Vírus RNA

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Subclasse de vírus

Um vírus RNA é um vírus – diferente de um retrovírus – que tem ácido ribonucléico (RNA) como material genético. O ácido nucleico é geralmente RNA de fita simples (ssRNA), mas pode ser de fita dupla (dsRNA). Doenças humanas notáveis causadas por vírus RNA incluem resfriado comum, gripe, SARS, MERS, Covid-19, vírus da dengue, hepatite C, hepatite E, febre do Nilo Ocidental, doença do vírus Ebola, raiva, poliomielite, caxumba e sarampo.

O Comitê Internacional de Taxonomia de Vírus (ICTV) classifica os vírus RNA como aqueles que pertencem ao Grupo III, Grupo IV ou Grupo V do sistema de classificação de Baltimore. Esta categoria exclui o Grupo VI, vírus com material genético de ARN, mas que utilizam intermediários de ADN no seu ciclo de vida: estes são chamados retrovírus, incluindo o VIH-1 e o VIH-2, que causam a SIDA.

Em maio de 2020, acredita-se que todos os vírus de RNA conhecidos que codificam uma RNA polimerase dirigida por RNA formam um grupo monofilético, conhecido como reino Riboviria. A maioria desses vírus RNA se enquadra no reino Orthornavirae e os demais possuem um posicionamento ainda não definido. O reino não contém todos os vírus RNA: Deltavirus, Asunviroidae e Pospiviroidae são táxons de vírus RNA que foram incluídos erroneamente em 2019, mas corrigidos em 2020.

Características

Vírus de RNA de fita simples e RNA Sense

Os vírus de RNA podem ser classificados de acordo com o sentido ou polaridade de seu RNA em vírus de sentido negativo e de sentido positivo, ou vírus de RNA ambisense. O RNA viral de sentido positivo é semelhante ao mRNA e, portanto, pode ser imediatamente traduzido pela célula hospedeira. O RNA viral de sentido negativo é complementar ao mRNA e, portanto, deve ser convertido em RNA de sentido positivo por uma RNA polimerase dependente de RNA antes da tradução. O RNA purificado de um vírus de sentido positivo pode causar infecção diretamente, embora possa ser menos infeccioso do que a partícula viral inteira. Em contraste, o ARN purificado de um vírus de sentido negativo não é infeccioso por si só, uma vez que necessita de ser transcrito em ARN de sentido positivo; cada vírion pode ser transcrito em vários RNAs de sentido positivo. Os vírus de RNA ambisense se assemelham aos vírus de RNA de sentido negativo, exceto que traduzem genes de suas cadeias negativas e positivas.

Vírus de RNA de fita dupla

Os vírus de RNA de fita dupla (ds) representam um grupo diversificado de vírus que variam amplamente na gama de hospedeiros (humanos, animais, plantas, fungos e bactérias), no número de segmentos do genoma (um a doze) e na organização do vírion (Número de triangulação, camadas do capsídeo, pontas, torres, etc.). Os membros deste grupo incluem os rotavírus, que são a causa mais comum de gastroenterite em crianças pequenas, e os picobirnavírus, que são os vírus mais comuns em amostras fecais de humanos e animais com ou sem sinais de diarreia. O vírus da língua azul é um patógeno economicamente importante que infecta bovinos e ovinos. Nos últimos anos, foram feitos progressos na determinação de estruturas de resolução atómica e subnanométrica de uma série de proteínas virais chave e cápsides de viriões de vários vírus dsRNA, destacando os paralelos significativos na estrutura e nos processos replicativos de muitos destes vírus.

Taxas de mutação

Os vírus de RNA geralmente têm taxas de mutação muito altas em comparação aos vírus de DNA, porque as RNA polimerases virais não possuem a capacidade de revisão das DNA polimerases. A diversidade genética dos vírus RNA é uma das razões pelas quais é difícil fabricar vacinas eficazes contra eles. Os retrovírus também têm uma alta taxa de mutação, embora seu DNA intermediário se integre ao genoma do hospedeiro (e, portanto, esteja sujeito à revisão do DNA do hospedeiro, uma vez integrado), porque os erros durante a transcrição reversa são incorporados em ambas as fitas de DNA antes da integração. Alguns genes do vírus RNA são importantes para os ciclos de replicação viral e mutações não são toleradas. Por exemplo, a região do genoma do vírus da hepatite C que codifica a proteína central é altamente conservada, porque contém uma estrutura de RNA envolvida num local interno de entrada do ribossomo.

