Plasmídeo
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Um plasmídeo é uma pequena molécula de DNA extracromossômica dentro de uma célula que é fisicamente separada do DNA cromossômico e pode se replicar independentemente. Eles são mais comumente encontrados como pequenas moléculas circulares de DNA de fita dupla em bactérias; no entanto, os plasmídeos às vezes estão presentes em archaea e organismos eucarióticos. Na natureza, os plasmídeos geralmente carregam genes que beneficiam a sobrevivência do organismo e conferem vantagem seletiva, como resistência a antibióticos. Enquanto os cromossomos são grandes e contêm toda a informação genética essencial para viver em condições normais, os plasmídeos são geralmente muito pequenos e contêm apenas genes adicionais que podem ser úteis em certas situações ou condições. Os plasmídeos artificiais são amplamente utilizados como vetores na clonagem molecular, servindo para conduzir a replicação de sequências de DNA recombinante dentro de organismos hospedeiros. No laboratório, os plasmídeos podem ser introduzidos em uma célula por meio de transformação. Plasmídeos sintéticos estão disponíveis para compra na internet.
Plasmídeos são considerados replicons, unidades de DNA capazes de se replicar autonomamente dentro de um hospedeiro adequado. No entanto, os plasmídeos, como os vírus, geralmente não são classificados como vida. Os plasmídeos são transmitidos de uma bactéria para outra (mesmo de outra espécie) principalmente por conjugação. Essa transferência de material genético de hospedeiro para hospedeiro é um mecanismo de transferência horizontal de genes, e os plasmídeos são considerados parte do mobiloma. Ao contrário dos vírus, que encerram seu material genético em uma capa proteica protetora chamada capsídeo, os plasmídeos são "despidos" DNA e não codificam os genes necessários para envolver o material genético para transferência para um novo hospedeiro; no entanto, algumas classes de plasmídeos codificam o "sexo" pilus necessários para sua própria transferência. Os plasmídeos variam em tamanho de 1 a mais de 400 kbp, e o número de plasmídeos idênticos em uma única célula pode variar de um a milhares em algumas circunstâncias.
História
O termo plasmídeo foi introduzido em 1952 pelo biólogo molecular americano Joshua Lederberg para se referir a "qualquer determinante hereditário extracromossômico." O uso inicial do termo incluía qualquer material genético bacteriano que existe extracromossomicamente por pelo menos parte de seu ciclo de replicação, mas como essa descrição inclui vírus bacterianos, a noção de plasmídeo foi refinada ao longo do tempo para incluir elementos genéticos que se reproduzem de forma autônoma. Mais tarde, em 1968, foi decidido que o termo plasmídeo deveria ser adotado como o termo para o elemento genético extracromossômico e, para distingui-lo dos vírus, a definição foi reduzida a elementos genéticos que existem exclusiva ou predominantemente fora do cromossomo e podem se replicar de forma autônoma.
Propriedades e características
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Para que os plasmídeos se repliquem independentemente dentro de uma célula, eles devem possuir um trecho de DNA que possa atuar como uma origem de replicação. A unidade autorreplicante, neste caso, o plasmídeo, é chamada de replicon. Um replicon bacteriano típico pode consistir em vários elementos, como o gene da proteína de iniciação de replicação específica do plasmídeo (Rep), unidades repetidas chamadas iterons, caixas de DnaA e uma região adjacente rica em AT. Os plasmídeos menores utilizam as enzimas replicativas do hospedeiro para fazer cópias de si mesmos, enquanto os plasmídeos maiores podem carregar genes específicos para a replicação desses plasmídeos. Alguns tipos de plasmídeos também podem se inserir no cromossomo hospedeiro, e esses plasmídeos integrativos são algumas vezes referidos como epissomos em procariotos.
Os plasmídeos quase sempre carregam pelo menos um gene. Muitos dos genes transportados por um plasmídeo são benéficos para as células hospedeiras, por exemplo: permitindo que a célula hospedeira sobreviva em um ambiente que de outra forma seria letal ou restritivo para o crescimento. Alguns desses genes codificam traços de resistência a antibióticos ou resistência a metais pesados, enquanto outros podem produzir fatores de virulência que permitem que uma bactéria colonize um hospedeiro e supere suas defesas ou tenham funções metabólicas específicas que permitem à bactéria utilizar um determinado nutriente, incluindo o capacidade de degradar compostos orgânicos recalcitrantes ou tóxicos. Os plasmídeos também podem fornecer às bactérias a capacidade de fixar nitrogênio. Alguns plasmídeos, no entanto, não têm efeito observável no fenótipo da célula hospedeira ou seu benefício para as células hospedeiras não pode ser determinado, e esses plasmídeos são chamados de plasmídeos crípticos.
