem Rwabalinda, el oficial de enlace del gobierno con la UNAMIR, llamó a Dallaire para informarle de que un comité de crisis estaba a punto de reunirse. Después de informar a sus superiores en la ciudad de Nueva York de la situación, Dallaire fue a asistir a la reunión, donde encontró a Bagosora al mando.

Los observadores temían que la muerte del presidente Ntaryamira provocara una violencia generalizada en Burundi, como había ocurrido cuando su predecesor, Melchior Ndadaye, fue asesinado durante un intento de golpe de Estado en octubre de 1993. Sin embargo, a diferencia de Ruanda, la situación en Burundi permaneció pacífica después de recibirse la noticia de la muerte de su presidente. El gobierno burundiano declaró que el accidente aéreo fue causado por un accidente y el presidente de la Asamblea Nacional, Sylvestre Ntibantunganya, hizo una emisión por televisión, flanqueado por el ministro de defensa y el jefe del estado mayor del ejército, pidiendo calma. Varios cientos de tutsis marcharon por la capital para celebrar la muerte de los presidentes. Los diplomáticos informaron de que la mayoría de los burundianos creían que el asesinato estaba destinado a atacar a Habyarimana, no a Ntaryamira. El 16 de abril se celebró una misa de réquiem por Ntaryamira en la catedral Regina Mundi de Bujumbura, a la que asistieron miles de personas, y él y sus dos ministros fueron enterrados posteriormente en un funeral de Estado. Ntibantunganya sucedió a Ntaryamira como presidente de Burundi. Consideraba que la muerte de Ntaryamira se debió a "las circunstancias" y que no había sido un objetivo.

En respuesta al asesinato, el presidente Mwinyi declaró tres días de duelo nacional en Tanzania y envió mensajes de condolencias al gobierno de Ruanda, al gobierno de Burundi y a las familias de los presidentes fallecidos. En sus memorias escribió que el gobierno de Tanzania estaba "conmocionado" por el derribo del avión. Un grupo de unos 70 ruandeses y burundianos en el Hotel New Mwanza celebró el asesinato, lo que llevó al primer ministro John Malecela a ordenar su arresto. Esta acción fue revocada por el fiscal general, quien declaró que sus acciones no eran ilegales.

En el Zaire también se ha instaurado un período de luto

El presidente del Consejo de Seguridad de la ONU, Colin Keating, hizo un llamamiento a la paz en Ruanda y Burundi y envió sus condolencias a las familias de los presidentes fallecidos.

En algún momento después del asesinato del 6 de abril, los restos de Juvenal Habyarimana fueron obtenidos por el presidente de Zaire, Mobutu, y almacenados en un mausoleo privado en Gbadolite, Zaire (hoy República Democrática del Congo). Mobutu prometió a la familia de Habyarimana que su cuerpo recibiría un entierro apropiado en Ruanda. El 12 de mayo de 1997, mientras los rebeldes de la ADFL de Laurent-Désiré Kabila avanzaban sobre Gbadolite, Mobutu hizo que los restos fueran trasladados en un avión de carga a Kinshasa, donde esperaron en la pista del aeropuerto de N'djili durante tres días. El 16 de mayo, el día antes de que Mobutu huyera de Zaire, los restos de Habyarimana fueron incinerados bajo la supervisión de un líder hindú de la India. La presencia del líder hindú reflejó la necesidad de incinerar el cuerpo y la insistencia de Mobutu en que se realizara algún tipo de ceremonia religiosa en lugar de la propia religión de Habyarimana.

Dos importantes investigaciones, que han sido reconocidas internacionalmente, han identificado el cuartel de Kanombe como el probable origen del misil. En 2010, el "Informe Mutsinzi", realizado por funcionarios ruandeses en colaboración con expertos británicos en balística de la Real Academia Militar, identificó una pequeña zona, que incluía una parte del aeropuerto, el campamento de Kanombe y una pequeña zona cerca de la residencia presidencial, como el lugar de lanzamiento. En enero de 2012, se hizo público un informe francés con conclusiones similares.

