ARN que interactúa con Piwi

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El ARN que interactúa con Piwi (piRNA) es la clase más grande de pequeñas moléculas de ARN no codificante expresadas en células animales. Los piRNA forman complejos de ARN-proteína a través de interacciones con proteínas Argonaute de la subfamilia Piwi. Estos complejos de piRNA están principalmente involucrados en el silenciamiento epigenético y postranscripcional de elementos transponibles y otras transcripciones espurias o derivadas de repeticiones, pero también pueden estar involucrados en la regulación de otros elementos genéticos en células de la línea germinal.

Los piRNA se crean principalmente a partir de loci que funcionan como trampas de transposones que proporcionan una especie de inmunidad adaptativa mediada por ARN contra expansiones e invasiones de transposones. Se diferencian de los microARN (miARN) en tamaño (26-31 nucleótidos en lugar de 21-24 nt), falta de conservación de secuencia, mayor complejidad e independencia de Dicer para la biogénesis, al menos en animales. (El Dcl2 de la planta puede desempeñar un papel en la biogénesis de rasi/piRNA).

En 2001 se propusieron en Drosophila los ARN de doble cadena capaces de silenciar elementos repetitivos, conocidos entonces como ARN de interferencia pequeño asociado a repeticiones (rasiRNA). En 2008, todavía no estaba claro cómo se generan los piRNA, pero se habían sugerido métodos potenciales y era seguro que su vía de biogénesis es distinta de la de los miRNA y siRNA, mientras que el rasiRNA ahora se considera una subespecie de piRNA.

Características

Estructura piRNA propuesta, con el 3′ final 2′-O-metilación

Se han identificado piRNA tanto en vertebrados como en invertebrados, y aunque la biogénesis y los modos de acción varían un poco entre especies, se conservan varias características. Los piRNA no tienen motivos de estructura secundaria claros, debido al hecho de que la longitud de un piRNA varía entre especies (de 21 a 31 nucleótidos), y el sesgo por una uridina 5' es común a los piRNA tanto en vertebrados como en invertebrados. Los piRNA en Caenorhabditis elegans tienen un monofosfato 5' y una modificación 3' que actúa para bloquear el oxígeno 2' o 3'; también se ha confirmado que esto existe en Drosophila melanogaster, pez cebra, ratones y ratas. Esta modificación 3' es una metilación 2'-O; la razón de esta modificación no está clara, pero se ha sugerido que aumenta la estabilidad del piRNA.

Se han descubierto más de 50.000 secuencias de piRNA únicas en ratones y más de 13.000 en D. melanogaster. Se cree que existen cientos de miles de especies de piRNA diferentes en mamíferos.

Historia y loci

A principios de los años 1980, se descubrió que una única mutación en el genoma de la mosca de la fruta podía activar específicamente todas las copias de un elemento similar a un retrovirus llamado Gypsy en la línea germinal femenina. El sitio de las mutaciones que hacían que estos gitanos "bailaran" se denominó por ello locus flamenco. En 2001, Aravin et al. propuso que el silenciamiento mediado por ARN de doble cadena (ds) está implicado en el control de los retrotransposones en la línea germinal y en 2003 había surgido la idea de que los vestigios de transposones podrían producir dsRNA necesarios para el silenciamiento de los transposones "vivos". La secuenciación del locus flamenco de 200.000 pb fue difícil, ya que resultó estar repleto de fragmentos de elementos transponibles (104 inserciones de 42 transposones diferentes, incluidos varios gitanos), todos orientados en la misma dirección. De hecho, todos los piRNA se encuentran en grupos a lo largo de los genomas animales; estos grupos pueden contener tan solo diez o muchos miles de piRNA que coinciden con diferentes fragmentos de transposones en fase. Esto llevó a la idea en 2007 de que en las líneas germinales se procesa un grupo de piRNA primarios a partir de transcripciones monocatenarias largas codificadas por grupos de piRNA en la orientación opuesta de los transposones, de modo que los piRNA pueden anidar y complementar las transcripciones codificadas por transposones, desencadenando así su degradación. Cualquier transposón que se coloque en la orientación correcta en un grupo de este tipo hará que el individuo sea más o menos inmune a ese transposón, y una mutación tan ventajosa se propagará rápidamente a través de la población. Las mutaciones originales en el locus flamenco inhibieron la transcripción del transcrito maestro, desactivando así este sistema de defensa.

Se conoce un ejemplo histórico de invasión y respuesta de Piwi: el transposón del elemento P invadió el genoma de una Drosophila melanogaster a mediados del siglo XX y, mediante el cruzamiento, en cuestión de décadas todas las moscas de la fruta silvestres del mundo (aunque no las cepas de laboratorio aisladas reproductivamente) contenían el mismo elemento P. La represión de la actividad posterior del elemento P, que se propagó casi simultáneamente, parece haber ocurrido por la vía del ARN que interactúa con Piwi.

Los grupos de piRNA en los genomas ahora se pueden detectar fácilmente mediante métodos bioinformáticos. Mientras que los piRNA de D. melanogaster y de vertebrados se han localizado en áreas que carecen de genes codificadores de proteínas, los piRNA de C. elegans se han identificado entre genes codificadores de proteínas.