Os plasmídeos que ocorrem naturalmente variam muito em suas propriedades físicas. Seu tamanho pode variar de mini-plasmídeos muito pequenos com menos de 1 quilobase de pares (kbp) a megaplasmídeos muito grandes de vários pares de megabases (Mbp). Na extremidade superior, pouca diferença entre um megaplasmídeo e um minicromossomo. Os plasmídeos são geralmente circulares, mas também são conhecidos exemplos de plasmídeos lineares. Esses plasmídeos lineares requerem mecanismos especializados para replicar suas extremidades.
Os plasmídeos podem estar presentes em uma célula individual em número variável, variando de um a várias centenas. O número normal de cópias do plasmídeo que pode ser encontrado em uma única célula é chamado de número de cópias do plasmídeo e é determinado pela forma como o início da replicação é regulado e pelo tamanho da molécula. Plasmídeos maiores tendem a ter números de cópias menores. Os plasmídeos de baixo número de cópias que existem apenas como uma ou algumas cópias em cada bactéria estão, após a divisão celular, em perigo de serem perdidos em uma das bactérias segregantes. Esses plasmídeos de cópia única têm sistemas que tentam distribuir ativamente uma cópia para ambas as células-filhas. Esses sistemas, que incluem o sistema parABS e o sistema parMRC, são freqüentemente chamados de sistema de partição ou função de partição de um plasmídeo.
Plasmídeos de forma linear são desconhecidos entre os fitopatógenos com uma exceção, Rhodococcus fascians.
Classificações e tipos
Os plasmídeos podem ser classificados de várias maneiras. Os plasmídeos podem ser amplamente classificados em plasmídeos conjugativos e plasmídeos não conjugativos. Os plasmídeos conjugativos contêm um conjunto de genes de transferência que promovem a conjugação sexual entre diferentes células. No complexo processo de conjugação, os plasmídeos podem ser transferidos de uma bactéria para outra através dos pili sexuais codificados por alguns dos genes de transferência (ver figura). Os plasmídeos não conjugativos são incapazes de iniciar a conjugação, portanto, podem ser transferidos apenas com a ajuda de plasmídeos conjugativos. Uma classe intermediária de plasmídeos é mobilizável e carrega apenas um subconjunto dos genes necessários para a transferência. Eles podem parasitar um plasmídeo conjugativo, transferindo em alta frequência apenas na sua presença.
Os plasmídeos também podem ser classificados em grupos de incompatibilidade. Um micróbio pode abrigar diferentes tipos de plasmídeos, mas diferentes plasmídeos só podem existir em uma única célula bacteriana se forem compatíveis. Se dois plasmídeos não forem compatíveis, um ou outro será rapidamente perdido da célula. Diferentes plasmídeos podem, portanto, ser atribuídos a diferentes grupos de incompatibilidade, dependendo se eles podem coexistir juntos. Plasmídeos incompatíveis (pertencentes ao mesmo grupo de incompatibilidade) normalmente compartilham os mesmos mecanismos de replicação ou partição e, portanto, não podem ser mantidos juntos em uma única célula.
Outra maneira de classificar os plasmídeos é por função. Existem cinco classes principais:
- Fertilidade F-plasmidas, que contêm tra genes. Eles são capazes de conjugação e resultam na expressão de sexo pili.
- Resistência (R) plasmídeos, que contêm genes que proporcionam resistência contra antibióticos ou agentes antibacterianos. Historicamente conhecido como R-factors, antes da natureza de plasmídeos foi compreendido.
- Col plasmídeos, que contêm genes que codificam para bacteriocinas, proteínas que podem matar outras bactérias.
- Plasmídeos degradativos, que permitem a digestão de substâncias incomuns, por exemplo, ácido tolueno e salicílico.
- Virulência plasmídeos, que transformam a bactéria em um patógeno. por exemplo. Ti plasmid in Agrobacterium tumefaciens
Os plasmídeos podem pertencer a mais de um desses grupos funcionais.