A pesar de estos informes, algunos han seguido poniendo en duda esta conclusión. Estas incertidumbres se derivan de evaluaciones inmediatas de la situación. El juez francés Jean-Louis Bruguière había dirigido una investigación en 2004 que acusaba al RPF de derribar el avión desde la colina de Masaka, pero se descubrió que se basaba en testimonios de testigos que no se consideraban creíbles. Una investigación belga en 1994 concluyó que el misil había sido disparado desde la colina de Masaka, pero que "habría sido prácticamente imposible que un soldado rebelde hubiera llegado a Masaka con misiles". La base estaba controlada por fuerzas de las FAR, incluida la Guardia Presidencial y el batallón de paracaidistas, y el Batallón Antiaéreo (LAA) también estaba basado allí. Este informe fue ampliamente divulgado para exonerar al RPF, aunque en realidad no lo hizo, según Filip Reyntjens.

Aunque las sospechas iniciales recayeron sobre los extremistas hutus que perpetraron el genocidio posterior, desde el año 2000 ha habido varios informes que afirman que el ataque fue llevado a cabo por el FPR bajo las órdenes de Paul Kagame, que luego se convirtió en presidente de Ruanda. Todas esas pruebas son muy discutidas y muchos académicos, así como las Naciones Unidas, se han abstenido de emitir una conclusión definitiva. Mark Doyle, un corresponsal de BBC News que informó desde Kigali durante el genocidio de 1994, señaló en 2006 que las identidades de los asesinos "podrían convertirse en uno de los grandes misterios de finales del siglo XX".

Un informe de inteligencia del Departamento de Estado de los EE.UU., ahora desclasificado, del 7 de abril informa que una fuente no identificada le dijo al embajador de los EE.UU. en Ruanda que "elementos hutus rebeldes del ejército -posiblemente la guardia presidencial de élite- fueron responsables del derribo del avión". Esta conclusión fue apoyada por otras agencias estadounidenses, incluida la Agencia de Inteligencia de Defensa, que informó el 11 de mayo que "se cree que el accidente aéreo [...] fue en realidad un asesinato llevado a cabo por militares hutus de línea dura". Philip Gourevitch, en su libro de 1998 sobre el genocidio, enmarcó el pensamiento de la época:

Aunque los asesinos de Habyarimana nunca han sido identificados positivamente, la sospecha se ha centrado en los extremistas en su séquito, sobre todo el semiretirado Coronel Théoneste Bagosora, un íntimo de Madame Habyarimana, y un miembro de la carta del akazu y sus escuadrones de la muerte, quienes dijeron en enero de 1993 que estaba preparando un apocalipsis.

El informe de 1997 del Senado belga afirmaba que no había suficiente información para determinar los detalles del asesinato. Un informe de 1998 de la Asamblea Nacional de Francia planteaba dos explicaciones probables. Una es que el ataque fue llevado a cabo por grupos de extremistas hutus, angustiados por el avance de las negociaciones con el FPR, el adversario político y militar del régimen actual, mientras que la otra es que fue responsabilidad del FPR, frustrado por la falta de progreso en los Acuerdos de Arusha. Entre las otras hipótesis que se examinaron está una que implica al ejército francés, aunque no hay un motivo claro para un ataque francés contra el gobierno de Ruanda. El informe francés de 1998 no hizo ninguna distinción entre las dos teorías dominantes. Un informe de 2000 de la Organización de la Unidad Africana no intenta determinar la responsabilidad.

Un artículo de enero de 2000 en el National Post canadiense informó que Louise Arbour, fiscal jefe del TPIR, había dado por terminada una investigación sobre el derribo después de que tres informantes tutsis se presentaran en 1997 con acusaciones detalladas contra Paul Kagame y el FPR, afirmando que habían sido miembros de un "equipo de ataque de élite" responsable del derribo. Uno de los tres denunciantes fue Jean-Pierre Mugabe, quien emitió una declaración sobre el derribo en abril de 2000. Después del artículo del National Post, un memorando de tres páginas escrito por el investigador Michael Hourigan fue enviado al TPIR, donde los abogados defensores lo habían solicitado. Hourigan declaró más tarde que la investigación sobre el derribo había estado claramente dentro de su mandato y que estaba "asombrado" por la información que había recibido. Cuando Arbour dio un giro de 180 grados y le dijo que no era así, la secuencia de hechos fue confirmada por el jefe de Hourigan, Jim Lyons, un ex agente del FBI que dirigió el llamado Equipo Nacional de Investigación. Lyons cree que Arbour estaba actuando siguiendo órdenes de cerrar la investigación. Una investigación realizada por Luc Reydams concluyó que no había evidencia de tales órdenes. Reydams argumentó que la decisión de cerrar la investigación se basó en "una evaluación de las condiciones concretas en ese momento" y que "cualquier fiscal responsable habría concluido que continuar con la investigación sería inútil y peligroso".