En los mamíferos, los piRNA se encuentran tanto en los testículos como en los ovarios, aunque solo parecen ser necesarios en los machos. En los invertebrados, se han detectado piRNA tanto en la línea germinal masculina como en la femenina.

A nivel celular, se han encontrado piRNA tanto en el núcleo como en el citoplasma, lo que sugiere que las vías de piRNA pueden funcionar en ambas áreas y, por lo tanto, pueden tener múltiples efectos.

Clasificación

Existen al menos tres subfamilias de Argonautas (Ago) que se han encontrado en eucariotas. A diferencia de la subfamilia Ago, que está presente en animales, plantas y levaduras de fisión, la subfamilia Piwi solo se ha encontrado en animales. Se ha observado rasiRNA en Drosophila y algunos eucariotas unicelulares, pero no se ha determinado su presencia en mamíferos, a diferencia del piRNA, que se ha observado en muchas especies de invertebrados y vertebrados, incluidos los mamíferos; sin embargo, dado que las proteínas que se asocian con rasiRNA se encuentran tanto en vertebrados como en invertebrados, es posible que exista rasiRNA activo y que aún no se haya observado en otros animales. Se han observado rasiRNA en Schizosaccharomyces pombe, una especie de levadura, así como en algunas plantas, en ninguna de las cuales se ha observado que contenga la subfamilia Piwi de proteínas Argonautas. Se ha observado que tanto el rasiRNA como el piRNA están ligados por vía materna, pero más específicamente es la subfamilia de proteínas Piwi la que está ligada por vía materna y, por lo tanto, conduce a la observación de que el rasiRNA y el piRNA están ligados por vía materna.

Biogenesis

El mecanismo de ping-pong para la biogénesis del extremo 5′ de rasiRNA.

La biogénesis de los piRNAs no se entiende todavía completamente, aunque se han propuesto posibles mecanismos. Los piRNAs muestran un sesgo de hebra significativo, es decir, se derivan de una sola hebra de ADN y esto puede indicar que son el producto de largas moléculas precursoras monocatenarias. Se sugiere que una vía de procesamiento primaria es la única vía utilizada para producir piRNAs de paquiteno; en este mecanismo, los precursores de piRNA se transcriben dando como resultado piRNAs con una tendencia a apuntar a las uridinas 5'. También se propone un mecanismo de "ping pong" en el que los piRNAs primarios reconocen sus objetivos complementarios y causan el reclutamiento de proteínas piwi. Esto da como resultado la escisión de la transcripción en un punto a diez nucleótidos del extremo 5' del piRNA primario, produciendo el piRNA secundario. Estos piRNAs secundarios se dirigen a secuencias que poseen una adenina en la décima posición. Dado que el piRNA involucrado en el ciclo de ping pong dirige sus ataques a las transcripciones de transposones, el ciclo de ping pong actúa solo a nivel de transcripción. Uno o ambos de estos mecanismos pueden actuar en diferentes especies; por ejemplo, C. elegans tiene piRNAs, pero no parece utilizar el mecanismo de ping pong en absoluto.

Una cantidad significativa de piRNAs identificados en el pez cebra y en D. melanogaster contienen adenina en su décima posición, y esto se ha interpretado como una posible evidencia de un mecanismo biosintético conservado entre especies. Se han identificado firmas de ping-pong en animales muy primitivos como esponjas y cnidarios, lo que indica la existencia del ciclo del ping-pong ya en las ramas tempranas de los metazoos.

Ping Pong

La vía piRNA Ping-Pong fue propuesta por primera vez a partir de estudios en Drosophila donde el piRNA asociado con las dos proteínas Piwi citoplasmáticas, Aubergine (Aub) y Argonaute-3 (Ago3) exhibieron una alta frecuencia de complementariedad de secuencias sobre exactamente 10 nucleótidos en sus extremos 5'. Esta relación se conoce como la "firma ping-pong" y también se observa en piRNA asociado de las proteínas Mili y Miwi2 aisladas de testículos de ratón. La función propuesta de Ping-Pong en Drosophila o en ratón aún está por entenderse, pero una hipótesis principal es que la interacción entre Aub y Ago3 permite un refinamiento cíclico de piRNA que son más adecuados para dirigirse a secuencias de transposones activos. Los piRNA de Aub son principalmente antisentido a las transcripciones de elementos transponibles y se cree que son el factor principal en la orientación a las transcripciones deletéreas a través de la complementariedad. Por el contrario, las secuencias de piRNA de Ago3 tienen una orientación predominantemente en sentido a las transcripciones de elementos transponibles y se derivan del producto de la escisión de Aub del ARNm del transposón. Como tal, el piRNA de Ago3 carece de la capacidad de dirigirse directamente a las transcripciones de elementos transponibles. Por lo tanto, se propuso que el piRNA de Ago3 guía la producción de piRNA que se cargan en Aub al dirigirse a las transcripciones del grupo de piRNA recién exportadas. Varias líneas de evidencia respaldan el efecto de Ago3 en la producción de piRNA de Aub, en particular a partir del examen del repertorio de piRNA en ovarios de Drosophila que son mutantes para Ago3 y la proteína de dominio Tudor Kumo/Qin.