Plasmídeos de RNA
Embora a maioria dos plasmídeos sejam moléculas de DNA de fita dupla, algumas consistem em DNA de fita simples ou predominantemente de RNA de fita dupla. Os plasmídeos de RNA são replicons de RNA lineares extracromossômicos não infecciosos, encapsidados e não encapsidados, que foram encontrados em fungos e várias plantas, de algas a plantas terrestres. Em muitos casos, no entanto, pode ser difícil ou impossível distinguir claramente os plasmídeos de RNA dos vírus de RNA e outros RNAs infecciosos.
Chromids
Os cromídeos são elementos que existem na fronteira entre um cromossomo e um plasmídeo, encontrados em cerca de 10% das espécies bacterianas sequenciadas até 2009. Esses elementos carregam genes centrais e têm uso de códon semelhante ao cromossomo, mas usam um tipo de plasmídeo mecanismo de replicação, como o baixo número de cópias RepABC. Como resultado, eles foram classificados como minicromossomos ou megaplasmídeos no passado. No Vibrio, a bactéria sincroniza a replicação do cromossomo e do cromídeo por uma proporção conservada do tamanho do genoma.
Vetores
Plasmídeos construídos artificialmente podem ser usados como vetores na engenharia genética. Esses plasmídeos servem como ferramentas importantes em laboratórios de genética e biotecnologia, onde são comumente usados para clonar e amplificar (fazer muitas cópias de) ou expressar genes específicos. Uma grande variedade de plasmídeos está disponível comercialmente para tais usos. O gene a ser replicado é normalmente inserido em um plasmídeo que normalmente contém uma série de características para seu uso. Estes incluem um gene que confere resistência a determinados antibióticos (a ampicilina é mais freqüentemente usada para cepas bacterianas), uma origem de replicação para permitir que as células bacterianas repliquem o DNA plasmidial e um local adequado para clonagem (referido como um local de clonagem múltipla).).
A instabilidade estrutural do DNA pode ser definida como uma série de eventos espontâneos que culminam em um rearranjo imprevisto, perda ou ganho de material genético. Tais eventos são frequentemente desencadeados pela transposição de elementos móveis ou pela presença de elementos instáveis, como estruturas não canônicas (não-B). Regiões acessórias pertencentes ao esqueleto bacteriano podem se envolver em uma ampla gama de fenômenos de instabilidade estrutural. Catalisadores bem conhecidos de instabilidade genética incluem repetições diretas, invertidas e em tandem, que são notáveis em um grande número de vetores de expressão e clonagem disponíveis comercialmente. As sequências de inserção também podem afetar gravemente a função e o rendimento do plasmídeo, levando a deleções e rearranjos, ativação, regulação negativa ou inativação da expressão gênica vizinha. Portanto, a redução ou eliminação completa de sequências de estrutura não codificantes estranhas reduziria significativamente a propensão para que tais eventos ocorram e, conseqüentemente, o potencial recombinogênico geral do plasmídeo.
Clonagem
Os plasmídeos são os vetores de clonagem bacteriana mais comumente usados. Esses vetores de clonagem contêm um local que permite a inserção de fragmentos de DNA, por exemplo, um local de clonagem múltipla ou poliligador que possui vários locais de restrição comumente usados aos quais os fragmentos de DNA podem ser ligados. Depois que o gene de interesse é inserido, os plasmídeos são introduzidos nas bactérias por um processo chamado transformação. Esses plasmídeos contêm um marcador selecionável, geralmente um gene de resistência a antibióticos, que confere à bactéria a capacidade de sobreviver e proliferar em um meio de crescimento seletivo contendo os antibióticos específicos. As células após a transformação são expostas ao meio seletivo e apenas as células que contêm o plasmídeo podem sobreviver. Dessa forma, os antibióticos atuam como um filtro para selecionar apenas as bactérias que contêm o DNA plasmidial. O vetor também pode conter outros genes marcadores ou genes repórteres para facilitar a seleção de plasmídeos com inserções clonadas. Bactérias contendo o plasmídeo podem então ser cultivadas em grandes quantidades, colhidas e o plasmídeo de interesse pode então ser isolado usando vários métodos de preparação de plasmídeo.
Um vetor de clonagem de plasmídeo é normalmente usado para clonar fragmentos de DNA de até 15 kbp. Para clonar comprimentos maiores de DNA, são usados fagos lambda com genes de lisogenia deletados, cosmídeos, cromossomos artificiais bacterianos ou cromossomos artificiais de levedura.