Complexidade da sequência

Em média, os vírus dsRNA apresentam uma redundância de sequência mais baixa em relação aos vírus ssRNA. Contrariamente, os vírus dsDNA contêm as sequências genómicas mais redundantes, enquanto os vírus ssDNA têm as menos. A complexidade da sequência dos vírus demonstrou ser uma característica chave para uma classificação viral precisa e sem referências.

Replicação

Os vírus de RNA animal são classificados pelo ICTV. Existem três grupos distintos de vírus RNA, dependendo do seu genoma e modo de replicação:

Vírus de RNA de dupla face (Grupo III) contêm de uma a uma dúzia de moléculas de RNA diferentes, cada codificação para uma ou mais proteínas virais.
Os vírus do ssRNA de sentido positivo (Group IV) têm seu genoma diretamente utilizado como mRNA, com ribossomas hospedeiros traduzindo-o em uma única proteína que é modificada por proteínas hospedeiras e virais para formar as várias proteínas necessárias para a replicação. Uma delas inclui polimerase de RNA dependente de RNA (RNA replicase), que copia o RNA viral para formar uma forma replicativa de dupla distância. Por sua vez, este dsRNA direciona a formação de novo RNA viral.
Vírus de ssRNA negativo-sense (Group V) deve ter seu genoma copiado por um RNA replicase para formar RNA positivo-senso. Isso significa que o vírus deve trazer junto com ele a enzima RNA replicase. A molécula de RNA de sentido positivo então atua como mRNA viral, que é traduzido em proteínas pelos ribossomas hospedeiros.

Os retrovírus (Grupo VI) têm um genoma de RNA de fita simples, mas, em geral, não são considerados vírus de RNA porque usam intermediários de DNA para se replicar. A transcriptase reversa, uma enzima viral que vem do próprio vírus depois de não revestido, converte o RNA viral em uma fita complementar de DNA, que é copiada para produzir uma molécula de fita dupla de DNA viral. Após este ADN ser integrado no genoma do hospedeiro utilizando a enzima viral integrase, a expressão dos genes codificados pode levar à formação de novos viriões.

Recombinação

Numerosos vírus de RNA são capazes de recombinação genética quando pelo menos dois genomas virais estão presentes na mesma célula hospedeira. Muito raramente o RNA viral pode recombinar-se com o RNA do hospedeiro. A recombinação de RNA parece ser uma força motriz importante na determinação da arquitetura do genoma e do curso da evolução viral entre Picornaviridae ((+)ssRNA), por ex. poliovírus. No Retroviridae ((+)ssRNA), por ex. Os danos do VIH no genoma do ARN parecem ser evitados durante a transcrição reversa através da troca de cadeia, uma forma de recombinação. A recombinação também ocorre em Reoviridae (dsRNA), por ex. reovírus; Orthomyxoviridae ((-)ssRNA), por ex. vírus influenza; e Coronaviridae ((+)ssRNA), por ex. SARS. A recombinação em vírus RNA parece ser uma adaptação para lidar com danos no genoma. A recombinação pode ocorrer raramente entre vírus animais da mesma espécie, mas de linhagens divergentes. Os vírus recombinantes resultantes podem, por vezes, causar um surto de infecção em humanos.

Classificação

A classificação é baseada principalmente no tipo de genoma (fita dupla, fita simples negativa ou positiva) e no número e organização do gene. Atualmente, são reconhecidas 5 ordens e 47 famílias de vírus RNA. Existem também muitas espécies e gêneros não atribuídos.

Relacionados, mas distintos dos vírus de RNA, estão os viróides e os vírus satélites de RNA. Atualmente, eles não são classificados como vírus RNA e são descritos em suas próprias páginas.

Um estudo de vários milhares de vírus RNA mostrou a presença de pelo menos cinco táxons principais: um grupo de levivírus e parentes; um supergrupo de picornavírus; um supergrupo de alfavírus mais um supergrupo de flavivírus; os vírus dsRNA; e os vírus da cadeia -ve. O grupo dos lentivírus parece ser basal para todos os vírus de RNA restantes. A próxima grande divisão reside entre o picornasupragrupo e os vírus restantes. Os vírus dsRNA parecem ter evoluído a partir de um ancestral de RNA +ve e os vírus de RNA -ve de dentro dos vírus dsRNA. O parente mais próximo dos vírus de RNA de fita -ve é o Reoviridae.