El mecanismo molecular que sustenta el ping-pong probablemente involucra varios factores asociados a la vía del piRNA. Se informó que Qin coordina la carga de Ago3 con piRNA, además de interactuar con Aub y Ago3. Sin embargo, también se demostró que la proteína Tudor krimper (A1ZAC4) interactúa con Aub y Ago3 a través de sus dominios Tudor, al mismo tiempo que se une a sí misma a través de su dominio Krimper N-terminal. Específicamente, Krimper interactúa con Ago3 en su estado sin carga de piRNA, mientras que su interacción con Aub depende de la dimetilación simétrica de residuos de arginina en la región N-terminal de Aub. En células germinales de Silkmoth, se propuso que la proteína Vasa coordina el mecanismo Ping-Pong de Silkmoth Aub (Siwi) y Ago3.

Es probable que el mecanismo del Ping-Pong esté coordinado principalmente por Krimper, pero factores como Kumo/Qin y Vasa, además de otros factores, tienen funciones necesarias en el mecanismo del Ping-Pong.

PiRNA Phasing

La vía de piRNA de Drosophila se puede separar en dos ramas: la rama citoplasmática que consiste en Aub y Ago3 que operan el mecanismo Ping-Pong, y la rama nuclear, relacionada con el silenciamiento co-transcripcional de loci genómicos por Piwi en el núcleo. A través de estrategias complementarias, dos estudios muestran que la escisión del objetivo de Aub y Ago3 desencadena la carga "en fases" de piRNA en Piwi. La fase comienza con la selección y escisión de un objetivo complementario por Aub o Ago3 asociado con un piRNA "respondedor". Una vez escindido, el transcrito objetivo se procesa posteriormente mediante un mecanismo que se cree que requiere la endonucleasa asociada a las mitocondrias, Zucchini, que conduce a la carga de la proteína Piwi con fragmentos secuenciales del transcrito objetivo. De esta manera, el "respondedor" Aub o Ago3 La secuencia de piRNA corta un objetivo complementario que luego se corta en intervalos periódicos de aproximadamente 27 nucleótidos que se cargan secuencialmente en la proteína Piwi. Una vez cargada con piRNA, Piwi ingresa al núcleo de la célula germinal para silenciar de manera cotranscripcional las transcripciones nacientes con complementariedad con su guía de piRNA. Actualmente se desconoce si la faseación ocurre en otros organismos.

Función

La amplia variación en las secuencias de piRNA y la función de piwi entre especies contribuye a la dificultad de establecer la funcionalidad de los piRNA. Sin embargo, al igual que otros ARN pequeños, se cree que los piRNA están involucrados en el silenciamiento de genes, específicamente el silenciamiento de transposones. La mayoría de los piRNA son antisentido a las secuencias de transposones, lo que sugiere que los transposones son objetivos de los piRNA. En los mamíferos, parece que la actividad de los piRNA en el silenciamiento de transposones es más importante durante el desarrollo del embrión, y tanto en C. elegans como en los humanos, los piRNA son necesarios para la espermatogénesis.

Silenciación del ARN

El piRNA tiene un papel en el silenciamiento del ARN a través de la formación de un complejo de silenciamiento inducido por ARN (RISC). Los piRNA interactúan con las proteínas piwi que forman parte de una familia de proteínas llamadas Argonautas. Estas son activas en los testículos de los mamíferos y son necesarias para el desarrollo de células germinales y células madre en los invertebrados. Se ha descubierto que tres proteínas de la subfamilia piwi (MIWI, MIWI2 y MILI) son esenciales para la espermatogénesis en ratones. Los piRNA dirigen las proteínas piwi a sus objetivos de transposón. Una disminución o ausencia de la expresión del gen PIWI se correlaciona con un aumento de la expresión de transposones. Los transposones tienen un alto potencial para causar efectos nocivos en sus huéspedes y, de hecho, se ha descubierto que las mutaciones en las vías de piRNA reducen la fertilidad en D. melanogaster. Además, se cree que el piRNA y el ARN interferente pequeño endógeno (endo-siRNA) pueden tener una funcionalidad comparable e incluso redundante en el control de transposones en ovocitos de mamíferos.

Los piRNA parecen afectar a determinadas metiltransferasas que realizan las metilaciones necesarias para reconocer y silenciar los transposones, pero esta relación no se comprende bien.

Efectos antivirales

En los dípteros, los piRNA derivados de virus de ARN de sentido positivo se identificaron por primera vez en las células de la lámina somática ovárica (OSS) de Drosophila. Estudios experimentales posteriores han demostrado que la vía de los piRNA no es necesaria para la defensa antiviral en Drosophila melanogaster. Sin embargo, en los mosquitos, la familia de proteínas PIWI se ha expandido y algunas proteínas PIWI se han identificado como antivirales, como Piwi4. Como tal, las infecciones virales en mosquitos producen comúnmente piRNA derivados de virus en diversos virus de ARN de sentido positivo, ARN de sentido negativo y ADN monocatenario.

Efectos epigenéticos

Los piRNA pueden transmitirse por vía materna y, según las investigaciones realizadas en D. melanogaster, los piRNA pueden estar implicados en efectos epigenéticos de origen materno. La actividad de piRNA específicos en el proceso epigenético también requiere interacciones entre las proteínas piwi y HP1a, así como otros factores.

Proteínas accesorios de la vía piRNA

Los análisis genéticos que examinaron los defectos de fertilidad identificaron una serie de proteínas que no son del clado Piwi de los Argonautas, pero que producen los mismos fenotipos de esterilidad que los mutantes Piwi.