Produção de proteínas
Outro uso importante dos plasmídeos é produzir grandes quantidades de proteínas. Nesse caso, os pesquisadores cultivam bactérias contendo um plasmídeo que abriga o gene de interesse. Assim como a bactéria produz proteínas para conferir sua resistência a antibióticos, ela também pode ser induzida a produzir grandes quantidades de proteínas a partir do gene inserido. Esta é uma maneira barata e fácil de produzir em massa a proteína que o gene codifica, por exemplo, a insulina.
Terapia genética
Os plasmídeos também podem ser usados para a transferência de genes como um tratamento potencial na terapia gênica para que ela possa expressar a proteína que está faltando nas células. Algumas formas de terapia gênica requerem a inserção de genes terapêuticos em locais-alvo cromossômicos pré-selecionados no genoma humano. Os vetores de plasmídeo são uma das muitas abordagens que podem ser usadas para esse fim. As nucleases de dedo de zinco (ZFNs) oferecem uma maneira de causar uma quebra de fita dupla específica de sítio no genoma do DNA e causar recombinação homóloga. Os plasmídeos que codificam ZFN podem ajudar a fornecer um gene terapêutico a um local específico, de modo que danos celulares, mutações causadoras de câncer ou uma resposta imune sejam evitados.
Modelos de doenças
Os plasmídeos foram historicamente usados para manipular geneticamente as células-tronco embrionárias de ratos para criar modelos de doenças genéticas de ratos. A eficiência limitada das técnicas baseadas em plasmídeos impediu seu uso na criação de modelos de células humanas mais precisos. No entanto, desenvolvimentos em técnicas de recombinação de vírus adeno-associados e nucleases de dedo de zinco permitiram a criação de uma nova geração de modelos isogênicos de doenças humanas.
Episomas
O termo epissoma foi introduzido por François Jacob e Élie Wollman em 1958 para se referir ao material genético extracromossômico que pode se replicar de forma autônoma ou se integrar ao cromossomo. Desde que o termo foi introduzido, no entanto, seu uso mudou, pois plasmídeo tornou-se o termo preferido para replicação autônoma do DNA extracromossômico. Em um simpósio de 1968 em Londres, alguns participantes sugeriram que o termo epissoma fosse abandonado, embora outros continuassem a usar o termo com uma mudança de significado.
Atualmente, alguns autores usam epissoma no contexto de procariotos para se referir a um plasmídeo capaz de se integrar ao cromossomo. Os plasmídeos integrativos podem ser replicados e mantidos de forma estável em uma célula por várias gerações, mas em algum estágio, eles existirão como uma molécula de plasmídeo independente. No contexto dos eucariotos, o termo epissoma é usado para significar uma molécula de DNA circular fechada extracromossômica não integrada que pode ser replicada no núcleo. Os vírus são os exemplos mais comuns disso, como herpesvírus, adenovírus e poliomavírus, mas alguns são plasmídeos. Outros exemplos incluem fragmentos cromossômicos aberrantes, como cromossomos duplos minúsculos, que podem surgir durante amplificações artificiais de genes ou em processos patológicos (por exemplo, transformação de células cancerígenas). Os epissomas em eucariotos se comportam de maneira semelhante aos plasmídeos em procariotos, pois o DNA é mantido de forma estável e replicado com a célula hospedeira. Também podem ocorrer epissomas virais citoplasmáticos (como nas infecções por poxvírus). Alguns epissomas, como os herpesvírus, se replicam em um mecanismo de círculo rolante, semelhante aos bacteriófagos (vírus fágicos bacterianos). Outros se replicam por meio de um mecanismo de replicação bidirecional (plasmídeos do tipo Theta). Em ambos os casos, os epissomas permanecem fisicamente separados dos cromossomos da célula hospedeira. Vários vírus de câncer, incluindo o vírus Epstein-Barr e o herpesvírus associado ao sarcoma de Kaposi, são mantidos como epissomas latentes e cromossomicamente distintos em células cancerígenas, onde os vírus expressam oncogenes que promovem a proliferação de células cancerígenas. Nos cânceres, esses epissomas se replicam passivamente junto com os cromossomos do hospedeiro quando a célula se divide. Quando esses epissomas virais iniciam a replicação lítica para gerar múltiplas partículas virais, eles geralmente ativam mecanismos de defesa da imunidade inata celular que matam a célula hospedeira.