Vírus de RNA de fita positiva

Este é o maior grupo de vírus RNA e foi organizado pelo ICTV nos filos Kitrinoviricota, Lenarviricota e Pisuviricota em o reino Orthornavirae e o reino Riboviria.

Os vírus de RNA de fita positiva também podem ser classificados com base na RNA polimerase dependente de RNA. Três grupos foram reconhecidos:

Pormovírus, comovírus, nepovírus, nodavírus, picornavírus, potyvírus, sobemovírus e um subconjunto de luteovírus (beet western amarelos vírus e vírus de folha de batata) — o picorna como grupo (Picornavirata).
Carmovírus, dianthovírus, flavivírus, pestivírus, estatovírus, túmulos, bacteriofages de RNA unistradas, vírus da hepatite C e um subconjunto de luteovírus (vírus anã amarela da cevada) — o flavi como grupo (Flavivirata).
Alfavírus, carlavírus, furovírus, hordeivírus, potxvírus, rubivírus, tobravírus, tricornavírus, timovírus, vírus de mancha de folhas cloróticas de maçã, vírus amarelo de beterraba e hepatite E vírus - o grupo alfa como (Rubivirata).

Foi proposta uma divisão do supergrupo tipo alfa (semelhante a Sindbis) com base em um novo domínio localizado próximo ao terminal N das proteínas envolvidas na replicação viral. Os dois grupos propostos são: os 'altovírus' grupo (alfavírus, furovírus, vírus da hepatite E, hordeivírus, tobamovírus, tobravírus, tricornavírus e provavelmente rubivírus); e o 'tipovírus' grupo (vírus da mancha clorótica da maçã, carlavírus, potexvírus e timovírus).

O supergrupo do tipo alfa pode ser dividido em três clados: os vírus do tipo rubi, do tipo tobamo e do tipo tymo.

Trabalhos adicionais identificaram cinco grupos de vírus de RNA de fita positiva contendo quatro, três, três, três e uma ordem(ões), respectivamente. Estas quatorze ordens contêm 31 famílias de vírus (incluindo 17 famílias de vírus de plantas) e 48 gêneros (incluindo 30 gêneros de vírus de plantas). Esta análise sugere que alfavírus e flavivírus podem ser separados em duas famílias – Togaviridae e Flaviridae, respectivamente – mas sugere que outras atribuições taxonômicas, como pestivírus, vírus da hepatite C, rubivírus, vírus da hepatite E e arterivírus, podem estar incorretas. Os coronavírus e torovírus parecem ser famílias distintas em ordens distintas e não gêneros distintos da mesma família como atualmente classificados. Os luteovírus parecem ser duas famílias em vez de uma, e o vírus da mancha clorótica da maçã parece não ser um closterovírus, mas um novo gênero de Potexviridae.

Evolução

A evolução dos picornavírus com base na análise de suas RNA polimerases e helicases parece datar da divergência dos eucariotos. Seus supostos ancestrais incluem os retroelementos bacterianos do grupo II, a família das proteases HtrA e os bacteriófagos de DNA.

Os partitivírus estão relacionados e podem ter evoluído a partir de um ancestral do totivírus.

Os hipovírus e os barnavírus parecem compartilhar uma ancestralidade com as linhagens potyvírus e sobemovírus, respectivamente.

Vírus de RNA de fita dupla

Esta análise também sugere que os vírus dsRNA não estão intimamente relacionados entre si, mas pertencem a quatro classes adicionais – Birnaviridae, Cystoviridae, Partitiviridae e Reoviridae – e a uma ordem adicional (Totiviridae) de uma das classes de ssRNA positivo. vírus no mesmo subfilo dos vírus de RNA de fita positiva.

Um estudo sugeriu que existem dois grandes clados: um inclui as famílias Caliciviridae, Flaviviridae e Picornaviridae e um segundo que inclui as famílias Alphatetraviridae, Birnaviridae, Cystoviridae, Nodaviridae e Permutotretraviridae.