Drosophila Proteínas de dominio Tudor

Muchos factores necesarios para la vía piRNA en Drosophila contienen dominios Tudor que se sabe que se unen a residuos de arginina dimetilados simétricamente (sDMA) presentes en los motivos de metilación de las proteínas Piwi. Las proteínas Piwi están dimetiladas simétricamente por el complejo de metilosomas PRMT5, que consta de Valois (MEP50) y Capsulèen (dart5; PRMT5).

  • Tudor (Tud)
  • Qin/Kumo
  • Spindle-E (SpnE)
  • Krimper
  • Tejas (Tej)
  • Vreteno (Vret)
  • Papi
  • Ybfs(1)Yb)
  • Hermano de Yb (BoYB)
  • Hermana de Yb (SoYB)

Proteínas de la vía piRNA no tudor

  • Vasa
  • Maelstrom (Mael)

Drosophila nuclear piRNA pathway proteins

  • Rhino (HP1D)
  • Deadlock
  • Cutoff
  • SetDB1 (Eggless)
  • SuVar3–9

Investigación

Se han logrado importantes avances en el estudio de los piRNA gracias al uso de técnicas de secuenciación de última generación, como Solexa, 454 y la plataforma de secuenciación Illumina. Estas técnicas permiten el análisis de poblaciones de ARN altamente complejas y heterogéneas como los piRNA. Debido a su pequeño tamaño, la expresión y amplificación de ARN pequeños puede ser un desafío, por lo que se han desarrollado métodos especializados basados en PCR en respuesta a esta dificultad. Sin embargo, la investigación también ha revelado que una serie de piRNA anotados pueden ser falsos positivos; por ejemplo, se consideró que la mayoría de los piRNA que se expresaron en tejidos somáticos no gonadales derivaban de fragmentos de ARN no codificantes.