Manutenção do plasmídeo
Alguns plasmídeos ou hospedeiros microbianos incluem um sistema de dependência ou sistema de morte pós-segregacional (PSK), como o sistema hok/sok (morte do hospedeiro/supressor da morte) do plasmídeo R1 em Escherichia coli. Esta variante produz um veneno de longa duração e um antídoto de curta duração. Vários tipos de sistemas de adição de plasmídeos (toxina/antitoxina, baseados em metabolismo, sistemas ORT) foram descritos na literatura e usados em aplicações biotécnicas (fermentação) ou biomédicas (terapia com vacinas). As células-filhas que retêm uma cópia do plasmídeo sobrevivem, enquanto uma célula-filha que não consegue herdar o plasmídeo morre ou sofre uma taxa de crescimento reduzida por causa do veneno remanescente da célula-mãe. Finalmente, a produtividade geral pode ser aumentada.
Em contraste, os plasmídeos usados em biotecnologia, como pUC18, pBR322 e vetores derivados, quase nunca contêm sistemas de adição de toxina-antitoxina e, portanto, precisam ser mantidos sob pressão antibiótica para evitar a perda de plasmídeo.
Plasmídeos na natureza
Plasmídeos de levedura
As leveduras abrigam naturalmente vários plasmídeos. Entre eles, destacam-se os plasmídeos de 2 μm - pequenos plasmídeos circulares frequentemente usados para engenharia genética de leveduras - e plasmídeos pGKL lineares de Kluyveromyces lactis, que são responsáveis por fenótipos assassinos.
Outros tipos de plasmídeos são frequentemente relacionados a vetores de clonagem de levedura que incluem:
- Yeast integrative plasmid (YIp), vetores de levedura que dependem da integração no cromossomo hospedeiro para sobrevivência e replicação, e são geralmente usados ao estudar a funcionalidade de um gene solo ou quando o gene é tóxico. Também conectado com o gene URA3, que codifica uma enzima relacionada à biossíntese de nucleotídeos pirimidinas (T, C);
- Plasmídeo Replicativo (YRp), que transporta uma sequência de DNA cromossômico que inclui uma origem de replicação. Estes plasmídeos são menos estáveis, pois podem ser perdidos durante o budding.
Plasmídeos mitocondriais de plantas
As mitocôndrias de muitas plantas superiores contêm moléculas de DNA lineares ou circulares extracromossômicas auto-replicantes que foram consideradas plasmídeos. Estes podem variar de 0,7 kb a 20 kb de tamanho. Os plasmídeos foram geralmente classificados em duas categorias - circulares e lineares. Plasmídeos circulares já foram isolados e encontrados em diversas plantas, sendo os de Vicia faba e Chenopodium album os mais estudados e cujo mecanismo de replicação é conhecido. Os plasmídeos circulares podem replicar usando o modelo θ de replicação (como em Vicia faba) e por meio de replicação de círculo rolante (como em C.album). Plasmídeos lineares foram identificados em algumas espécies de plantas, como Beta vulgaris, Brassica napus, Zea mays, etc., mas são mais raros do que suas contrapartes circulares.
A função e a origem desses plasmídeos permanecem amplamente desconhecidas. Tem sido sugerido que os plasmídeos circulares compartilham um ancestral comum, alguns genes no plasmídeo mitocondrial têm contrapartes no DNA nuclear sugerindo troca intercompartimental. Enquanto isso, os plasmídeos lineares compartilham semelhanças estruturais, como inversores com DNA viral e plasmídeos fúngicos, como plasmídeos fúngicos, eles também têm baixo teor de GC, essas observações levaram a algumas hipóteses de que esses plasmídeos lineares têm origens virais ou acabaram nas mitocôndrias vegetais através da transferência horizontal de genes de fungos patogênicos.
Estudo de plasmídeos
Extração de DNA plasmidial
Os plasmídeos são frequentemente usados para purificar uma sequência específica, uma vez que podem ser facilmente purificados do resto do genoma. Para seu uso como vetores e para clonagem molecular, os plasmídeos geralmente precisam ser isolados.