Vírus de RNA de cadeia negativa

Esses vírus têm vários tipos de genoma, variando de uma única molécula de RNA até oito segmentos. Apesar da sua diversidade, parece que podem ter-se originado em artrópodes e ter-se diversificado a partir daí.

Vírus de satélite

Vários vírus satélites — vírus que requerem a assistência de outro vírus para completar seu ciclo de vida — também são conhecidos. Sua taxonomia ainda não foi definida. Os quatro gêneros a seguir foram propostos para vírus satélites de RNA de fita simples de sentido positivo que infectam plantas - Albetovirus, Aumaivirus, Papanivirus e Virtovirus. Uma família - Sarthroviridae que inclui o gênero Macronovirus - foi proposta para os vírus satélites de RNA de fita simples de sentido positivo que infectam artrópodes.

Grupo III – vírus dsRNA

Existem doze famílias e vários gêneros e espécies não atribuídos reconhecidos neste grupo.

Família Amalgavirida
Família Birnaviridae
Família Chrysoviridae
Família Cystoviridae
Família Endornaviridae
Família Hypoviridae
Família Megabirnaviridae
Família Partitiviridae
Família Picobirnaviridae
Família Reoviridae – inclui Rotavirus
Família Totiviridae
Família Quadriviridae
Genus Botybirnavirus
Espécies não atribuídas
- Botrytis porri vírus RNA 1
- Circulifer tenellus vírus 1
- Coletotrichum camélias vírus filamentoso 1
- Amarelos de Cucurbit vírus associado
- Sclerotinia sclerotiorum vírus associado à debilitação
- Vírus de Spissistilus festinus 1

Grupo IV – vírus ssRNA de sentido positivo

Existem três ordens e 34 famílias reconhecidas neste grupo. Além disso, existem várias espécies e gêneros não classificados.

Ordem Nidovirales
- Família Arteriviridae
- Família Coronaviridae – inclui coronavírus humano (vírus frios comuns HCoV-229E, HCoV-HKU1, HCoV-NL63 e HCoV-OC43), MERS-CoV, SARS-CoV-1 e SARS-CoV-2
- Família Mesoniviridae
- Família Roniviridae
Ordem Picornavirales
- Família Dicistroviridae
- Família Iflaviridae
- Família Marnaviridae
- Família Picornaviridae – inclui Poliovírus, Rinovírus (um vírus frio comum), Hepatite Um vírus
- Família Secoviridae inclui subfamília Comovirinae
- Genus Bacillariornavírus
- Espécie Kelp vírus mosca
Ordem Tymovirales
- Família Alphaflexiviridae
- Família Betaflexiviridae
- Família Gammaflexiviridae
- Família Tymoviridae
Não atribuído
- Família Alfatetraviridae
- Família Alvernaviridae
- Família Astroviridae
- Família Barnaviridae
- Família Benyviridae
- Família Botourmiaviridae
- Família Bromoviridae
- Família Caliciviridae – inclui vírus Norwalk
- Família Carmotetraviridae
- Família Closteroviridae
- Família Flaviviridae – inclui vírus da febre amarela, vírus Nilo Ocidental, vírus Hepatite C, vírus da febre Dengue, vírus Zika
- Família Fusariviridae
- Família Hepeviridae
- Família Hypoviridae
- Família Leviviridae
- Família Luteoviridae – inclui Barley vírus anã amarelo
- Família Policipiviridae
- Família Narnaviridae
- Família Nodaviridae
- Família Permutotetraviridae
- Família Potyviridae
- Família Sarthroviridae
- Statovirus da Família
- Família Togaviridae – inclui vírus Rubella, vírus Rio Ross, vírus Sindbis, vírus Chikungunya
- Família Tombusviridae
- Família Virgaviridae
- Gêneros não atribuídos
  - Genial. Bluners
  - Genial. Cilevírus
  - Genial. Higrevirus
  - Genial. Idaeovirus
  - Genial. Negevirus
  - Genial. Nosso antivírus
  - Genial. Pólomovírus
  - Genial. Sinaivirus
  - Genial. Sobemovírus
- Espécies não atribuídas
  - Acyrthosiphon vírus pisum
  - Bastrovirus
  - vírus Blackford
  - Vírus de inchaço do anel necrosante de Blueberry
  - Ciclo de Segurança
  - Cara australis vírus
  - Extra pequeno vírus
  - vírus da clorose de bagas de Goji
  - Harmonia axyridis vírus 1
  - Hepelivírus
  - Jingmen carrapato vírus
  - vírus Le Blanc
  - Nedicistro
  - vírus Nesidiocoris tenuis 1
  - Niflavírus
  - Vírus Nylanderia fulva 1
  - Vírus de Orsay
  - Osedax japonicus vírus RNA 1
  - Picalis
  - Nidovirus de células secretoras planárias
  - vírus Plasmopara halstedii
  - Revisão de Rosellinia necatrix 1
  - Vírus de Santeuil
  - Secalivírus
  - Solenopsis invicta vírus 3
  - Wuhan grande porca vírus roundworm