Referencias

  1. ^ a b c d e f "Molecular Biology Select". Celular. 126 (2): 223–225. Julio 2006. doi:10.1016/j.cell.2006.07.012.
  2. ^ a b c Seto AG, Kingston RE, Lau NC (junio de 2007). "La llegada de la edad para las proteínas Piwi". Celda molecular. 26 (5): 603-609. doi:10.1016/j.molcel.2007.05.021. PMID 17560367.
  3. ^ a b Monga I, Banerjee I (noviembre 2019). "Identificación Computacional de las piRNAs utilizando características basadas en la secuencia de ARN, estructura, termodinámica y propiedades fisicoquímicas". Genomics actuales. 20 (7): 508-518. doi:10.2174/1389202920666191129112705. PMC 7327968. PMID 32655289.
  4. ^ a b Siomi MC, Sato K, Pezic D, Aravin AA (abril de 2011). "PIWI-interacting small RNAs: the vanguard of genome defence". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 12 (4): 246-258. doi:10.1038/nrm3089. PMID 21427766. S2CID 5710813.
  5. ^ a b Dorner S, Eulalio A, Huntzinger E, Izaurralde E (agosto de 2007). "Delving into the diversity of silencing pathways. Simposio sobre MicroRNAs y siRNAs: funciones y mecanismos biológicos". EMBO Informes. 8 (8): 723–729. doi:10.1038/sj.embor.7401015. PMC 1978081. PMID 17599087.
  6. ^ Klattenhoff C, Bratu DP, McGinnis-Schultz N, Koppetsch BS, Cook HA, Theurkauf WE (enero de 2007). "Las mutaciones de la vía Drosophila rasiRNA interrumpen la especificación del eje embrionario mediante la activación de una respuesta de daño al ADN ATR/Chk2". Developmental Cell. 12 (1): 45-55. doi:10.1016/j.devcel.2006.12.001. PMID 17199040.
  7. ^ a b Goriaux C, Théron E, Brasset E, Vaury C (2014). "Historia del descubrimiento de un locus maestro que produce piRNAs: el locus flamenco/COM en Drosophila melanogaster". Fronteras en genética. 5: 257. doi:10.3389/fgene.2014.00257. PMC 4120762. PMID 25136352.
  8. ^ a b Aravin A, Tuschl T (octubre de 2005). "Identificación y caracterización de pequeños ARN involucrados en el silenciamiento del ARN". Cartas FEBS. 579 (26): 5830-5840. Código: 2005FEBSL.579.5830A. doi:10.1016/j.febslet.2005.08.009. PMID 16153643.
  9. ^ Xie Z, Johansen LK, Gustafson AM, Kasschau KD, Lellis AD, Zilberman D, Jacobsen SE, Carrington JC (Mayo 2004). "La diversificación genética y funcional de las pequeñas vías del ARN en las plantas". PLOS Biología. 2 (5): E104. doi:10.1371/journal.pbio.0020104. PMC 350667. PMID 15024409.
  10. ^ a b Aravin AA, Naumova NM, Tulin AV, Vagin VV, Rozovsky YM, Gvozdev VA (Julio 2001). "El silenciamiento de repeticiones genómicas de tándem y elementos transponibles en la línea alemana D. melanogaster". Biología actual. 11 (13): 1017-1027. Bibcode:2001CBio...11.1017A. doi:10.1016/S0960-9822(01)00299-8. PMID 11470406. S2CID 14767819.
  11. ^ a b c d e Klattenhoff C, Theurkauf W (enero de 2008). "Biogenesis and germline functions of piRNAs". Desarrollo. 135 (1): 3-9. doi:10.1242/dev.006486. PMID 18032451.
  12. ^ Carmen L, Michela B, Rosaria V, Gabriella M (2009). "Existencia de snoRNA, microRNA, características de piRNA en un nuevo ARN no codificación: x-ncRNA y su implicación biológica en Homo sapiens". Journal of Bioinfortics and Sequence Analysis. 1 (2): 031-040.
  13. ^ a b Ruby JG, Jan C, Player C, Axtell MJ, Lee W, Nusbaum C, Ge H, Bartel DP (diciembre de 2006). "La secuenciación a gran escala revela 21U-RNAs y microRNAs adicionales y siRNAs endógenos en C. elegans". Celular. 127 (6): 1193–1207. doi:10.1016/j.cell.2006.10.040PMID 17174894. S2CID 16838469.
  14. ^ Vagin VV, Sigova A, Li C, Seitz H, Gvozdev V, Zamore PD (julio de 2006). "Una pequeña vía del ARN silencia elementos genéticos egoístas en la línea alemana". Ciencia. 313 (5785): 320-324. Código:2006...313..320V. doi:10.1126/ciencia.1129333. PMID 16809489. S2CID 40471466.
  15. ^ a b c d e Houwing S, Kamminga LM, Berezikov E, Cronembold D, Girard A, van den Elst H, et al. (abril de 2007). "Un papel para los gérmenes Piwi y piRNA en mantenimiento celular y silenciamiento de transposón en Zebrafish". Celular. 129 (1): 69–82. doi:10.1016/j.cell.2007.03.026. Hdl:11858/00-001M-0000-0012-E169-6. PMID 17418787. S2CID 13373509.
  16. ^ Kirino Y, Mourelatos Z (abril de 2007). "Los ARNs de Interacción Mouse Piwi son 2"-O-metilados en su 3 " termini". Naturaleza Estructural & Molecular Biología. 14 (4): 347-348. doi:10.1038/nsmb1218. PMID 17384647. S2CID 31193964.
  17. ^ a b Faehnle CR, Joshua-Tor L (octubre de 2007). "Argonautes enfrenta nuevos ARN pequeños". Opinión actual en Biología Química. 11 (5): 569-577. doi:10.1016/j.cbpa.2007.08.032. PMC 2077831. PMID 17928262.
  18. ^ a b Lin H, Yin H, Beyret E, Findley S, Deng W (2008). "El papel de la vía piRNA en la auto-renovación de células madre". Developmental Biology. 319 (2): 479. doi:10.1016/j.ydbio.2008.05.048.
  19. ^ a b c Das PP, Bagijn MP, Goldstein LD, Woolford JR, Lehrbach NJ, Sapetschnig A, Buhecha HR, Gilchrist MJ, Howe KL, Stark R, Matthews N, Berezikov E, Ketting RF, Tavaré S, Miska EA (Julio de 2008). "Piwi y piRNAs actúan aguas arriba de una vía siRNA endógena para suprimir la movilidad transposon Tc3 en la línea alemana Caenorhabditis elegans". Celda molecular. 31 (1): 79–90. doi:10.1016/j.molcel.2008.06.003. PMC 3353317. PMID 18571451.
  20. ^ a b c d Brennecke J, Malone CD, Aravin AA, Sachidanandam R, Stark A, Hannon GJ (noviembre de 2008). "Un papel epigenético para las ARN maternamente heredadas en el silenciamiento de transposón". Ciencia. 322 (5906): 1387–1392. Código:2008...322.1387B. doi:10.1126/ciencia.1165171. PMC 2805124. PMID 19039138.
