Pseudomonadota

Pseudomonadota (sinônimo Proteobacteria) é um importante filo de bactérias Gram-negativas. A renomeação de vários filos de procariotos em 2021, incluindo Pseudomonadota, permanece controversa entre os microbiologistas, muitos dos quais continuam a usar o nome anterior Proteobacteria, de longa data na literatura. O filo Proteobacteria inclui uma grande variedade de gêneros patogênicos, como Escherichia, Salmonella, Vibrio, Yersinia, Legionella, e muitos outros. Outros são de vida livre (não parasitas) e incluem muitas das bactérias responsáveis pela fixação de nitrogênio.

Carl Woese estabeleceu esse agrupamento em 1987, chamando-o informalmente de "bactérias roxas e seus parentes". Devido à grande diversidade de formas encontradas neste grupo, foi posteriormente denominado informalmente Proteobacteria, em homenagem a Proteus, um deus grego do mar capaz de assumir muitas formas diferentes (não em homenagem ao gênero Proteobacteria Proteus). Em 2021, o Comitê Internacional de Sistemática de Procariontes designou o sinônimo Pseudomonadota.

Características

Todos os Pseudomonadota (Proteobacteria) são diversos. Eles são nominalmente Gram-negativos, embora na prática alguns possam realmente corar Gram-positivos ou Gram-variáveis. Sua membrana externa é composta principalmente por lipopolissacarídeos. Muitos se movem usando flagelos, mas alguns são imóveis ou dependem do deslizamento bacteriano.

Pseudomonadota tem uma grande variedade de tipos de metabolismo. A maioria é facultativa ou obrigatoriamente anaeróbica, quimiolitoautotrófica e heterotrófica, mas ocorrem numerosas exceções. Uma variedade de gêneros, que não estão intimamente relacionados entre si, convertem a energia da luz por meio da fotossíntese convencional ou fotossíntese anoxigênica.

Pseudomonadota estão associados ao desequilíbrio da comunidade microbiótica no trato reprodutivo inferior das mulheres. Essas espécies estão associadas à inflamação.

Algumas Alphaproteobacteria podem crescer em níveis muito baixos de nutrientes e ter morfologia incomum, como caules e brotos. Outros incluem bactérias importantes para a agricultura, capazes de induzir a fixação de nitrogênio em simbiose com plantas. A ordem de tipos é a Caulobacterales, compreendendo bactérias formadoras de caules como Caulobacter. Acredita-se que as mitocôndrias dos eucariotos sejam descendentes de uma alfaproteobactéria.

As Betaproteobactérias são altamente diversas metabolicamente e contêm quimiolitoautotróficos, fotoautotróficos e heterótrofos generalistas. A ordem tipo é Burkholderiales, compreendendo uma enorme gama de diversidade metabólica, incluindo patógenos oportunistas.

As Gammaproteobacteria são a maior classe em termos de espécies com nomes validamente publicados. A ordem do tipo é a Pseudomonadales, que inclui os gêneros Pseudomonas e o fixador de nitrogênio Azotobacter.

As Zetaproteobactérias são quimiolitoautotróficos neutrofílicos oxidantes de ferro, distribuídos mundialmente em estuários e habitats marinhos. A ordem do tipo é o Mariprofundales.

Os Hydrogenophilalia são termófilos obrigatórios e incluem heterótrofos e autótrofos. A ordem do tipo é o Hydrogenophilales.

Os Aciditiobacilos contêm apenas enxofre, ferro e autotróficos oxidantes de urânio. A ordem do tipo é a Acidithiobacillus, que inclui organismos economicamente importantes usados na indústria de mineração, como Acidithiobacillus spp.

Taxonomia

A taxonomia atualmente aceita é baseada na Lista de nomes procarióticos com posição na nomenclatura (LSPN) e no Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia (NCBI).

O grupo é definido principalmente em termos de sequências de RNA ribossômico (rRNA). Os Pseudomonadota são divididos em várias classes. Estes foram anteriormente considerados como subclasses do filo, mas agora são tratados como classes. Essas classes são monofiléticas. O gênero Acidithiobacillus, parte da Gammaproteobacteria até ser transferido para a classe Acidithiobacillus em 2013, era anteriormente considerado como parafilético para a Betaproteobacteria de acordo com estudos de alinhamento multigenômico. Em 2017, a Betaproteobacteria sofreu grandes revisões e foi criada a classe Hydrogenophilalia para conter a ordem Hydrogenophilales

Classes pseudomonadota com nomes validamente publicados incluem alguns gêneros proeminentes: por exemplo:

• Acidithiobacillia: Acidentes de trabalho, O que é isso?
• Alfaproteobacteria: Brucella, Rhizobium, Agrobacterium, Caulobacter, Rickettsia, Wolbachia, etc.
• Betaproteobacteria: Bordetella, Ralstonia, Neisseria, Nitrosomonas, etc.
• Gammaproteobacteria: Escherichia, Shigella, Salmonella, Yersinia, Buchnera, Haemophilus, Vibrio, Pseudomonas, Pasteurella, etc.
• Zetaproteobacteria: Mariprofundo

Transformação

A transformação, processo no qual o material genético passa de uma bactéria para outra, foi relatada em pelo menos 30 espécies de Pseudomonadota distribuídas nas classes alfa, beta e gama. Os Pseudomonadota mais bem estudados com relação à transformação genética natural são os patógenos humanos medicamente importantes Neisseria gonorrhoeae (classe beta) e Haemophilus influenzae (classe gama). A transformação genética natural é um processo sexual envolvendo a transferência de DNA de uma célula bacteriana para outra através do meio intermediário e a integração da sequência doadora no genoma receptor. Em Pseudomonadota patogênico, a transformação parece servir como um processo de reparo do DNA que protege o DNA do patógeno do ataque das defesas fagocíticas do hospedeiro que empregam radicais livres oxidativos.