Arbour declaró más tarde que "fue mi decisión y sólo mi decisión". Según Arbour, la Fiscalía de Kigali se encontraba en una situación muy difícil en ese momento:

No queríamos invertir recursos sustanciales sólo para que un juez se negara a confirmar una acusación por falta de jurisdicción. No fui persuadido de que el derribo del avión constituiría en la ley un crimen de guerra o un crimen de lesa humanidad. Sería difícil interpretarlo como un acto de genocidio a menos que los dirigentes del genocidio cometan actos como un desencadenante de la movilización masiva que siguió. La situación fue diferente quince años después. Con todas las deserciones de RPF de alto perfil y declaraciones incriminatorias, podría haber sido posible montar un caso. [...] Desde un ángulo legal, no es tanto el derribo del plano que es de interés, sino las alegaciones de acciones del FPR que habrían constituido crímenes de lesa humanidad durante el período de tiempo (1994) sobre el cual el tribunal tenía jurisdicción. Durante mi tiempo en el Tribunal Internacional para Rwanda, siempre asumimos que esta labor tendría que hacerse, pero que tendríamos que ser muy cautelosos sobre cómo proceder, preferiblemente trabajando desde fuera del país. Entiendo, sin embargo, que desde una perspectiva histórica, el tiroteo del avión seguirá siendo un gran foco de especulación si no hay cierre.

En 1998, el magistrado antiterrorista francés Jean-Louis Bruguière abrió una investigación sobre el derribo del avión en nombre de las familias de los tripulantes franceses. Basándose en cientos de entrevistas, Bruguière concluyó que el asesinato se había llevado a cabo por orden de Paul Kagame y, en 2006, emitió órdenes de arresto contra nueve de sus colaboradores. En protesta, Ruanda rompió relaciones diplomáticas con Francia. En noviembre de 2008, el gobierno alemán puso en práctica la primera de estas órdenes europeas de arresto contra Rose Kabuye, jefa de protocolo de Kagame, a su llegada a Frankfurt.

Uno de los testigos de Bruguière fue Abdul Ruzibiza, un ex teniente del FPR que afirmó haber formado parte de una célula que llevó a cabo el asesinato con misiles SA-16 lanzados desde el hombro. Días después de que se filtrara el contenido del informe de Bruguière en 2004, Ruzibiza publicó su testimonio en un comunicado de prensa, detallando su relato y acusando además al FPR de iniciar el conflicto, prolongar el genocidio, llevar a cabo atrocidades generalizadas durante el genocidio y represión política. El ex oficial del FPR publicó un libro en 2005 con su relato (Rwanda. L’histoire secrete), y testificó bajo juramento ante el TPIR en 2006. El erudito René Lemarchand escribió sobre el libro que "la cuidadosa ordenación de las pruebas, la información notablemente precisa sobre quién hizo qué, dónde y cuándo, la familiaridad del autor con el código operativo del FPR, dejan pocas dudas en la mente del lector sobre la responsabilidad de Kagame en el desencadenamiento del evento que llevó al derramamiento de sangre". En noviembre de 2008, Ruzibiza afirmó repentinamente que había inventado todo, pero algunos meses antes de su muerte en 2010, Ruzibiza explicó que su retractación "está vinculada a mi seguridad personal y la de otros testigos". Sin embargo, Ruzubiza cambió su versión y dijo que él no participó personalmente en el derribo del avión, sino que conocía a alguien que sí lo hizo.

Linda Melvern escribió que las pruebas de Bruguière "eran muy escasas y que algunas de ellas, relativas a los supuestos misiles antiaéreos utilizados para derribar el avión presidencial, ya habían sido rechazadas por una investigación parlamentaria francesa". Un artículo de 2007 de Colette Braeckman en Le Monde Diplomatique cuestiona firmemente la fiabilidad del informe del juez Bruguière y sugiere la participación directa de personal militar francés que actuaba para o con la Guardia Presidencial de las fuerzas gubernamentales de Ruanda en el ataque con misiles al avión. En una entrevista de 2007 con la BBC, Kagame dijo que cooperaría con una investigación imparcial "llevada a cabo por un juez que no tuviera nada que ver con Ruanda o Francia". La BBC concluyó: "Que algún juez quiera asumir tal tarea es otra cuestión".