  21. ^ a b O'Donnell KA, Boeke JD (abril de 2007). "Mighty Piwis defiende la línea alemana contra los intrusos genomas". Celular. 129 (1): 37–44. doi:10.1016/j.cell.2007.03.028. PMC 4122227. PMID 17418784.
  22. ^ a b c d Malone CD, Hannon GJ (febrero de 2009). "Pequeñas ARN como guardianes del genoma". Celular. 136 (4): 656-668. doi:10.1016/j.cell.2009.01.045. PMC 2792755. PMID 19239887.
  23. ^ Kelleher ES (agosto 2016). "Reexaminando la Invasión P-Element de Drosophila melanogaster a través de las lentes de la silenciación de piRNA". Genética. 203 (4): 1513-1531. doi:10.1534/genetics.115.184119. PMC 4981261. PMID 27516614.
  24. ^ Rosenkranz D, Zischler H (enero de 2012). "proTRAC: un software para detección, visualización y análisis de racimos piRNA probabilísticos". BMC Bioinformática. 13 5): 5. doi:10.1186/1471-2105-13-5. PMC 3293768. PMID 22233380.
  25. ^ Aravin A, Gaidatzis D, Pfeffer S, Lagos-Quintana M, Landgraf P, Iovino N, Morris P, Brownstein MJ, Kuramochi-Miyagawa S, Nakano T, Chien M, Russo JJ, Ju J, Sheridan R, Sander C, Zavolan M, Tuschl T (Julio de 2006). "Una clase novedosa de ARN pequeños se une a la proteína MILI en las pruebas del ratón". Naturaleza. 442 (7099): 203–207. Bibcode:2006Natur.442..203A. doi:10.1038/nature04916. PMID 16751777. S2CID 4379895.
  26. ^ Tam OH, Aravin AA, Stein P, Girard A, Murchison EP, Cheloufi S, Hodges E, Anger M, Sachidanandam R, Schultz RM, Hannon GJ (mayo de 2008). "Pseudogene-derived pequeños ARN interferentes regulan la expresión génica en los ovocitos del ratón". Naturaleza. 453 (7194): 534-538. Bibcode:2008Natur.453..534T. doi:10.1038/nature06904. PMC 2981145. PMID 18404147.
  27. ^ Ruvkun G (julio de 2008). ¿De dónde venimos? ¿Qué somos? ¿Adónde vamos?". Tendencias en la ciencia vegetal. 13 (7): 313-316. Código:2008TPS....13..313R. doi:10.1016/j.tplants.2008.05.005. PMID 18562240.
  28. ^ Houwing S, Kamminga LM, Berezikov E, Cronembold D, Girard A, van den Elst H, Filippov DV, Blaser H, Raz E, Moens CB, Plasterk RH, Hannon GJ, Draper BW, Ketting RF (April 2007). "Un papel para los gérmenes Piwi y piRNA en mantenimiento celular y silenciamiento de transposón en Zebrafish". Celular. 129 (1): 69–82. doi:10.1016/j.cell.2007.03.026. Hdl:11858/00-001M-0000-0012-E169-6. PMID 17418787. S2CID 13373509.
  29. ^ Girard A, Sachidanandam R, Hannon GJ, Carmell MA (julio de 2006). "Una clase específica para germen de pequeños ARN une las proteínas de los piwis mamíferos". Naturaleza. 442 (7099): 199–202. Código:2006Natur.442..199G. doi:10.1038/nature04917. PMID 16751776. S2CID 3185036.
  30. ^ Tomari Y, Du T, Haley B, Schwarz DS, Bennett R, Cook HA, Koppetsch BS, Theurkauf WE, Zamore PD (marzo 2004). "Defectos de montaje en el armamento mutante de Drosophila RNAi". Celular. 116 (6): 831-841. doi:10.1016/S0092-8674(04)00218-1. PMID 15035985. S2CID 17588448.
  31. ^ a b c d e f Aravin AA, Sachidanandam R, Bourc'his D, Schaefer C, Pezic D, Toth KF, Bestor T, Hannon GJ (septiembre de 2008). "Una vía piRNA preparada por transposones individuales está vinculada a la metilación de ADN de novo en ratones". Celda molecular. 31 (6): 785–799. doi:10.1016/j.molcel.2008.09.003. PMC 2730041. PMID 18922463.
  32. ^ a b c Brennecke J, Aravin AA, Stark A, Dus M, Kellis M, Sachidanandam R, Hannon GJ (marzo de 2007). "Descretar pequeños loci generadores de ARN como reguladores maestros de la actividad transposon en Drosophila" (PDF). Celular. 128 (6): 1089–1103. doi:10.1016/j.cell.2007.01.043. PMID 17346786. S2CID 2246942.
  33. ^ Grimson A, Srivastava M, Fahey B, Woodcroft BJ, Chiang HR, King N, Degnan BM, Rokhsar DS, Bartel DP (octubre de 2008). "Los orígenes y la evolución de los microRNAs y los ARN piwi-interactantes en animales". Naturaleza. 455 (7217): 1193–1197. Código:2008Natur.455.1193G. doi:10.1038/nature07415. PMC 3837422. PMID 18830242.
  34. ^ Gunawardane LS, Saito K, Nishida KM, Miyoshi K, Kawamura Y, Nagami T, Siomi H, Siomi MC (marzo de 2007). "Un mecanismo mediado por rodajas para la formación final de siRNA 5 "asociada en Drosophila". Ciencia. 315 1587-1590. Bibcode:2007Sci...315.1587G. doi:10.1126/ciencia.1140494. PMID 17322028. S2CID 11513777.
  35. ^ Li C, Vagin VV, Lee S, Xu J, Ma S, Xi H, Seitz H, Horwich MD, Syrzycka M, Honda BM, Kittler EL, Zapp ML, Klattenhoff C, Schulz N, Theurkauf WE, Weng Z, Zamore PD (mayo de 2009). "Colapso de piRNAs germline en ausencia de Argonaute3 revela piRNAs somáticos en moscas". Celular. 137 (3): 509–521. doi:10.1016/j.cell.2009.04.027. PMC 2768572. PMID 19395009.
  36. ^ a b Zhang Z, Xu J, Koppetsch BS, Wang J, Tipping C, Ma S, Weng Z, Theurkauf WE, Zamore PD (noviembre de 2011). "PiRNA heterotípica" Ping-Pong requiere qin, una proteína con los dominios del ligase E3 y del Tudor". Celda molecular. 44 (4): 572–584. doi:10.1016/j.molcel.2011.10.011. PMC 3236501. PMID 22099305.
  37. ^ a b Webster A, Li S, Hur JK, Wachsmuth M, Bois JS, Perkins EM, Patel DJ, Aravin AA (agosto de 2015). "Aub y Ago3 son reclutados para Nuage a través de dos mecanismos para formar un Complejo Ping-Pong assembled por Krimper". Celda molecular. 59 (4): 564-575. doi:10.1016/j.molcel.2015.07.017. PMC 4545750. PMID 26295961.
  38. ^ Sato K, Iwasaki YW, Shibuya A, Carninci P, Tsuchizawa Y, Ishizu H, Siomi MC, Siomi H (agosto de 2015). "Krimper refuerza una parcialidad antisense en las piscinas de piRNA por la unión AGO3 en la Drosophila Germline". Celda molecular. 59 (4): 553-563. doi:10.1016/j.molcel.2015.06.024. PMID 26212455.