Existem vários métodos para isolar DNA plasmidial de bactérias, variando do miniprep ao maxiprep ou bulkprep. O primeiro pode ser usado para descobrir rapidamente se o plasmídeo está correto em qualquer um dos vários clones bacterianos. O rendimento é uma pequena quantidade de DNA de plasmídeo impuro, que é suficiente para análise por digestão de restrição e para algumas técnicas de clonagem.
Neste último, volumes muito maiores de suspensão bacteriana são cultivados a partir dos quais uma maxi-preparação pode ser realizada. Em essência, esta é uma minipreparação ampliada seguida de purificação adicional. Isso resulta em quantidades relativamente grandes (várias centenas de microgramas) de DNA plasmidial muito puro.
Muitos kits comerciais foram criados para realizar a extração de plasmídeo em várias escalas, pureza e níveis de automação.
Conformações
O DNA plasmidial pode aparecer em uma das cinco conformações, que (para um determinado tamanho) correm em velocidades diferentes em um gel durante a eletroforese. As conformações estão listadas abaixo em ordem de mobilidade eletroforética (velocidade para uma dada voltagem aplicada) da mais lenta para a mais rápida:
- Circulador aberto afiado O ADN tem um corte.
- Circulação relaxada O DNA está totalmente intacto com ambas as vertentes não cortadas, mas tem sido enzimáticamente relaxado (supercoils removidos). Isso pode ser modelado deixando um cabo de extensão torcido descontrair e relaxar e, em seguida, conectando-o em si mesmo.
- Linear O ADN tem extremidades livres, quer porque ambas as vertentes foram cortadas ou porque o ADN era linear in vivo. Isso pode ser modelado com um cabo de extensão elétrica que não está conectado em si mesmo.
- Supercoiled (ou covalentemente fechado-circular) O DNA está totalmente intacto com ambas as vertentes não cortadas, e com uma torção integral, resultando em uma forma compacta. Isso pode ser modelado torcendo um cabo de extensão e, em seguida, conectando-o em si mesmo.
- Supercoiled denatured O ADN é como ADN supercoiled, mas tem regiões não pareadas que o tornam ligeiramente menos compacto; isso pode resultar de alcalinidade excessiva durante a preparação plasmítica.
A taxa de migração para pequenos fragmentos lineares é diretamente proporcional à tensão aplicada em baixas tensões. Em voltagens mais altas, fragmentos maiores migram em taxas continuamente crescentes, mas diferentes. Assim, a resolução de um gel diminui com o aumento da voltagem.
Em uma voltagem baixa especificada, a taxa de migração de pequenos fragmentos lineares de DNA é uma função de seu comprimento. Grandes fragmentos lineares (acima de 20 kb ou mais) migram a uma certa taxa fixa, independentemente do comprimento. Isso ocorre porque as moléculas 'respiram', com a maior parte da molécula seguindo a extremidade principal através da matriz do gel. Digestões de restrição são freqüentemente usadas para analisar plasmídeos purificados. Essas enzimas especificamente quebram o DNA em certas sequências curtas. Os fragmentos lineares resultantes formam 'bandas' após eletroforese em gel. É possível purificar certos fragmentos cortando as bandas do gel e dissolvendo o gel para liberar os fragmentos de DNA.
Devido à sua conformação rígida, o DNA superenrolado migra mais rapidamente através de um gel do que o DNA linear ou circular aberto.
Software para bioinformática e design
A utilização de plasmídeos como técnica em biologia molecular é suportada por software de bioinformática. Esses programas registram a sequência de DNA de vetores plasmidiais, ajudam a prever locais de corte de enzimas de restrição e a planejar manipulações. Exemplos de pacotes de software que lidam com mapas de plasmídeos são ApE, Clone Manager, GeneConstructionKit, Geneious, Genome Compiler, LabGenius, Lasergene, MacVector, pDraw32, Serial Cloner, VectorFriends, Vector NTI e WebDSV. Esses softwares ajudam a conduzir experimentos inteiros in silico antes de fazer experimentos úmidos.
Coleções de plasmídeos
Muitos plasmídeos foram criados ao longo dos anos e os pesquisadores forneceram plasmídeos para bancos de dados de plasmídeos, como as organizações sem fins lucrativos Addgene e BCCM/LMBP. Pode-se encontrar e solicitar plasmídeos desses bancos de dados para pesquisa. Os pesquisadores também costumam enviar sequências de plasmídeos para o banco de dados do NCBI, de onde podem ser recuperadas sequências de plasmídeos específicos.
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