Paul Rusesabagina, un ruandés de origen mixto hutu y tutsi cuyos esfuerzos para salvar vidas sirvieron de base para la película de 2004 Hotel Rwanda, ha apoyado la acusación de que Kagame y el FPR estaban detrás del derribo del avión, y escribió en noviembre de 2006 que "desafía la lógica" que el Consejo de Seguridad de la ONU no haya ordenado una investigación, como lo había hecho tras el asesinato de Rafic Hariri en 2005, de consecuencias mucho menores.

En febrero de 2008, el juez de instrucción español Fernando Andreu de la Audiencia Nacional dictó un escrito de acusación de 182 páginas y órdenes de arresto internacionales contra 40 altos funcionarios militares ruandeses, actuales o antiguos, del Ejército Patriótico Ruandés/Fuerzas de Defensa Ruandesas. Se les imputaban varios delitos graves cometidos entre 1990 y 2002, incluido el derribo del avión de Habyarimana. A diferencia de la investigación judicial francesa, el escrito de acusación de Andreu se basó en parte en el principio de jurisdicción universal.

Kagame también ordenó la formación de una comisión de ruandeses que se encargaría de "recoger pruebas de la participación de Francia en el genocidio". La comisión envió su informe a Kagame en noviembre de 2007 y su director, Jean de Dieu Mucyo, declaró que la comisión ahora "esperaría a que el presidente Kagame declare si la investigación era válida".

En enero de 2010, el gobierno ruandés publicó el "Informe de la investigación sobre las causas, circunstancias y responsabilidades del atentado del 6 de abril de 1994 contra el avión presidencial ruandés Falcon 50, matrícula 9XR-NN", conocido como Informe Mutsinzi. El informe, de varios volúmenes, implica a los partidarios del poder hutu en el ataque y Philip Gourevitch afirma que "hace dos meses, al día siguiente de la admisión de Ruanda en la Commonwealth, Francia y Ruanda restablecieron relaciones diplomáticas normales. Antes de que eso ocurriera, por supuesto, los ruandeses habían compartido con los franceses el informe Mutsinzi, que estaba a punto de ser publicado. La normalización de las relaciones equivale a la aceptación por parte de Francia de las conclusiones del informe".

El gobierno burundiano conmemora la muerte de Ntaryamira el 6 de abril de cada año. La muerte del presidente burundiano y de dos de sus ministros en el derribo del avión ha quedado generalmente eclipsada en la memoria pública por la muerte de Habyarimana y el posterior genocidio ruandés.

• Lista de Jefes de Estado y de Gobierno que murieron en accidentes e incidentes de aviación

• Dallaire, Roméo; Beardsley, Brent (2003). Shake Hands with the Devil: El fracaso de la humanidad en Rwanda. Nueva York: Carroll & Graf Publishers. ISBN 0-7867-1487-5.
• Gaillard, Philippe; Barrada, Hamid (28 de abril de 1994). "Le récit en direct de la famille Habyarimana". Jeune Afrique (en francés). No. 1738. pp. 12–19.
• Mamdani, Mahmood (2001). Cuando las víctimas se convierten en asesinos: colonialismo, nativismo y genocidio en Rwanda. Princeton, NJ: Princeton University Press. ISBN 0-691-10280-5.
• Melvern, Linda (2004). Conspiración para asesinar: el genocidio rwandés. Nueva York: Verso. ISBN 0-312-30486-2.

• Video Animación del Crash - Sinopsis de las conclusiones del Informe Mutsinzi de Rwanda: Guía de medios de información del Gobierno de Rwanda al Comité de Expertos Investigación del 6 de abril de 1994 Crash of President Habyarimana's Dassault Falcon-50 Aircraft
• Reyntjens, Filip (2020). "El FPR lo hizo: una nueva mirada al ataque aéreo de 1994 que encendió el genocidio en Rwanda - Universidad de Amberes". Documentos de trabajo. Institute of Development Policy and Management. ISSN 2294-8643.