  39. ^ Xiol J, Spinelli P, Laussmann MA, Homolka D, Yang Z, Cora E, Couté Y, Conn S, Kadlec J, Sachidanandam R, Kaksonen M, Cusack S, Ephrussi A, Pillai RS (junio de 2014). "RNA clamping by Vasa monta un complejo amplificador piRNA en transcripciones transposon". Celular. 157 (7): 1698-1711. doi:10.1016/j.cell.2014.05.018. PMID 24910301.
  40. ^ Mohn F, Handler D, Brennecke J (mayo de 2015). "NARN sintonizador. el corte guiado por piRNA especifica las transcripciones para la biogénesis piRNA dependiente de Zucchini". Ciencia. 348 (6236): 812-817. doi:10.1126/science.aaa1039. PMC 4988486. PMID 25977553.
  41. ^ Han BW, Wang W, Li C, Weng Z, Zamore PD (mayo de 2015). "NARN sintonizador. cleavage de transposón guiado por piRNA inicia la producción de piRNA dependiente de Zucchini". Ciencia. 348 (6236): 817–821. doi:10.1126/science.aaa1264. PMC 4545291. PMID 25977554.
  42. ^ Le Thomas A, Rogers AK, Webster A, Marinov GK, Liao SE, Perkins EM, Hur JK, Aravin AA, Tóth KF (Febrero de 2013). "Piwi induce el silenciamiento transcripcional guiado por piRNA y el establecimiento de un estado represivo de la cromatina". Genes " Development. 27 (4): 390–399. doi:10.1101/gad.209841.112. PMC 3589556. PMID 23392610.
  43. ^ a b Wang G, Reinke V (junio de 2008). "A C. elegans Piwi, PRG-1, regula 21U-RNAs durante la espermatogénesis". Biología actual. 18 (12): 861-867. Código:2008CBio...18..861W. doi:10.1016/j.cub.2008.05.009. PMC 2494713. PMID 18501605.
  44. ^ Ozata DM, Gainetdinov I, Zoch A, Phillip D, Zamore PD (2019). "RNAs de intervención de IPIWI: pequeños ARN con grandes funciones" (PDF). Nature Reviews Genética. 20 (2): 89–108. doi:10.1038/s41576-018-0073-3. PMID 30446728. S2CID 53565676.
  45. ^ Wu Q, Luo Y, Lu R, Lau N, Lai EC, Li WX; et al. (2010). "Descubrimiento viruso mediante secuencias profundas y montaje de ARNs de silenciamiento pequeños con virus". Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (4): 1606–11. Bibcode:2010PNAS..107.1606W. doi:10.1073/pnas.0911353107. PMC 2824396. PMID 20080648.{{cite journal}}: CS1 maint: múltiples nombres: lista de autores (link)
  46. ^ Petit M, Mongelli V, Frangeul L, Blanc H, Jiggins F, Saleh MC (2016). "La vía de la ARN no es necesaria para la defensa antiviral en Drosophila melanogaster". Proc Natl Acad Sci U S A. 113 (29): E4218-27. código:2016PNAS..113E4218P. doi:10.1073/pnas.1607952113. PMC 4961201. PMID 27357659.{{cite journal}}: CS1 maint: múltiples nombres: lista de autores (link)
  47. ^ Campbell CL, Black WC, Hess AM, Foy BD (2008). "Gómicos comparativos de pequeños componentes de vía regulatoria del ARN en mosquitos vectoriales". BMC Genomics. 9: 425. doi:10.1186/1471-2164-9-425. PMC 2566310. PMID 18801182.{{cite journal}}: CS1 maint: múltiples nombres: lista de autores (link)
  48. ^ a b Varjak M, Maringer K, Watson M, Sreenu VB, Fredericks AC, Pondeville E; et al. (2017). "Aedes aegypti Piwi4 is a Noncanonical PIWI Protein Involved in Antiviral Responses". m Sphere. 2 (3). doi:10.1128/mSphere.00144-17. PMC 5415634. PMID 28497119.{{cite journal}}: CS1 maint: múltiples nombres: lista de autores (link)
  49. ^ Miesen P, Joosten J, van Rij RP (2016). "PIWIs Go Viral: Arbovirus-Derived piRNAs in Vector Mosquitoes". PLOS Pathog. 12 (12): e1006017. doi:10.1371/journal.ppat.1006017. PMC 5198996. PMID 28033427.{{cite journal}}: CS1 maint: múltiples nombres: lista de autores (link)
  50. ^ Parry R, Asgari S (2018). "Aedes Anphevirus: an Insect-Specific Virus Distributed Worldwide in Aedes aegypti Mosquitoes That Has Complex Interplays with Wolbachia and Dengue Virus Infection in Cells". J Virol. 92 (17). doi:10.1128/JVI.00224-18. PMC 6096813. PMID 29950416.
  51. ^ Parry R, Bishop C, De Hayr L, Asgari S (2019). "La replicación mejorada dependiente de la densidad de un densovirus en las células de Aedes infectadas por Wolbachia está asociada con la producción de piRNAs y siRNAs con mayor virus". Virología. 528: 89–100. doi:10.1016/j.virol.2018.12.006. PMID 30583288. S2CID 58572380.{{cite journal}}: CS1 maint: múltiples nombres: lista de autores (link)
  52. ^ Kirino Y, Kim N, de Planell-Saguer M, Khandros E, Chiorean S, Klein PS, Rigoutsos I, Jongens TA, Mourelatos Z (mayo de 2009). "La metilación arginina de proteínas Piwi catalizadas por dPRMT5 es necesaria para la estabilidad Ago3 y Aub". Nat. Cell Biol. 11 (5): 652-8. doi:10.1038/ncb1872. PMC 2746449. PMID 19377467.
  53. ^ Anne J, Mechler BM (mayo de 2005). "Valois, un componente del plasma nuage y del polo, está involucrado en el montaje de estas estructuras, y se une a Tudor y el metiltransferasa Capsuléen". Desarrollo. 132 (9): 2167–77. doi:10.1242/dev.01809. PMID 15800004. S2CID 6810484.
  54. ^ Ro S, Park C, Jin J, Sanders KM, Yan W (diciembre de 2006). "Un método basado en PCR para la detección y cuantificación de pequeños ARN". Biochemical and Biophysical Research Communications. 351 (3): 756–763. doi:10.1016/j.bbrc.2006.10.105. PMC 1934510. PMID 17084816.
  55. ^ Tang F, Hayashi K, Kaneda M, Lao K, Surani MA (mayo de 2008). "Un ensayo múltiple sensible para la expresión piRNA". Biochemical and Biophysical Research Communications. 369 (4): 1190–1194. doi:10.1016/j.bbrc.2008.03.035. PMC 3855189. PMID 18348866.
  56. ^ Tosar JP, Rovira C, Cayota A (2018-01-22). "Los fragmentos de ARN sin codificación representan la mayoría de los ARN anotados expresados en tejidos somáticos no-gonadales". Comunicaciones Biología. 1 (1): 2. doi:10.1038/s42003-017-0001-7. PMC 6052916. PMID 30271890.