Vírus de satélite

Família Sarthroviridae
Genus Albetovirus
Genus Aumaivirus
Genus Papanivirus
Genus Virtovirus
Vírus crônico da paralisia da abelha

Um vírus não classificado do tipo astrovírus/hepevírus também foi descrito.

Did you mean:

Group B – negative-sense ssRNA viruses

Com exceção do vírus da Hepatite D, este grupo de vírus foi colocado em um único filo – Negarnaviricota. Este filo foi dividido em dois subfilos – Haploviricotina e Polyploviricotina. Dentro do subfilo Haploviricotina são atualmente reconhecidas quatro classes: Chunqiuviricetes, Milneviricetes, Monjiviricetes e Yunchangviricetes. No subfilo Polyploviricotina são reconhecidas duas classes: Ellioviricetes e Insthoviricetes.

Seis classes, sete ordens e vinte e quatro famílias são atualmente reconhecidas neste grupo. Várias espécies e gêneros não atribuídos ainda não foram classificados.

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- Subfilo Haploricotina
  - Classe Guimarães
    - Ordem Muvirales
      - Família Qinviridae
  - Classe Milnevirices
    - Ordem Serpente de rotas
      - Família Aspiviridae
  - Classe Monjivirices
    - Ordem Jingchuvirales
      - Família Chuviridas
    - Ordem Mononegavirales
      - Família Bornaviridae – vírus da doença de Borna
      - Família Filoviridae – inclui vírus Ebola, vírus Marburg
      - Família Mymonaviridae
      - Família Anúncio grátis para sua empresa
      - Família Paramyxoviridae – inclui vírus Measles, vírus Mumps, vírus Nipah, vírus Hendra e NDV
      - Família Pneumoviridae – inclui RSV e Metapneumovirus
      - Família Rhabdoviridae – inclui vírus Rabies
      - Família Sunviridae
      - Genus Anphevirus
      - Genus Arlivirus
      - Genus Chengtivirus
      - Genus Crustavirus
      - Genus Wastrivirus
  - Classe Jardinagem: máquinas e equipamentos
    - Ordem Goujianvirales
      - Família Yueviridae
- Subfilo Politécnica
  - Classe Elliovirices
    - Ordem Bunyavira
      - Família São Paulo – inclui vírus Lassa
      - Família Crulividae
      - Família Feraviridae
      - Família Fimoviridae
      - Família Hantaviridae
      - Família Jonviridae
      - Família Nairoviridae
      - Família Peribunyaviridae
      - Família Farsmavirida
      - Família Phenuiviridae
      - Família Tospoviridae
      - Genial. Tilapineviridae
  - Classe Institutos
    - Ordem Articulações
      - Família Amnoonviridae– inclui vírus Taastrup
      - Família Orthomyxoviridae– inclui vírus Influenza
Gêneros não atribuídos:
- Genial. Deltavírus – inclui vírus Hepatite D (não um vírus verdadeiro, mas um agente subviral)

Galeria

vírus Lassa (São Paulo)
vírus da choriomeningite linfocítica (São Paulo)
Hantavirus (Boa noite.)
Vírus de Marburg (Filoviridae)
Ebola vírus (Filoviridae)
Influenza (Orthomyxoviridae)
Measles (Paramyxoviridae)
Mumps vírus (Paramyxoviridae)
Vírus sincicial respiratório humano (Paramyxoviridae)
Para a gripe (Paramyxoviridae)
Rabies (em inglês)Rhabdoviridae)
vírus da estomatite vesicular (Rhabdoviridae)

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