Polimerase
Uma polimerase é uma enzima (EC 2.7.7.6/7/19/48/49) que sintetiza longas cadeias de polímeros ou ácidos nucléicos. A DNA polimerase e a RNA polimerase são usadas para montar moléculas de DNA e RNA, respectivamente, copiando uma fita molde de DNA usando interações de pareamento de bases ou RNA por replicação em meia escada.
Uma DNA polimerase da bactéria termofílica, Thermus aquaticus (Taq) (PDB 1BGX, EC 2.7.7.7) é usada na reação em cadeia da polimerase, uma técnica importante de biologia molecular.
Uma polimerase pode ser dependente de modelo ou independente de modelo. A poli-A-polimerase é um exemplo de polimerase independente de molde. A desoxinucleotidil transferase terminal também conhecida por ter atividades dependentes e independentes de molde.
Tipos
Por função
| DNA-polimerase | RNA-polimerase | |
|---|---|---|
| Modelo é DNA | DNA dependente da polimerase ou polimerases comuns de DNA | DNA dependente RNA-polimerase ou polimerases comuns de RNA |
| Modelo é RNA | polimerase de DNA dependente de RNA ou transcriptase reversa | RNA dependente polimerase de RNA ou RdRp ou RNA-replicase |
- DNA polimerase (DNA-dirigida DNA polimerase, DdDP)
- Família A: DNA polimerase I; Pol γ, θ, /
- Família B: DNA polimerase II; Pol α, δ, ε,,
- Família C: DNA polimerase III holoenzyme
- Família X: Pol β, λ, μ
- Transferase terminal de desoxinucleotidyl (TDT), que empresta a diversidade a cadeias pesadas anticorpo.
- Família Y: DNA polimerase IV (DinB) e DNA polimerase V (UmuD'2C) - SOS polimerases de reparação; Pol η, ι, κ
- Transcrição reversa (RT; polimerase de DNA direcionada a RNA; RdDP)
- Linha de produção
- Polimerase de RNA direcionado ao DNA (DdRP, RNAP)
- Multi-subunidade (msDdRP): RNA polimerase I, RNA polimerase II, RNA polimerase III
- Single-subunit (ssDdRP): polimerase T7 RNA, POLRMT
- Primaz, PrimPol
- RNA replicase (RNA-direcionado polimerase do RNA, RdRP)
- Viral (subunidade única)
- Celular eucariótico (cRdRP; dual-subunit)
- Alongamento de RNA sem modelo
- Poliadenilação: PAP, PNPase
Por estrutura
As polimerases são geralmente divididas em duas superfamílias, a "mão direita" dobra (InterPro: IPR043502) e o "barril beta duplo psi" (muitas vezes simplesmente "double-barrel") fold. O primeiro é visto em quase todas as DNA polimerases e quase todas as polimerases virais de subunidade única; eles são marcados por uma "palma" domínio. Este último é visto em todas as polimerases de RNA de subunidades múltiplas, em cRdRP e na "família D" DNA polimerases encontradas em archaea. O "X" família representada pela DNA polimerase beta tem apenas uma vaga "palma" forma e às vezes é considerada uma superfamília diferente (InterPro: IPR043519).
Primases geralmente não se enquadram em nenhuma das categorias. As primases bacterianas geralmente possuem o domínio Toprim e estão relacionadas às topoisomerases e à helicase twinkle mitocondrial. Archae e primases eucarióticas formam uma família AEP não relacionada, possivelmente relacionada à palma da polimerase. Ambas as famílias, no entanto, associam-se ao mesmo conjunto de helicases.
Estrutura de mão direita de Bacteriophage RB69, uma família B DdRP.