Más lectura

  • Lau NC, Seto AG, Kim J, Kuramochi-Miyagawa S, Nakano T, Bartel DP, Kingston RE (Julio de 2006). "Caracterización del complejo piRNA de las pruebas de ratas". Ciencia. 313 (5785): 363-367. Código:2006...313..363L. doi:10.1126/ciencia.1130164. PMID 16778019. S2CID 21150160.
  • Kim VN (agosto de 2006). "Los ARN pequeños acaban de ser más grandes: ARNs de interacción con los pówis (piRNAs) en testículos de mamíferos". Genes " Development. 20 15): 1993–1997. doi:10.1101/gad.1456106. PMID 16882976.
  • Girard A, Sachidanandam R, Hannon GJ, Carmell MA (julio de 2006). "Una clase específica para germen de pequeños ARN une las proteínas de los piwis mamíferos". Naturaleza. 442 (7099): 199–202. Código:2006Natur.442..199G. doi:10.1038/nature04917. PMID 16751776. S2CID 3185036.
  • Grivna ST, Beyret E, Wang Z, Lin H (julio de 2006). "Una clase novedosa de ARN pequeños en células espermatogénicas del ratón". Genes " Development. 20 (13): 1709–1714. doi:10.1101/gad.1434406. PMC 1522066. PMID 16766680.
  • Watanabe T, Takeda A, Tsukiyama T, Mise K, Okuno T, Sasaki H, Minami N, Imai H (julio de 2006). "Identificación y caracterización de dos clases novedosas de pequeños ARN en la línea germinal del ratón: siRNAs de retrotransposón en ovocitos y pequeños ARNs alemanes en pruebas". Genes " Development. 20 (13): 1732-1743. doi:10.1101/gad.1425706. PMC 1522070. PMID 16766679.
  • Carmell MA, Girard A, van de Kant HJ, Bourc'his D, Bestor TH, de Rooij DG, Hannon GJ (abril de 2007). "MIWI2 es esencial para la espermatogénesis y la represión de los transposones en la línea masculina del ratón". Developmental Cell. 12 (4): 503-514. doi:10.1016/j.devcel.2007.03.001. PMID 17395546.
  • Le Thomas A, Tóth KF, Aravin AA (enero de 2014). "Ser o no ser un piRNA: origen genómico y procesamiento de piRNAs". Génova Biología. 15 (1): 204. doi:10.1186/gb4154. PMC 4053809. PMID 24467990.
  • Weick EM, Miska EA (septiembre de 2014). "piRNAs: de la biogenesis a la función". Desarrollo. 141 (18): 3458–3471. doi:10.1242/dev.094037. PMID 25183868.
  • PingPong Pro – un software para encontrar firmas de ping-pong y actividad de ciclo de ping-pong
  • piRNA Banco – un recurso web sobre los piRNAs clasificados y agrupados
  • proTRAC – un software para la detección, visualización y análisis de racimos piRNA probabilísticos
  • cúmulo de piRNA – base de datos
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